基因组位置匹配，提取gff文件信息

有一个文件weizhi，里面是三列数据，以”_“分割，第一列是染色体，第二列是开始位置，第三列是终止位置，另一个文件是H7L1_maker.gff文件，第一列是染色体，第四列是开始位置，第五列是终止位置，匹配两个文件的内容，打印出所有匹配上的，第二个文件中第一、四、五、九列内容，并输出到新文件中，perl实现。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# 打开weizhi文件
open(my $weizhi_fh, '<', 'weizhi') or die "无法打开weizhi文件: $!";

# 打开H7L1_maker.gff文件
open(my $gff_fh, '<', 'H7L1_maker.gff') or die "无法打开H7L1_maker.gff文件: $!";

# 创建新文件
open(my $output_fh, '>', 'output.txt') or die "无法创建新文件: $!";

# 读取weizhi文件的内容并存储在哈希表中
my %weizhi_data;
while (my $line = <$weizhi_fh>) {
    chomp $line;
    my ($chromosome, $start, $end) = split('_', $line);
    $weizhi_data{$chromosome}{$start}{$end} = 1;
}

# 读取gff文件的内容并进行匹配和打印
while (my $line = <$gff_fh>) {
    chomp $line;
    my @columns = split('\t', $line);
    my $chromosome = $columns[0];
    my $start = $columns[3];
    my $end = $columns[4];
    
    # 匹配weizhi文件中的内容
    if (exists $weizhi_data{$chromosome}{$start}{$end}) {
        my $column_one = $columns[0];
        my $column_four = $columns[3];
        my $column_five = $columns[4];
        my $column_nine = $columns[8];
        
        # 将匹配上的内容输出到新文件中
        print $output_fh "$column_one\t$column_four\t$column_five\t$column_nine\n";
    }
}

# 关闭文件句柄
close($weizhi_fh);
close($gff_fh);
close($output_fh);

print "匹配的内容已输出到output.txt文件\n";

有个文件1，提取第四列文件中”ID=“后面以及”；“前的内容，输出到新的文件中

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

# 打开文件1
open(my $file1_fh, '<', '1') or die "无法打开文件1: $!";

# 创建新文件
open(my $output_fh, '>', '新文件.txt') or die "无法创建新文件: $!";

# 逐行读取文件1并提取第四列的内容
while (my $line = <$file1_fh>) {
    chomp $line;
    my @columns = split('\t', $line);
    my $column_four = $columns[3];
    
    # 提取ID后面以及;前的内容
    if ($column_four =~ /ID=(.*?);/) {
        my $extracted_content = $1;
        
        # 将提取的内容输出到新文件中
        print $output_fh "$extracted_content\n";
    }
}

# 关闭文件句柄
close($file1_fh);
close($output_fh);

print "提取的内容已输出到新文件.txt\n";

有一个文件2.txt,取它的奇数行并输出到新文件

with open('2.txt', 'r') as file2:
    # 创建新文件
    with open('新文件.txt', 'w') as output_file:
        # 逐行读取文件2.txt并提取奇数行到新文件
        line_number = 1
        for line in file2:
            if line_number % 2 == 1:
                output_file.write(line)
            line_number += 1

print("奇数行已输出到新文件.txt")

提取基因位置

use Getopt::Long;
my %opts;
use Data::Dumper;
GetOptions (\%opts,"in1=s","in2=s","out=s","h"); 
if (! defined($opts{in1}) ||! defined($opts{in2})||! defined($opts{out}) || defined($opts{h})){
    &USAGE;
}
open (IN1,"$opts{in1}") || die "open $opts{in1} failed\n";
open (IN2,"$opts{in2}") || die "open $opts{in2} failed\n";
open (OUT,">$opts{out}") || die "open $opts{out} failed\n";
my%gffs;
while () {
chomp;
      my@b=split,$_;
      $keys= $b[0];

      $values= $b[0];

      $gffs{$keys} = $values;
 
}

while () {
     chomp;
          my @a=split /\t/,$_;
         if ($a[2]eq "gene") {
             $a[8]=~ m/Name=([^;]*);/;
                $id1=$1;
        
          if ( exists  $gffs{$id1} ) {
        
         print OUT "$gffs{$id1}\t$a[0]\t$a[3]\t$a[4]\t$a[6]\n";
          }
         }
         
         }
close OUT;
close IN1;
close IN2;

sub USAGE {
       print "usage: perl test1.pl -in1  gene_id.txt -in2  genome.gff3  -out gene_location.txt ";
    exit;
}