关于刘裕“首开恶例”的记载：刘裕以帝为零陵王，居于秣陵，行晋正朔，车旗服色一如其旧，有其文而不备其礼。帝自是之后，深虑祸机，褚后常在帝侧，饮食所资，皆出褚后，故宋人莫得伺其隙，宋永初二年九月丁丑，裕使后兄叔度请后，有间，兵人逾垣而入，弑帝于内房。时年三十六。谥恭皇帝，葬冲平陵。
史书只见刘裕弑杀东晋皇帝的记载，在王朝更替的过程中，与晋帝亲近的司马氏族人被杀肯定是难免的，但是要说司马懿的后人被族灭，那估计刘裕想做也做不到。
毕竟司马氏从西晋到东晋灭亡，历时一百六十年，司马氏皇族繁衍广大，即使晋元帝司马睿也不过是司马氏皇族中的一支，刘裕有何能耐，能灭得了司马一族呢？
所谓的刘裕灭司马一族，不过是对刘裕“首开恶例”，弑杀禅让之君的过分解读罢了，当然刘裕手里也没少杀晋宗室司马氏的人，刘裕为什么要这么做呢，当然是为了自己的顺利上位，以及稳固刘宋政权啦！
对司马家族的清理，刘裕不是开创者，却是终结者
相比于西晋时期，司马家族广建藩镇，实力强大，“八王之乱”中各个藩王实力都不俗，到晋元帝司马睿南迁之后，司马氏的势力已经消亡殆尽了，东晋司马氏的统治，有“王与司马共天下”之称，极度依赖王、谢、庾、桓四大家族的力量。
整个东晋时期，皇族司马氏掌权的时期是非常短暂的，只有在晋孝武帝“淝水之战”后，司马氏短期掌握了东晋的大权，在此后的一段时间内，东晋执政大臣多有司马氏的宗室成员，但原本各大家族掌控一方的情况依然没有解决。
早在刘裕之前，桓玄篡权的时候，就曾对司马氏进行过清理，晋安帝时期，桓玄从荆州起兵，执政皇族成员司马元显派刘牢之率领北府军平叛，刘牢之担心立功后不容于司马元显，命令北府军向桓玄投降，不久之后桓玄就攻进了建康城，诛杀执政司马道子、司马元显父子及府中属吏，又杀死庾楷、司马尚之等大臣。
虽然后来桓玄被刘裕击败，逃到江陵后，被益州刺史毛璩的部下都督冯迁所杀，但是经过桓玄这一波清理之后，司马家族中有实力参与朝政的也只有逃到南燕的司马休之了，桓玄败亡后，司马休之返回东晋，出任荆州刺史，在荆州积蓄力量，对抗执政的刘裕。
公元414年，东晋义熙十年，占据荆州的司马休之因而儿子司马文思在建康网罗游侠之士，计划杀死刘裕，二人决裂。次年，刘裕诛杀司马休之在建康的次子司马文宝和侄子司马文祖等族人，出兵讨伐司马休之。
刘裕率军攻破江陵、襄阳等地，一举吞并荆州、扬州，司马休之带着儿子司马文思逃往北方，投靠了后秦，后来又投降北魏，跟随司马休之一起逃走的还有章武王之子司马国璠和司马道赐，基本上司马休之败逃之后，东晋司马氏有实力的宗族成员就被刘裕一锅端了。
皇帝的终结者刘裕，先后杀死六位皇帝
桓玄在建康称帝，建立桓楚政权，刘裕聚集北府军残余，起兵反抗桓玄，将桓玄赶出建康，桓玄从江陵败逃蜀中时被杀，此后刘裕攻灭南燕，将南燕国主慕容超在建康斩首。
晋安之乱后，刘裕派朱龄石率军进攻割据益州的谯蜀政权，次年朱龄石率领晋军攻入成都，谯纵自杀而死，谯蜀灭亡。公元416年，刘裕分兵四路北伐，历时一年多，攻破潼关，进入长安，后秦皇帝姚泓率众投降，后秦灭亡，姚泓被刘裕押回建康，与慕容超一样被斩首。
为刘裕带来巨大争议的是他杀死晋安帝、晋恭帝两位曾经的主上，公元418年，刘裕以军功受封宋公，升任相国、总百揆、扬州牧，同年十二月，刘裕指使王韶之杀死晋安帝，立琅琊王司马德文为帝，是为晋恭帝。
公元420年六月，刘裕取代东晋称帝，改国号为“宋”，建立刘宋王朝，将晋恭帝司马德文改封为零陵王，司马德文被迁往秣陵居住，由冠军将军刘遵考带兵看管。
据说司马德文与褚皇后在圈禁过程中，生下了一个孩子，被皇后的兄长褚秀之、褚淡之告知了刘裕，刘裕命二人将孩子害死，刘裕一直想处死司马德文，但是碍于褚皇后亲自料理司马德文的生活，无法下手。
一年左右，刘裕终于忍不住了，派琅琊侍中携带毒酒去毒杀司马德文，但是张伟不想背上弑君的骂名，在半路上自己把毒酒喝了，刘裕大怒，派褚淡之和自己的亲兵去杀司马德文，褚淡之将褚皇后引出后，刘裕的亲兵将司马德文用被子闷死在床上。
刘裕为何要下毒手杀死禅位的司马德文呢？
后世史学界都将弑杀禅让之君的锅安到了刘裕的头上，却忽略刘裕弑杀司马德文是在南北朝这样一个“礼崩乐坏”的时代，将目光放到北朝，那皇帝被权臣杀的，那是一个干净利索的。
前赵的匈奴刘氏，皇位还没来得及让出去，皇帝就被兄弟杀死了，后赵的皇帝石弘三番五次想把皇位让给堂兄石虎，结果人家不接受他的禅让，要把他废黜掉，然后杀死，这些可都比刘裕坏的冒了烟了。
为什么骂名都被刘裕背上了，无外乎因为刘裕是汉人，是讲究礼仪的汉人，而汉赵的刘氏、石赵的石氏都是野蛮嗜杀的胡人，所以刘裕成为了被认为破坏规矩的那个人。
但其实刘裕生活在那样一个南北剧变的时代，虽然南方的东晋一直掌控在汉人手中，但是因为激烈的对抗和时常发生的叛乱事件，已经严重影响了皇权在人们心目中的分量，北方在缓慢地汉化，南方也在潜移默化地受到北方的影响。
东晋皇帝已经从原先的傀儡，发展到被桓氏赶下台，刘裕帮助司马氏复位之后，司马氏已经成为刘裕手中的工具了，此时东晋皇帝的权威早已不能与汉献帝和魏帝曹奂相比了。
最后，刘裕要杀司马德文的原因主要有两个，一是从刘裕执政东晋开始，就在推行改革，打击世族势力，从土地政策到整顿吏治方面，刘裕都在打击世族，这是寒门出身的刘裕为了稳固地位的必要措施。
司马家在南朝虽然算不上强大的世族，但是他们以皇族的身份却是各大世族利益均衡的支点，是平衡各方势力的一个关键，刘裕要打破南朝世族执政的格局，就要破坏掉这个平衡，让各大世族相互之间产生分歧，以便于自己的统治。
二是，本身晋恭帝司马德文虽然是东晋最后一位皇帝，但是自身的才能还是有点的，在晋安帝时代，司马德文也曾率军出征，与桓玄、孙恩作战，虽然没啥战绩，但是能率大军出征，本身也是一种能力，而且皇后褚氏一族势力也不容小觑，所以司马德文留不得。