Date：2020-09-12
Author：jzhang
文章信息
标题：Targeting YAP1/LINC00152/FSCN1 Signaling Axis Prevents the Progression of Colorectal Cancer
作者：Jian Ma，中南大学
杂志：Adv Sci (Weinh)（IF15.84），Published online: December 5, 2019
文章数据
IPA分析：http://www.ingenuity.com
差异表达基因的层次聚类：Hierarchical cluster analysis of differently expressed genes was performed to explore genes expression pattern
RNA测序：四个直肠癌HCT116细胞系，测序平台HiSeq X Ten，GSE132519
- 两个对照生物学重复non-targeting siRNA
- 两个实验生物学重复LINC00152 siRNA
差异表达分析：DESeq，estimateSizeFactors和nbinomTest函数
主要结果
1.yap1相关的LINC00152在人类CRC组织中高表达
首先使用siRNA 比较对照组和YAP1沉默表达的细胞系的lncRNA表达谱，以此找到YAP1相关的lncRNA。随后在GEO数据库中验证（GSE41328 and GSE9348）。
找到了一个lncRNA LINC00152，具体表现为：
- YAP1沉默的细胞系中显著低表达（GSE92335，该作者以前实验的数据）
- 在CRC数据集中显著高表达（GSE41328 and GSE9348）
- 在TCGA和GEO数据集中CRC中显著高表达
- YAP1 and LINC00152 表达正相关（RT-qPCR)
- LINC00152的高表达与CRC的OS预后差相关
- GSEA结果分析显示LINC00152高表达与YAP conserved signature” gene sets相关
- LINC00152的表达在CRC样本中与靶基因CTGF正相关
以上结果的图：
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2.YAP1转录调控CRC细胞中LIC00152的表达
此部分是为了确定YAP1与LIC00152之前的调控关系，结果如下：
- YAP1的高表达或者抑制能够显著改变LIC00152表达水平
- 在CRC中YAP1诱导的细胞增殖和肿瘤增长LIN00152是必须的
- LINC00152启动子区域有两个转录因子TEAD1的结合位点
- LINC00152的表达与TEAD1的表达正相关
- 抑制YAP1 or TEAD1的表达就会抑制LINC00152的表达
- TEAD1可以通过LINC00152的启动子一位点调控其表达
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以上所有结果的结论就是YAP1可以在TEAD1的协助下调控LINC00152。
3 LINC00152是CRC细胞中的致癌lncRNA（文章数据主要应用的地方）
为了检测LINC00152是否与CRC进展相关，进行了4个细胞系的RNA-Seq测序（两个对照，两个靶向LINC00152的siRNA细胞系）。
LINC00152高表达的细胞系与低表达的相比，得到的差异表达基因数集的富集分析以及两个表型之间的GSEA分析表明LINC00152在CRC肿瘤发生和转移中起重要作用。
4.LINC00152通过与miR-185-3p和miR-632海绵作用于FSCN1
5.LINC00152-miR-185-3p/632-FSCN1轴促进CRC的肿瘤发生
6.LINC00152和FSCN1与CRC临床病理因素相关
个人总结
文章中主要使用RNA-Seq的地方就是对四个细胞系进行了测序，两个对照样本，两个沉默表达LINC00152的样本，为了研究LINC00152的表达变化引起了哪些mRNA的改变以及相应的功能。
LINC00152的抑制表达影响的通路有colorectal cancer signaling pathway, adherent junction, and apoptosis等。
GSEA结果：cell cycle, metastasis, cytoskeleton, and vascular endothelial growth factor A signaling。
文章中出现的一些markers
mesenchymal markers：Vimentin and β-catenin
G1-S transition-promoting markers：Cyclin D1 and CDK4
epithelial marker：E-cadherin
cell cycle G1-S transformation-inhibiting marker ：p27
番外
文章中提到的siRNA和shRNA的区别和作用：http://www.labome.cn/method/siRNAs-and-shRNAs-Tools-for-Protein-Knockdown-by-Gene-Silencing.html
- siRNA：小干扰RNA
- shRNA：短发夹RNA
一图查看区别和作用