PharmGKB数据库

最近在研发安全用药相关产品，查找了很多的数据库，PharmGKB是史上唯一一个收集最完整的与药物基因组相关的基因型和表型信息，并将这些信息系统地归类的数据库。
PharmGKB全称是Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base，翻译成汉语就是遗传药理学与药物基因组学数据库，网站把基因和药物的关系分为两个大的范畴：表型（包括：临床结果（CO），药效学和药物反应（PD），药物动力学（PK）以及分子和细胞功能化验（FA））； 基因型（GN）。研究中用到了Cleaver, Family Tree等工具。目前，该数据库中包含有27007个基因与4654种药物和4067种疾病的相互作用资料。该数据库由美国国立卫生研究院（NIH）创建。网址是：https://www.pharmgkb.org/。

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PharmGKB网站的建立主要分为三个部分：
1.文献数据提取：从最原始的药物基因组学，药物遗传学及临床医生发表的相关文献中提取数据，形成网站的的药物基因组学知识库基础。
2.基因-药物数据提取，注释：对gene-drug相关数据进行提取，注释，聚集和综合分析，对药物基因组相关知识进行进一步归类。
3.临床注释及实施：临床注释信息包括基因型与药物基因组学描述，评价等，临床实施包括数据联合应用，个体化用药及用药指南等。

关于此网站的应用，若只是平常的查询工作，包括：哪些药物是明确需要基因检测的；药物与基因的信息；药物剂量参考指南以及药物相关代谢通路等，我们可以直接在主页上输入基因，药物，疾病或突变名称进行检索；若还需进行药物遗传学以及药物基因组学研究设计，需进行用户注册，这样可以访问并下载原始数据以辅助后续的分析。
通过检索相关内容，可以知道有哪些药物是明确需要基因检测的，

下面以罗格列酮（rosiglitazone）为例，对网站使用进行详细说明：
1.输入rosiglitazone后，搜索引擎会自动罗列药物相关的构型及说明。

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2.看到搜索结果中包含剂量指导、药物标签、临床和变异注释。

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3.在剂量指导（PGx Prescribing Info）中，数据库给出了相关的注释和来源引证，我们还可以找到相关的药物认证标签，如FDA等机构的认证信息，但我输入的药物暂时还没有剂量指导信息。

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4.在clinical annotation中，包含了临床证据级别，基因，变异位点，表型等信息。

相关的临床注释能提供关于病人基因型-药物之间的关系，且还包含了对表型的总结摘要。

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5.变异注释中，详细的介绍了对应的突变，PMID，药物分子和其它相关信息，点入“Read Now”还可以看到相关的参考文献，这部分有些信息是需要注册才能看的。

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6.在Literature中给出对应的文献资料。

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7.在pathways中，可以找到药物参与的相关通路及描述。

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8.在“Related to”目录中，数据库非常智能的将药物与其它相关信息联系起来，比如罗格列酮有0个分子构型，与8个基因、4种疾病相关。

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以上是网站搜索结果的注释，其余科研工作需要的信息，还需自行查找，自行学习，真是个神奇的数据库。