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影像组学学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频
本节(28)主要讲解: 用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算

  1. 加载包
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
  1. 将文件读入程序中
maskFilePath = "C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"

reader = sitk.ImageFileReader()  
reader.SetFileName(maskFilePath)
mask = reader.Execute()
  1. 计算ROI体积
maskArr = sitk.GetArrayFromImage(mask)  # order:z, y, x
counts = np.sum(maskArr == 1)
print(counts)

spacing = mask.GetSpacing()  #order: x, y, z
print(spacing)

unitVol = np.prod(spacing)
print(unitVol)

roiVol = unitVol * counts
print(roiVol)
  1. 本例结果
# 837
# (0.5703125, 0.5703125, 5.0)
# 1.62628173828125
# 1361.1978149414062

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