bedtools intersect用法 (intersectBed)

bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多位点信息在没在peaks或其他区域中，用这个工具非常方便快捷。

默认用法为：

bedtools intersect [OPTIONS] -a  \
                             -b 

或者：

intersectBed [OPTIONS] -a  \
                             -b 

其中a和b提供的文件为BAM/BED/GFF/VCF格式。

下边举例几种常见用法：

1. 默认

默认情况下取两个文件的交集区域：

cat A.bed

chr1 10 20
chr1 30 40

cat B.bed

chr1 15 18

intersectBed -a A.bed -b B.bed

chr1 15 18

2. -wa -wb参数

-wa 输出有overlap区域的原-a文件中的内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa

输出：
chr1 10 20

-wb会输出overlap的区域和其中-b文件中的内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wb

输出：
chr1 15 18 chr1 15 18

-wa -wb 输出overlap的区域所在-a和-b中的原内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa -wb

输出：
chr1 10 20 chr1 15 18

3. -v 参数
   -v输出在-a参数文件中没有overlap的区域：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -v

输出：
chr1 30 40

4. -wo
   输出overlap的长度：

 intersectBed -a A.bed -b B.bed -wo

输出：
chr1 10 20 chr1 15 18 3

此外还有一点要注意，假如是看两个位点是否一致，这里是不可以的，比如：
C.bed：
chr1 10 10
D.bed:
chr1 11 11

intersectBed -a C.bed -b D.bed -wa -wb

输出：chr1 10 10 chr1 11 11

也就是这里会认为是overlap的。但是，C.bed和D.bed第三列分别加1，即C.bed改成chr1 10 11, D.bed改成chr1 11 12，则不会有overlap了。