崇祯十五年五月，李自成在朱仙镇取得大捷，河南的明军主力基本被全歼。由于惨败，其它各路明军也纷纷畏惧李自成，不敢驰援河南与李自成作战。此时朝廷里已经有部分官员在议论要不要迁都南京了。
崇祯十六年六月，周皇后就提出过迁都的建议，她对崇祯说：“吾南中尚有一家居。”周皇后这话往严重了说是后宫干政，如果崇祯完全没有这个意图，周皇后不敢说，崇祯也不可能不处理（至少要训斥一通）。
“后性严慎。尝以寇急,微言曰:‘吾南中尚有一家居。’帝问之,遂不语,盖意在南迁也。”
《明史 后妃传二》
崇祯十七年，眼见李自成已经打进山西，京师岌岌可危。各地的兵马要么是因为缺乏粮饷无力勤王，要么是想着保存实力不愿意勤王，这时迁都的话题就不得不公开讨论了。
朝臣中最早向崇祯提出迁都建议的是，左都御史李邦华向崇祯推荐的翰林学士李明睿。
崇祯十七年正月初三，李明睿在德政殿向崇祯指出，迁都南京是不亡国的唯一出路。经过李明睿的反复劝说和开导，崇祯也说出了自己的心里话：
此事我已久欲行，因无人赞襄，故迟至今。汝意与朕合，但外边不从奈何。此事重大，尔宜密之，切不可轻泄。泄则罪将坐汝。
什么意思？就是这事虽然我也想，但是我不会出面做主。你得细细谋划，拉人入伙形成公议。如果事不成，我不会帮你，你得背锅。
这段话出自《明季北略·李明睿议南迁》，笔者相信这不是崇祯的原话，因为说得实在是太露骨了。但是笔者相信崇祯本人就是这个意思，因为崇祯就是这么个不主动担责的人。
说明：说崇祯不愿意自己承担责任并不是黑他或者污蔑他。比如对于袁崇焕和“己已之变”，崇祯根本推卸不了责任（一意孤行，盲信袁崇焕），但最后他把所有的责任都推给袁崇焕；授意兵部尚书陈新甲与后金秘密议和，结果事泄后以私款辱国的罪名将其斩首。
崇祯和李明睿随后又就南迁的理由、路线、如何接应殿后等又密议了几日后，向内阁和朝臣们正式提出迁都的方案。
崇祯召集朝会向众臣宣布：翰林学士李明睿力主皇帝率众南迁，次辅魏德藻等大臣辅政，太子留守北京，保护宗庙社稷。
崇祯的妹夫，驸马巩永固表示附议。但是除他之外绝大部分朝臣都明确反对，内阁首辅陈演明确表态内阁绝不附署此议。兵科给事中光时亨更是：“不杀李明睿，不足以安定民心。不杀李明睿，何以治天下。”
他们反对的理由主要是以下几点。
第一，当年英宗被俘，京师危急，于少保就未同意南迁之议，最终君臣一心固守，没有酿成大宋南逃之祸。
第二，如果崇祯率众南迁，那么整个北方将人心尽失，太子也守不住京师，自然也就守不住宗庙社稷。
第三，现在李自成虽然势大，但是京师墙高城坚，闯军并不见得能攻克。后金数次入寇京畿不就见坚城后自己折返了么？所以李自成最多也就是到京师附近劫掠一番就会撤走。
这只是他们说出来的理由，还有更重要的三个理由他们没有讲，当然也说不出口。
首先是京师朝廷的官员们的资产、人脉绝大部分在北方，一旦南迁大量的不动产（主要是耕地、房产、商铺）无法带到南方。而且他们在北方的家族、仆从（包括他们的财产）也无法全部跟随南迁，这势必会大幅度削弱他们的财产和实力。
南迁路途遥远（南京的直线距离都有两千里），现在北方已然大乱，长距离、大规模的迁徙很难保证行程安全，在流寇、饥饿的明军眼里他们个个都是肥羊。
第二，就算安全抵达南京。南京那边的南方官员还会视他们为朝廷骨干么？南方可多是和朝廷不对付的东林党、复社成员。去了南方就等同于寄人篱下，南方派系的官员们自然要剥夺他们的权力，顶替他们的地位，和西晋衣冠南渡时一样。这也是朝廷官员们无法接受的。
第三，朝廷的官员们其实并不怕李自成。因为即便是真的要改朝换代，正常情况下起义军们也需要依靠他们这些官绅集团来维护秩序，管理天下。所以就算是明朝灭亡了，他们的损失也不会有多大，只需要向另一个人口呼万岁而已。
说明：第三点虽然无耻、狗血，但这二千多年来被历代王朝反复证明的事实。掀翻上一个皇族，然后依靠官绅集团建立新的皇权统治帝国。只不过李自成没能像朱元璋主动脱离红巾军那样改组自己的起义军，进了北京之后还是没有有效的组织结构。不但没有和这些官绅建立联盟，反而肆意掠夺压榨，结果导致了自己的速亡。
由于群臣的激烈反对，崇祯不愿意乾坤独断并承担责任。就表示自己并不是真的赞同此议，只是想听听众臣的意见云云，搪塞了过去。
实际上迁都也确实是非常困难的事情，别的朝代不说，就说明朝。定都南京的朱元璋就想迁都（只不过他的目标不是北京），以朱元璋的手段群臣除了个别人敢进谏几条不同意见外，谁敢真正反对阻扰？就这样也纠结了十几年而最终未成。
到了第三任皇帝朱棣，他也想迁都。这时文官已敢群起反对了，好在朱棣是造反出身，军权在握（主要是带兵骨干们都是北方人想迁都），朱棣大开杀戒之后才真正成行。
可见在王朝强盛、皇权至上、天下莫不臣服的情况下，迁都都还是比较困难的事情。而到了崇祯朝，王朝已然没落、天下贼兵四起、朝臣已敢蔑视君权，迁都之议只会更加困难。
另外朝臣们明面上的理由对臣子们来说可能是扯淡，但是对崇祯来说就不得不慎重考虑，因为这涉及到他皇权合法性的基础，道义。
皇帝作为天子享有至高权力的同时，也必须成为天下的表率。大家细看崇祯和李明睿的方案就会发现一个问题，既然是觉得守不住京师才要迁都，为啥还要留太子在京师？
留太子不是觉得他能守住京师，而是必须向天下表明态度，皇帝并没有放弃宗庙、祖陵、祖宗之土（这些是没办法搬到南京去的）。留太子的目的实际就是以牺牲太子（死社稷）来维护朱家皇权的正当性，因为以我们的传统价值观，连祖宗都主动抛弃的人别说做人君，连做人都不合格。
从来不愿意担责任的崇祯自己也下过《罪己诏》，那是因为张献忠攻破凤阳，挖了朱家的祖坟。这责任崇祯没办法推给其他人，必须他自己负，不然他凭什么做皇帝（对于我们普通人也一样，如果自己祖坟被掘，无论你扯什么理由都不能逃避自己看护不周的责任，往别人身上推只会让旁人更加鄙视你）。
而且就算崇祯抛下不愿同往的群臣自己去了南京，也不见得就真的能保住他的皇权。毕竟很难改变北方完全沦陷于贼手的命运，作为输光了的光杆皇帝，南方的臣工们真的还会把他当皇帝么，成为傀儡可能就是逃脱不掉的命运。
所以这样看下来，迁都对于崇祯朝来说就是不可能的事情，所以此次迁都之议只能不了了之。但是不迁都，李自成并不会停止攻向京师的脚步，朝廷也变不出军饷来招募军队抵御闯军。明朝就真的没有办法了么？
不是，当时还有个办法，而且这个办法的障碍很少，并且成功几率远高于迁都。
李自成攻陷太原、占领宣府后，崇祯再次召集内阁、部院大臣们商议如何应对危局。这次左都御史李邦华提出了一个反向的迁都方案。就是皇帝留守京师，派太子南下监国。
明朝本来就是两京制，而且前朝有过太子守南京的先例。所以皇帝留守，派遣太子去南京朝臣们即便有人反对，人数不会多，理由也不会有多充分。
说明：明朝的两京制度，北京和南京保留有相同的六部三司等衙门，南京作为陪都（可以视为备份）。南京的部门大多没有实权，部门的职位数量也比北京对应的部门少很多。但是南京有三个部门是有实权的（南京兵部、户部、镇守太监）。另外明朝也没什么太子守南京的祖制，宣宗之后就没有太子去过南京。
李邦华的意思是，既然皇帝南下去南京不可能，那就派太子南下。太子是储君，到了南方就是一面旗帜。即可在南方组织防御，抵御农民军侵占南方财税之地。也可以组织军队、物资、粮饷支援在北京坚守的皇帝。
万一京师陷落，皇帝遭遇不测，太子也可以顺利地以嗣君身份登基。虽然是偏安，但是不会亡国，宗嗣也不会灭。
廷议开始后，跟李邦华最初设想的一样，群臣果然无人反对，纷纷表示赞同。但是李邦华有一点没有想到，崇祯皇帝不同意。
崇祯为什么不同意？首先从最初迁都的方案就可以看出来，崇祯并不想牺牲自己（也许他不是怕死，是真的觉得只有自己活着才可以中兴明朝）。更为重要的原因还是权力在作祟。
崇祯不想做太上皇。
崇祯留守北京，可能出现三种情况。第一种北京城破他被俘（被杀就没他的事儿了，他也不会去考虑），这种情况下他铁定会被奉为太上皇（有英宗的例子）。
第二种情况，北京成为孤城，靠南方的援助勉强自保（这也是崇祯当时认为最有可能的情况）。这种情况下不管太子本人愿意不愿意，南方的大臣们光是为了拥立之功也会效法唐朝事，遥尊他为太上皇。
说明：唐朝安史之乱后唐玄宗入蜀避难，留太子李亨组织兵马讨伐叛逆。太子抵达朔方军大本营灵武，获取军队支持后，就诏告天下登基称帝，遥尊玄宗为太上皇，玄宗被迫接受。
第三种情况，崇祯率领军队击败李自成，然后从南京召回太子。如果这种情况可能发生的话，也就不会讨论迁都南下的事儿了。
所以在崇祯看来，只要太子去了南京，自己就不可避免地会成为太上皇。虽然此时太子朱慈烺只有十五岁，也许对权力没有那么渴望。但是在至高的权力之下，无父子。崇祯不可能完全信任他，这也是帝王家不可避免的悲剧。
不过崇祯也无法直接表明他的意思，面对群臣他没有回应是不是认可这个方案，而是说了句：国君死社稷，恒理也。然后开始指责内阁首辅陈演，无能失职导致今日危局。
朝中大臣算是完全明白了崇祯的意思，也都不再提太子南下的事情，纷纷开始攻击陈演，最终陈演被革职并当场轰出了大殿，由魏德藻接任内阁首辅。太子南下监国之议也就不了了之。
此后朝廷就在尴尬中度过，皇帝想走，但是没人提；派太子南下，大家都知道皇帝不同意就更不会有人出来触霉头。所有人只能去幻想，李自成会像后金一样，在京畿劫掠一圈之后就退走。
这种尴尬也没有持续太久，崇祯十七年三月十八日，李自成帮崇祯和群臣去除了这种尴尬，他入城了。
到这个时候权力的枷锁已然烟消云散，崇祯算是恢复了他父亲的身份。亲笔写下诏书，令成国公朱纯臣护卫太子朱慈烺和他的另外两个儿子（永王朱慈炯和定王朱慈焕），南下南京。
这三位皇子的命运历史中记载不一，但是有一点是可以肯定的，没有一个人安全抵达南京。实际上出发时崇祯怕是已经料到了结局，只不过他可以亲手杀死女儿但是没法亲手绝后罢了。
崇祯到死也没能认识到自己的问题，反而将全部过错归咎于群臣。那么他的结发妻子与他诀别之时是怎么说的呢？
崇祯十七年三月十八日暝，都城陷，帝泣语后曰：“大事去矣。”后顿首曰：“妾事陛下十有八年，卒不听一语，至有今日。” 乃抚太子、二王恸哭，遣之出宫。帝令后自裁。后入室阖户，宫人出奏，犹云“皇后领旨”。
《明史 后妃传二》
最终刚愎自用的崇祯是一死了之，但是随着北京洞开的城门而来的是千年未有的至暗时刻。