一、日本幕府统治时期
公元1192年到1867年（相当于中国南宋到清朝末年），长达600多年，是日本历史上武士阶层掌握政权、实行军事封建统治的“幕府政治”时期。这一时期天皇权威基本丧失，国家主要由武士集团掌控，最高掌权者为征夷大将军。
1. 日本幕府政治先后有镰仓幕府（源氏幕府）、室町幕府（足利幕府）和江户幕府（德川幕府）三个阶段。
1192--1333年，镰仓幕府，建立者：源赖朝。
1336--1537年，室町幕府，建立者：足利尊氏。
1603--1867年，江户幕府，建立者：德川家康。
2. 日本南北朝（幕府政治从第一阶段到第二阶段的混乱时期，即镰仓幕府过渡到室町幕府期间56年时间。大致为中国元朝末年到明朝初年期间。）
1331年，96代後醍醐天皇号召推翻镰仓幕府，战败被废，镰仓幕府拥立了光厳天皇。1333年，後醍醐天皇逃出软禁地，镰仓幕府将领足利尊氏反叛，灭亡了镰仓幕府。後醍醐天皇亲政（建武新政），罢黜光厳天皇，废除幕府。1335年，足利尊氏又反叛了後醍醐天皇，1336拥立了光厳天皇的弟弟光明天皇。1336-1392这56年里出现了两个天皇对峙：後醍醐天皇（南朝），光明天皇（北朝）。1338年-1358年，足利尊氏成为室町幕府的第一代征夷大将军，掌权20年。南朝後醍醐天皇多次被捉多次逃跑。
1367年，南朝後醍醐天皇的儿子懐良亲王前往大明，以消灭倭寇为条件，从朱元璋处讨得“日本国王”的称号，盘踞九州地区的南朝达到鼎盛期。
1378年，北朝第三代将军足利义满在京都室町建设宫殿，后世称为室町幕府。
1392年，南北朝签订合约，南朝天皇把代表天皇权威的三大神器（八咫镜，草薙之剑，八坂琼曲玉）交给北天皇。100代後小松天皇成为日本唯一天皇。
1408年，足利义满去世。足利义满的时代是室町幕府政治，经济，文化的鼎盛期，这一时期诞生了日本北山文化。
3. 日本战国时期（幕府政治从第二阶段过渡到第三阶段的混乱时期，大致为中国明朝中后期。）
1465年，室町幕府第八代将军足利义政继位。足利义政是一个游手好闲的纨绔公子，根本无心管理政务。为了摆脱政务，专心吃喝玩乐风流度日，又因为没生儿子，义政决定把将军之位让给弟弟义视。但义视早已出家为僧，况且当时义政才28岁。义视担心如果自己当上了将军，之后义政又有了儿子该怎么办。为此义政向义视许诺：“今后如有男孩诞生，就在婴儿时令其出家，你继承家业之事绝不更改。”义视便服从哥哥的意志，正式举行冠礼仪式。
仅仅三天之后，义政的妻子富子生下儿子义尚。富子选中最得力的幕臣山名宗全做儿子的监护人。而其竞争对手细川胜元却忠心拥护义视。于是两派各自集结阵营，终起战乱，波及全国。这一年是日本应仁元年(1467)，史称应仁之乱。最后两军领袖相继去世，两方和解，义尚最终当上了将军，但和他父亲一样游手好闲，好色放荡。
战乱之后日本各地大名纷纷崛起，足利幕府的权利渐失。1477年京都的室町幕府的宫殿被焚毁，日本进入了群雄割据的“战国时代”，长达一个世纪（中国明朝中后期）。
日本战国三杰：织田信长、丰臣秀吉、德川家康
织田信长：尾张国大名，“织田氏”的当家人。以军事和外交手段逐步将尾张国扩大到大半个日本，消灭和挫败了一系列大名。1573年攻陷室町御所，室町幕府灭亡。1582年6月2日，在对毛利家决战的关键节骨眼上，织田信长在本能寺遭遇叛将明智光秀的围攻，力战不敌后自焚而死，史称“本能寺之变”。其一生征战为后来的丰臣秀吉、德川家康统一日本打下了牢固的基础。
丰臣秀吉：织田家家将，1582年6月13日率军击败明智光秀，成功为主公织田信长复仇，一跃而成为织田家实际上的首领。到1590年，丰臣秀吉陆续征服四国、九州、奥羽、北海道等地，完成日本大致上的统一。但丰臣秀吉政权的核心“五大老”、“五奉行”等人实力强劲，如若联合起来将不堪设想，如因争权夺利也有再起战乱的危险。因此，丰臣秀吉希望通过一场战争消耗对手实力，巩固自己的统治。于是，丰臣秀吉两次派兵大举入侵朝鲜，明朝万历皇帝派兵入朝，日本惨败。丰臣秀吉于1598年病死。丰臣秀吉敢于侵略朝鲜甚至中国明朝，有一个原因是对其武器的迷之自信，即火绳枪和日本刀。日本首次出现火绳枪的记录是在1543年，当时日本人首次从葡萄牙商人购得火绳枪，之后经过半个世纪的仿制和改进，火绳枪成了日本战国时期互相厮杀的主力兵器之一。嘉靖年间，日制火绳枪随着倭寇的入侵而传入中国，日式火枪要比明朝自产的火器精良得多。戚继光随即命人仿造，称为鸟铳。日本制刀技术由中国传入，到宋代时日本刀就极为精良。元代蒙古人不允许汉人铸剑，到了明朝，日本刀已远超中国。倭寇的日本刀优于当时明军装备的中国刀，在作战中处于上风。后来戚继光模仿日本刀创制了戚家刀，才逐步扭转局面。
德川家康：丰臣秀吉政权下的五大老之首。丰臣秀吉病逝后，和伊达政宗、加藤清正等大名联姻，并介入丰臣家文武两派冲突，1600年率领武斗派在关原决战中击败石田三成，石田三成、小西行长以及安国寺惠琼三人被捕后遭到处决，德川家康实质上取代了丰臣氏的政权。1603年接受后阳成天皇谕旨，受封征夷大将军，开创德川幕府（江户时代）。1615年5月，德川家康于大坂夏之阵打败丰臣秀赖，攻陷大阪城，丰臣秀赖母子自杀身亡 ，丰臣氏灭亡。至此德川家康统一日本，彻底终结了应仁之乱以来150年战乱纷纷的战国时代。日本在这一年改元“元和”，此后200多年日本再无战乱，史称"元和偃武"。
4. 德川幕府的倒台（1603--1867年）
1840年中英鸦片战争爆发，消息传到日本后举国震惊，有识之士即呼吁改变闭关锁国的政策，向欧美列强学习。1854年美国军舰入侵日本，德川幕府相继同美、英、荷、俄、法等国签订了一系列不平等条约。幕府末期，日本经济产生了资本主义萌芽，出现了所谓豪农豪商阶层。下级武士中的革新势力和出身豪农豪商的志士，联合与幕府有矛盾的西南强藩和皇室公卿等，提出“尊王攘夷”的口号，即:尊奉天皇，赶走外国侵略者。1867年孝明天皇死，太子睦仁亲王(即明治天皇)即位，倒幕势力积极结盟举兵。1867年11月8日，明治天皇下达讨幕密敕。9日幕府将军德川庆喜奏请"奉还大政"。
1868年(戊辰年)1月3日，天皇发布《王政复古大号令》，废除幕府，令德川庆喜"辞官纳地"。1月27日，以萨、长两藩为主力的天皇军5000人，在京都附近与幕府军1.5万人激战(鸟羽、伏见之战)，德川庆喜败走江户。天皇军大举东征，迫使德川庆喜于1868年5月3日交出江户城，至11月初平定东北地区叛乱诸藩。1869年春，天皇军出征北海道，于6月27日攻下幕府残余势力盘踞的最后据点五棱郭(在函馆)，戊辰战争结束，日本全境统一。
二、 明治维新
以明治天皇为首的新政府，于1868年4月6日发布具有政治纲领性的《五条誓文》，6月11日公布《政体书》。9月3日天皇下诏将江户改称东京。10月23日改年号为明治。1869年5月9日迁都东京。并颁布一系列改革措施:
1869年6月，明治政府强制实行"版籍奉还"、"废藩置县"政策，将日本划分为3府72县，建立中央集权式的政治体制，且天皇一切权力集于一身。
社会体制方面，废除传统时代的"士、农、工、商"身份制度，将皇室亲缘关系者改称为"皇族"，过去的公卿诸侯等贵族改称为"华族"，幕府的幕僚，大名的门客等改为"士族"，其他从事农工商职业和贱民一律称为"平民"。
经济产业体制方面，引进西方近代工业技术，设立工部省管理工商业;改革土地制度，废除原有土地政策，许可土地买卖，实施新的地税政策；废除各藩设立的关卡；统一货币，并于1882年设立日本银行(中央银行)；撤消工商业界的行会制度和垄断组织，推动工商业的发展。
与此同时，日本学习欧美大力开展教育、交通、司法、军事等体制改革。明治维新取得了和中国的洋务运动截然不同的效果。日本经过20多年的发展，国力日渐强盛，先后废除了幕府时代与西方各国签订的一系列不平等条约，重新夺回了国家主权，最终进入了近代化。
日本的军事力量也快速强化，到了明治时代中后期，军事预算急剧增加，约占政府经费的30%-45%，实行军国主义。1894年甲午战争击败大清帝国，1904年日俄战争击败强大的沙皇俄国，1910年吞并朝鲜，逐步跻身于世界列强的行列。
但明治维新具有不彻底性，在各方面保留了大量旧日本时代的封建残余，推崇武士道精神、土地兼并严重、广大农民及下层武士生活贫困。1888年，日本产业革命出现高潮，急需对外商品输出和资本输出。日本作为一个岛国，国内本身就资源匮乏、市场狭小，加之存在大量封建残余势力，社会转型期各种社会矛盾日益尖锐，以天皇为首的日本统治集团急于从对外扩张中寻求出路。1880年开始，小川又次两次受日本军部指派，前往中国刺探情报，并于1887年向日本军部提交“清国征讨方略”，极大刺激了日本的侵略野心。其后在日本军政界逐渐演化出以侵略中国为中心的“大陆政策”，到1927年日本首相田中义一呈送给天皇的《田中奏折》，毫不掩饰其侵略中国、称霸世界的野心。日本“大陆政策”的第一步是侵占台湾，第二步是吞并朝鲜，第三步是进军满蒙，第四步是灭亡中国，第五步是征服亚洲，称霸世界，实现所谓的“八纮一宇”。
三、 日本对外侵略扩张的理论基础
有关“征”与“战”：自古中原王朝自视为天朝上国，周边小国均是外夷。中原皇帝和诸藩藩王之间是君臣关系，由此演化出古代最重要的秩序——“天子之兵有征无战”（出自《汉书》）。《孟子》也说“征者，上伐下也”。所以“征讨”二字只能用于中原王朝对臣下藩国的战争。两个藩国间的武力对抗才用“战”这个字。
再看日本的这一份《清国征讨方略》，日本此时在心态上已经将自己置于清朝之上了。其实从明朝被清朝灭亡后，日本、朝鲜、越南对清朝就抱着轻蔑的态度，认为是蛮夷，不再认同中国是华夏文明的正统。日本和朝鲜都自称为“中华”，甚至为谁才是华夏文明的正统继承者而争论。越南则自称“中夏”，并对中南半岛执行“改土归流”和“以夏变夷”，认为越南是“中国”而周边国家都是“蛮夷”。日本疯狂地宣传“华夷变态”，认为中国已经变为蛮夷之地，中国文化精华保留在日本，日本才是中华正统。后来经德川光圀《大日本史》的操作，明确将中国列为“藩部”。到小川的时代，就明确了日本侵华是“征讨”，日本是天下中心，天皇征讨中国天经地义。
日本近代著名汉学家内藤湖南提出“文化中心移动说”，认为宋亡后华夏文明在中国逐渐衰亡，回天乏力。华夏文明的中心将会移到日本，日本有责任和义务来实现华夏文明的伟大复兴。这个观点后来又进一步催生出“大东亚共荣圈”政治理论。这个理论认为日本应该在东亚承担起领袖的责任，带领东亚中华文化圈走向现代文明，最终把东方文明发扬光大。这些理论基础让日本人在自我感觉上占了大义名分，从此对外侵略扩张之心越发膨胀。
日本人对中国社会和历史文化研究的深度和广度，超出许多中国人的想象，甚至让中国学者蒙羞。陈寅恪在1929年时就为此感叹不已，说“群趋东邻受国史，神州士夫羞欲死”。从1899年到1933年，内藤湖南先后九次来中国考察、学习、交流，足迹遍及中国各地，与中国众多知名人士接触交流。《燕山楚水》一书记叙了他在中国的所见所闻，涉及中国的地理、历史、文化等多方面，其中也对中国社会的诸多积弊提出了自己的见解。内藤湖南所处的时代，正是中国从清末到民国的动荡时期，他在军事、政治上十分蔑视满清和民国，认为中国是已经腐朽的僵尸，极力主张日本取而代之，甚至不惜以战争的方式进行。内藤湖南还有一个争议很大的理论，即“文明的中毒与解毒说”，认为文明发展到一定高度后就会产生毒素，需要外来文化的冲击来“解毒”。这一理论后来也成为日本侵华的一个理论依据。
甲午海战爆发后，日本发布缴文《开诚忠告十八省之豪杰》，文中说：满清乃塞外之一蛮族，既非受命之德，又无功于中国，乘朱明之衰运，暴力劫夺，伪定一时，机变百出，巧操天下。此语否认了清政府的合法性。整篇缴文其实就是说，中日都是中华，同种、同文、同伦理。但中国被满清非法占领了，我们是来解放你们，解放后兄弟我就回日本去。当时许多汉族知识分子和军民抗日热情不高，反而期待日本战胜，希望借此推翻清政府。战争结束签署马关条约，日本人不承认这是中日战争，而是称为“日清战争”。清朝只是夷狄，他们只是对清作战，而不是对中国作战。这个理论对当时中国的知识分子具有很大的欺骗性，许多人对日本抱有好感，甚至有希望日本帮助中国重新复兴的美好期望。旅日的革命党人更是深受影响，这可能也是抗日时期汉奸众多的一个重要原因。
孙中山在日本期间就与日本右翼组织“黑龙会”关系密切。1901年2月23日，头山满、内田良平等人在东京组织成立黑龙会，目的在于谋取黑龙江流域为日本领土，其会名即从黑龙江而来。
内田良平1898年就与孙中山相识，1900年到新加坡帮助孙中山组织广东惠州起义。1905年7月孙中山从欧洲再到日本，中国同盟会成立筹备会就是于7月30日在东京内田良平的家中召开，会上内田良平正式加入了中国同盟会。不久，当时的黑龙会会员、后来日本法西斯主义的灵魂人物北一辉也加入了中国同盟会。
黑龙会是一个凶恶的侵略组织，其目标是击退俄国势力，进而吞并东北三省、蒙古和俄国的西伯利亚。当时孙中山提出的革命口号是“驱除鞑虏，恢复中华”，双方并无冲突，因此结成同盟。也许在当时的革命党人看来，东北三省是满人之地，丢不丢与汉人江山无关。放在现在来看，这是有一定历史局限性的，这其中也一定程度上受到了日本精心伪装的侵略理论的欺瞒。