- python做生物信息学分析_Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因
吴敬欣
python做生物信息学分析
目前来说,做生物信息学的人越来越多,但是我觉得目前而言做生信的主要有三类人:老本行是做实验的,做生信可能是为了辅助研究或者是为了发paper(有非常多的临床生选择趟生信这波水)主要是做生信的,主要涵盖高通量测序数据分析,组学数据分析等等,专门从事生物学数据分析的这群人,其大部分也是本科生物狗作为强大的生力军,以调包写R,python为主。那么这群人就要熟悉看各种包的tutorial以及如何进行常规
- 用Python实现生信分析——功能预测详解
写代码的M教授
生信分析python开发语言
功能预测是生物信息学中的一项重要任务,通过分析基因或蛋白质序列的特征,推测它们的生物学功能。功能预测通常涉及多种方法,包括序列比对、基序识别、机器学习模型等。这些方法可以帮助科学家推断未知基因的功能,从而加速生物学研究的进展。1.功能预测的主要方法(1)同源性比对:通过将未知基因或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对,识别出同源序列,并推测它们的功能。常用工具包括BLAST、HMMER等。(2)
- 用Python实现生信分析——序列搜索和比对工具详解
写代码的M教授
生信分析python
1.什么是序列搜索和比对工具?序列搜索和比对工具在生物信息学中用于在大型序列数据库中搜索与查询序列相似的序列,并进行比对分析。这些工具可以帮助研究人员识别与目标序列相关的已知序列,从而推测其功能、结构和进化关系。常见的序列搜索和比对工具包括:BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool):最常用的序列搜索工具,能够快速找到与查询序列相似的序列。FASTA:另一个常用的序列
- 如何“调优”我们自身的人体系统?
SugarPPig
笔记养生
文章主题本文主要围绕如何通过科学方法优化人体系统,提升健康、学习和工作效率,延缓衰老等展开,内容涉及睡眠、饮食、心态、学习、大脑健康和长寿等多个方面,基于斯坦福神经科学教授AndrewHuberman等人的研究成果和实践经验分享。核心内容一、睡眠原理生物钟控制:生物钟影响体内化学物质变化和体温变化,进而影响内在状态和外在行为。皮质醇和肾上腺素让人早上醒来,同时设定松果体释放褪黑素的倒计时,让人在十
- 用 PyTorch 构建液态神经网络(LNN):下一代动态深度学习模型
点我头像干啥
AI深度学习pytorch神经网络
引言在深度学习领域,研究人员不断探索更接近生物神经系统工作方式的模型。液态神经网络(LiquidNeuralNetworks,LNN)正是这样一种受生物神经元动态特性启发的创新架构。本文将带你了解LNN的核心概念,并展示如何使用PyTorch实现这种前沿模型。一、什么是液态神经网络?液态神经网络是由MIT研究人员提出的一种新型神经网络架构,它模仿了生物神经系统的几个关键特性:动态连接:神经元之间的
- 智能手机是人类的寄生物
CIb0la
方法论学习程序人生智能手机
有个有趣的观点,智能手机是人类的寄生物。在人类的演化过程中,寄生虫如头虱、跳蚤和绦虫一直伴随左右。但现代最强大的寄生物并非是吸血的无脊椎动物,而是智能手机。智能手机寄生于我们的时间、注意力和个人信息,为科技公司及其广告商谋利。从演化和寄生的角度看,智能手机对社会构成了独一无二的风险。寄生虫的生存依赖于宿主,离开宿主会很快死亡,以头虱为例,它给人类带来的代价主要是痒。智能手机改变了我们的生活,以至于
- 肿瘤靶向治疗中NCCN指南与临床试验入组标准的自动匹配系统(匹配精度98.7%)
百态老人
人工智能
一、核心概念解析NCCN指南的权威性与结构定位:NCCN指南是全球肿瘤诊疗的“金标准”,覆盖97%的美国癌症患者管理决策,基于证据等级(1/2A/2B/3类)和专家共识制定,每年至少更新一次。核心内容:按癌种分类(如非小细胞肺癌、乳腺癌)的靶向治疗路径,明确生物标志物检测要求(如EGFR、ALK突变)。治疗推荐分级:Category1(高级别证据)和2A(专家共识)推荐纳入NCCN纲要,直接影响医
- 工业基材失效的分子级应对逻辑:键合增强与智能适配
工业基材失效的分子级应对逻辑:键合增强与智能适配一、失效根源:环境-基材-涂层的动态博弈'1.孔隙暴露的连锁反应新基材(瓷砖、金属、混凝土)在加工后表面微孔直径达0.1-5μm,形成腐蚀介质渗透通道。若未及时封闭:-键合率不足:防护层与基材结合力<60%,水汽反向渗透导致3-6个月脱落;-环境侵蚀加剧:酸雨(H⁺渗透)、微生物代谢酸加速键合点断裂,引发泛白、黑斑。2.传统防护的局限性-有机涂层:易
- [机缘参悟-234]:人感知到的世界是真实的吗?现实世界会不会是虚拟的?
文火冰糖的硅基工坊
随缘参悟感悟架构模式
前言:数字世界(I-C-T)-物质世界虚拟世界(I-C-T)-虚拟世界信息技术(I-C-T)-物理、化学、生物互联网-通信网-终端-物质云(I)-网(C)-端(T)-物云(中枢神经)-网(周围神经)-端(感官)-物质世界由计算机软硬件构建的看似纷繁复杂、看似五彩斑斓、看似真实的、数字化、智能化的虚拟世界,其底层本质就是二进制的电平序列,掉电后,啥都没有,啥都不是。这与佛家对精神世界的理解是一致的,
- **脉冲神经网络:探索发散创新的潜力**一、引言随着人工智能技术的飞速发展,神经网络已成为解决复杂问题的强大工具。其中,脉冲神经网络(Spiking Neural Network,SNN)作为一种模拟
weixin_43880734
人工智能神经网络深度学习python
脉冲神经网络:探索发散创新的潜力一、引言随着人工智能技术的飞速发展,神经网络已成为解决复杂问题的强大工具。其中,脉冲神经网络(SpikingNeuralNetwork,SNN)作为一种模拟生物神经网络的工作机制,因其高效、节能的特性而受到广泛关注。本文将深入探讨脉冲神经网络的基本原理、创新应用以及发展前景。二、脉冲神经网络概述脉冲神经网络是一种模拟生物神经网络中神经元之间通信方式的网络。与传统的人
- 人工神经网络:架构原理与技术解析
weixin_47233946
架构
##引言在深度学习和人工智能领域,人工神经网络(ArtificialNeuralNetwork,ANN)作为模拟人脑认知机制的核心技术,已在图像识别、自然语言处理和强化学习等领域实现了革命性突破。从AlphaGo击败人类顶尖棋手到ChatGPT的对话生成能力,ANN的进化持续推动技术边界的扩展。本文将深入剖析人工神经网络的核心原理、技术实现与发展趋势。##一、基础概念与数学模型###1.1生物启发
- “组学”的数据结构与概念
不秃的卤蛋
组学多组学人工智能深度学习
1.组学数据:生命系统的分子层面快照定义:组学数据是指利用高通量实验技术,对生物样本(细胞、组织、个体等)在特定状态下,某一类生物分子全集进行系统性、大规模定量测量所产生的数据集。核心特征:全局性(Global):目标是对该分子层面尽可能完整的覆盖(如全基因组、全转录组、全蛋白质组),而非单个分子。高通量(High-throughput):依赖先进平台(如二代/三代测序、高分辨率质谱、芯片技术),
- harmony-utils之SM3,SM3工具类
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- 马化腾重回中国首富宝座 张一鸣、钟睒睒分列第二、第三
财经三剑客
百度
根据彭博亿万富翁指数的最新数据,腾讯创始人马化腾的个人财富达到了439亿美元,这一数字让他超越了农夫山泉和万泰生物的董事长钟睒睒,成为了中国首富。钟睒睒的财富有所下降,跌至第三位。而字节跳动有限公司的创始人张一鸣,其公司旗下拥有广受欢迎的短视频平台TikTok,他的财富排名第二。尽管马化腾的财富有所增加,但与2021年1月的峰值相比,他的净资产仍然下降了大约40%。自7月以来,马化腾已经是第三位获
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- 中国高新科技杂志中国高新科技杂志社中国高新科技编辑部2024年第10期目录
科研达人互联网领域资深工程师陈晔技术引领创新赋能以IT技术推动行业转型升级宋丽君;5-6中国科学院过程工程研究所副研究员武春晓助跑科研“马拉松”共圆创新中国梦周玮;杨烁;7-8中国科学院大学资源与环境学院副教授蔡晓琳生物治理重金属土壤焕发新生机朱琳;杨烁;9-10创新中国《中国高新科技》投稿:
[email protected]苏州拓瑞特新材料有限公司总经理廖仕杰从科研专家到行业领袖探索科研创新与产
- 博弈论概述
C7211BA
博弈论
博弈论(GameTheory)是研究理性决策者在策略互动中如何行动和决策的数学理论。它广泛应用于经济学、政治学、生物学、计算机科学等领域。以下是博弈论的主要思想和核心概念:1.核心思想博弈论的核心是分析多个参与者(玩家)在相互依赖的情境中如何做出最优决策,即每个人的收益不仅取决于自己的选择,还取决于他人的选择。主要特点包括:策略互动:玩家的决策相互影响。理性假设:玩家追求自身利益最大化(理性人假设
- 数字媒体专业核心课程体系以“艺术创意+数字科技+产业应用”三维融合
速易达网络
数字媒体专业课程媒体科技
数字媒体专业核心课程体系以“艺术创意+数字科技+产业应用”三维融合为核心,培养兼具技术实践与艺术创新能力的复合型人才。课程设计紧跟行业趋势,结合2025年最新高校培养方案,系统梳理如下:一、艺术与技术基础模块艺术基础课程造型与色彩:素描、速写、色彩理论、构成艺术,培养空间结构与视觉表达力。动态设计:运动规律、角色动作表达(生物力学原理),掌握动画底层逻辑。设计理论:设计美学、艺术设计概论,提升审美
- 黎明港口:D&D第五版角色扮演游戏指南
二院大蛙
本文还有配套的精品资源,点击获取简介:《黎明港口》是一款以Dungeons&Dragons第五版规则为框架的角色扮演游戏活动,设定在虚构的港口城市,玩家将经历冒险、解决问题和与奇幻生物交互。该游戏通过一个详细的Wiki提供支持,包含了背景故事、人物、地图和怪物资料,以及一个完整的压缩包资源包,内含活动手册和地图等。玩家扮演特定角色并进行团队合作以推进故事。该活动结合了HTML技术,为DM和玩家提供
- [黑洞与暗粒子]没有光的世界
comsci
无论是相对论还是其它现代物理学,都显然有个缺陷,那就是必须有光才能够计算
但是,我相信,在我们的世界和宇宙平面中,肯定存在没有光的世界....
那么,在没有光的世界,光子和其它粒子的规律无法被应用和考察,那么以光速为核心的
&nbs
- jQuery Lazy Load 图片延迟加载
aijuans
jquery
基于 jQuery 的图片延迟加载插件,在用户滚动页面到图片之后才进行加载。
对于有较多的图片的网页,使用图片延迟加载,能有效的提高页面加载速度。
版本:
jQuery v1.4.4+
jQuery Lazy Load v1.7.2
注意事项:
需要真正实现图片延迟加载,必须将真实图片地址写在 data-original 属性中。若 src
- 使用Jodd的优点
Kai_Ge
jodd
1. 简化和统一 controller ,抛弃 extends SimpleFormController ,统一使用 implements Controller 的方式。
2. 简化 JSP 页面的 bind, 不需要一个字段一个字段的绑定。
3. 对 bean 没有任何要求,可以使用任意的 bean 做为 formBean。
使用方法简介
- jpa Query转hibernate Query
120153216
Hibernate
public List<Map> getMapList(String hql,
Map map) {
org.hibernate.Query jpaQuery = entityManager.createQuery(hql);
if (null != map) {
for (String parameter : map.keySet()) {
jp
- Django_Python3添加MySQL/MariaDB支持
2002wmj
mariaDB
现状
首先,
[email protected] 中默认的引擎为 django.db.backends.mysql 。但是在Python3中如果这样写的话,会发现 django.db.backends.mysql 依赖 MySQLdb[5] ,而 MySQLdb 又不兼容 Python3 于是要找一种新的方式来继续使用MySQL。 MySQL官方的方案
首先据MySQL文档[3]说,自从MySQL
- 在SQLSERVER中查找消耗IO最多的SQL
357029540
SQL Server
返回做IO数目最多的50条语句以及它们的执行计划。
select top 50
(total_logical_reads/execution_count) as avg_logical_reads,
(total_logical_writes/execution_count) as avg_logical_writes,
(tot
- spring UnChecked 异常 官方定义!
7454103
spring
如果你接触过spring的 事物管理!那么你必须明白 spring的 非捕获异常! 即 unchecked 异常! 因为 spring 默认这类异常事物自动回滚!!
public static boolean isCheckedException(Throwable ex)
{
return !(ex instanceof RuntimeExcep
- mongoDB 入门指南、示例
adminjun
javamongodb操作
一、准备工作
1、 下载mongoDB
下载地址:http://www.mongodb.org/downloads
选择合适你的版本
相关文档:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Tutorial
2、 安装mongoDB
A、 不解压模式:
将下载下来的mongoDB-xxx.zip打开,找到bin目录,运行mongod.exe就可以启动服务,默
- CUDA 5 Release Candidate Now Available
aijuans
CUDA
The CUDA 5 Release Candidate is now available at http://developer.nvidia.com/<wbr></wbr>cuda/cuda-pre-production. Now applicable to a broader set of algorithms, CUDA 5 has advanced fe
- Essential Studio for WinRT网格控件测评
Axiba
JavaScripthtml5
Essential Studio for WinRT界面控件包含了商业平板应用程序开发中所需的所有控件,如市场上运行速度最快的grid 和chart、地图、RDL报表查看器、丰富的文本查看器及图表等等。同时,该控件还包含了一组独特的库,用于从WinRT应用程序中生成Excel、Word以及PDF格式的文件。此文将对其另外一个强大的控件——网格控件进行专门的测评详述。
网格控件功能
1、
- java 获取windows系统安装的证书或证书链
bewithme
windows
有时需要获取windows系统安装的证书或证书链,比如说你要通过证书来创建java的密钥库 。
有关证书链的解释可以查看此处 。
public static void main(String[] args) {
SunMSCAPI providerMSCAPI = new SunMSCAPI();
S
- NoSQL数据库之Redis数据库管理(set类型和zset类型)
bijian1013
redis数据库NoSQL
4.sets类型
Set是集合,它是string类型的无序集合。set是通过hash table实现的,添加、删除和查找的复杂度都是O(1)。对集合我们可以取并集、交集、差集。通过这些操作我们可以实现sns中的好友推荐和blog的tag功能。
sadd:向名称为key的set中添加元
- 异常捕获何时用Exception,何时用Throwable
bingyingao
用Exception的情况
try {
//可能发生空指针、数组溢出等异常
} catch (Exception e) {
 
- 【Kafka四】Kakfa伪分布式安装
bit1129
kafka
在http://bit1129.iteye.com/blog/2174791一文中,实现了单Kafka服务器的安装,在Kafka中,每个Kafka服务器称为一个broker。本文简单介绍下,在单机环境下Kafka的伪分布式安装和测试验证 1. 安装步骤
Kafka伪分布式安装的思路跟Zookeeper的伪分布式安装思路完全一样,不过比Zookeeper稍微简单些(不
- Project Euler
bookjovi
haskell
Project Euler是个数学问题求解网站,网站设计的很有意思,有很多problem,在未提交正确答案前不能查看problem的overview,也不能查看关于problem的discussion thread,只能看到现在problem已经被多少人解决了,人数越多往往代表问题越容易。
看看problem 1吧:
Add all the natural num
- Java-Collections Framework学习与总结-ArrayDeque
BrokenDreams
Collections
表、栈和队列是三种基本的数据结构,前面总结的ArrayList和LinkedList可以作为任意一种数据结构来使用,当然由于实现方式的不同,操作的效率也会不同。
这篇要看一下java.util.ArrayDeque。从命名上看
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-装饰模式-Decorator
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.io.BufferedOutputStream;
import java.io.DataOutputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.Fi
- Maven学习(一)
chenyu19891124
Maven私服
学习一门技术和工具总得花费一段时间,5月底6月初自己学习了一些工具,maven+Hudson+nexus的搭建,对于maven以前只是听说,顺便再自己的电脑上搭建了一个maven环境,但是完全不了解maven这一强大的构建工具,还有ant也是一个构建工具,但ant就没有maven那么的简单方便,其实简单点说maven是一个运用命令行就能完成构建,测试,打包,发布一系列功
- [原创]JWFD工作流引擎设计----节点匹配搜索算法(用于初步解决条件异步汇聚问题) 补充
comsci
算法工作PHP搜索引擎嵌入式
本文主要介绍在JWFD工作流引擎设计中遇到的一个实际问题的解决方案,请参考我的博文"带条件选择的并行汇聚路由问题"中图例A2描述的情况(http://comsci.iteye.com/blog/339756),我现在把我对图例A2的一个解决方案公布出来,请大家多指点
节点匹配搜索算法(用于解决标准对称流程图条件汇聚点运行控制参数的算法)
需要解决的问题:已知分支
- Linux中用shell获取昨天、明天或多天前的日期
daizj
linuxshell上几年昨天获取上几个月
在Linux中可以通过date命令获取昨天、明天、上个月、下个月、上一年和下一年
# 获取昨天
date -d 'yesterday' # 或 date -d 'last day'
# 获取明天
date -d 'tomorrow' # 或 date -d 'next day'
# 获取上个月
date -d 'last month'
#
- 我所理解的云计算
dongwei_6688
云计算
在刚开始接触到一个概念时,人们往往都会去探寻这个概念的含义,以达到对其有一个感性的认知,在Wikipedia上关于“云计算”是这么定义的,它说:
Cloud computing is a phrase used to describe a variety of computing co
- YII CMenu配置
dcj3sjt126com
yii
Adding id and class names to CMenu
We use the id and htmlOptions to accomplish this. Watch.
//in your view
$this->widget('zii.widgets.CMenu', array(
'id'=>'myMenu',
'items'=>$this-&g
- 设计模式之静态代理与动态代理
come_for_dream
设计模式
静态代理与动态代理
代理模式是java开发中用到的相对比较多的设计模式,其中的思想就是主业务和相关业务分离。所谓的代理设计就是指由一个代理主题来操作真实主题,真实主题执行具体的业务操作,而代理主题负责其他相关业务的处理。比如我们在进行删除操作的时候需要检验一下用户是否登陆,我们可以删除看成主业务,而把检验用户是否登陆看成其相关业务
- 【转】理解Javascript 系列
gcc2ge
JavaScript
理解Javascript_13_执行模型详解
摘要: 在《理解Javascript_12_执行模型浅析》一文中,我们初步的了解了执行上下文与作用域的概念,那么这一篇将深入分析执行上下文的构建过程,了解执行上下文、函数对象、作用域三者之间的关系。函数执行环境简单的代码:当调用say方法时,第一步是创建其执行环境,在创建执行环境的过程中,会按照定义的先后顺序完成一系列操作:1.首先会创建一个
- Subsets II
hcx2013
set
Given a collection of integers that might contain duplicates, nums, return all possible subsets.
Note:
Elements in a subset must be in non-descending order.
The solution set must not conta
- Spring4.1新特性——Spring缓存框架增强
jinnianshilongnian
spring4
目录
Spring4.1新特性——综述
Spring4.1新特性——Spring核心部分及其他
Spring4.1新特性——Spring缓存框架增强
Spring4.1新特性——异步调用和事件机制的异常处理
Spring4.1新特性——数据库集成测试脚本初始化
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Spring4.1新特性——页面自动化测试框架Spring MVC T
- shell嵌套expect执行命令
liyonghui160com
一直都想把expect的操作写到bash脚本里,这样就不用我再写两个脚本来执行了,搞了一下午终于有点小成就,给大家看看吧.
系统:centos 5.x
1.先安装expect
yum -y install expect
2.脚本内容:
cat auto_svn.sh
#!/bin/bash
- Linux实用命令整理
pda158
linux
0. 基本命令 linux 基本命令整理
1. 压缩 解压 tar -zcvf a.tar.gz a #把a压缩成a.tar.gz tar -zxvf a.tar.gz #把a.tar.gz解压成a
2. vim小结 2.1 vim替换 :m,ns/word_1/word_2/gc  
- 独立开发人员通向成功的29个小贴士
shoothao
独立开发
概述:本文收集了关于独立开发人员通向成功需要注意的一些东西,对于具体的每个贴士的注解有兴趣的朋友可以查看下面标注的原文地址。
明白你从事独立开发的原因和目的。
保持坚持制定计划的好习惯。
万事开头难,第一份订单是关键。
培养多元化业务技能。
提供卓越的服务和品质。
谨小慎微。
营销是必备技能。
学会组织,有条理的工作才是最有效率的。
“独立
- JAVA中堆栈和内存分配原理
uule
java
1、栈、堆
1.寄存器:最快的存储区, 由编译器根据需求进行分配,我们在程序中无法控制.2. 栈:存放基本类型的变量数据和对象的引用,但对象本身不存放在栈中,而是存放在堆(new 出来的对象)或者常量池中(字符串常量对象存放在常量池中。)3. 堆:存放所有new出来的对象。4. 静态域:存放静态成员(static定义的)5. 常量池:存放字符串常量和基本类型常量(public static f