宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读

#metaSPAdes作为宏基因组数据组装软件，数据结果表现优秀，以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不对之处请指正#

共输出7个文件夹及16个单独的文件，下面进行逐一解读：

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7个文件夹：

这些文件夹都是 MetaSPAdes 分析过程中生成的临时或输出文件的存储位置。它们包含了不同阶段的结果和中间文件，用于帮助生成最终的组装结果。

K21，K33，K55文件夹的解释：

• metaSPAdes使用不同的k-mer长度进行组装，这些不同的 k-mer 长度在组装过程中可以影响到组装的结果。较短的 k-mer 长度可以更好地捕获低复杂度的区域，但可能会在高度重复的区域中遇到困难。较长的 k-mer 长度可以更好地解决重复区域，但在低覆盖度的区域可能会导致碎片化。

• 在 MetaSPAdes 中，默认情况下会同时使用多个 k-mer 长度（包括 K21、K33、K55 等），并将它们的组装结果进行合并，从而充分利用不同 k-mer 长度的优势，并提供更全面的组装结果。这样做可以减少单个 k-mer 长度可能引入的错误，并提高组装的准确性和连续性。

1. K21：

   • K21 表示使用 k-mer 长度为 21 进行组装。
   • 较短的 k-mer 长度可以更好地处理低覆盖度的序列数据或者高度重复的基因组区域。
   • K21 适用于低复杂度的样本，如单细胞测序数据或者低深度的测序数据。

2. K33：

   • K33 表示使用 k-mer 长度为 33 进行组装。
   • 中等长度的 k-mer 长度可以在处理一般的基因组序列数据时取得较好的效果。
   • K33 适用于大多数常规的基因组测序数据。

3. K55：

   • K55 表示使用 k-mer 长度为 55 进行组装。
   • 较长的 k-mer 长度可以更好地处理高覆盖度的序列数据或者更复杂的基因组区域。
   • K55 适用于高复杂度的样本，如大规模基因组重组、高度变异的基因组等。

4. corrected：

   • 这个文件夹包含经过错误校正（error correction）后的读取序列文件。
   • 它包含经过纠错处理的读取序列，用于改善组装质量和准确性。

5. misc：

   • 这个文件夹可能包含一些杂项文件，通常是与 MetaSPAdes 运行过程中的中间结果或其他辅助文件相关的内容。

6. pipeline_state：

   • 这个文件夹包含 MetaSPAdes 分析过程中的状态信息和运行日志。
   • 它记录了分析流程的执行状态、运行日志和可能的错误信息。

7. tmp：

   • 这个文件夹通常用于临时存储中间结果和临时文件。
   • 它在 MetaSPAdes 运行过程中用于存储临时数据，完成后可以被清理或删除。

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16个文件：

1. assembly_graph.fastg：

   • 这个文件包含组装图的信息，其中包括节点和边的连接关系。
   • 它可以用于分析基因组的拓扑结构和组装结果的可视化。

2. assembly_graph_after_simplification.gfa：

   • 这个文件是简化后的组装图，经过了一些处理和优化。
   • 它可以提供更简洁的组装图信息，有助于进一步分析和解释组装结果。

3. assembly_graph_with_scaffolds.gfa：

   • 这个文件包含带有连接信息的组装图，其中包括连接到构建的scaffold的序列片段。
   • 它可以用于分析和可视化组装的scaffold结构。

4. before_rr.fasta：

   • 这个文件包含在错误校正（error correction）之前的原始读取序列。
   • 它可以用于与组装结果进行比较，了解错误校正对组装的影响。

5. contigs.fasta：

   • 这个文件包含组装得到的连续序列（contigs）。
   • 它是组装结果的重要部分，可以用于后续的基因组注释和分析。

6. contigs.paths：

   • 这个文件包含组装图的路径信息，其中列出了 contigs 的连接关系。
   • 它可以帮助了解组装图中 contigs 之间的连接方式和顺序。

7. dataset.info：

   • 这个文件可能是网站上的其他内容，与 MetaSPAdes 输出无关。

8. first_pe_contigs.fasta：

   • 这个文件包含第一条配对末端的 contigs 序列。
   • 它提供了在配对末端读取中检测到的 contigs 序列，有助于分析配对信息。

9. input_dataset.yaml：

   • 这个文件包含输入数据集的配置信息，例如读取文件的路径和参数设置。
   • 它记录了输入数据集的相关信息，方便重复分析和结果复现。

10. params.txt：

    • 这个文件包含 MetaSPAdes 运行时使用的参数配置。
    • 它记录了运行 MetaSPAdes 时所使用的参数设置，可以用于参考和调整分析流程。

11. run_spades.sh：

    • 这个文件是运行 MetaSPAdes 的脚本文件，包含了运行 MetaSPAdes 的命令和参数。
    • 它可以用于重新运行 MetaSPAdes 或参考运行配置。

12. run_spades.yaml：

    • 这个文件包含 MetaSPAdes 运行时的配置信息。
    • 它记录了运行 MetaSPAdes 时所使用的配置，提供了运行环境和参数设置的详细信息。

13. scaffolds.fasta：

    • 这个文件包含组装得到的 scaffold 序列，是最终的组装结果。
    • 它是组装过程中连接 contigs 形成 scaffold 的结果，用于后续的基因组注释和分析。

14. scaffolds.paths：

    • 这个文件包含组装图中 scaffold 的路径信息，列出了连接 scaffold 的 contigs 的顺序和方向。
    • 它可以帮助了解组装图中 scaffold 之间的连接方式和顺序。

15. spades.log：

    • 这个文件包含 MetaSPAdes 运行过程中的日志信息。
    • 它记录了运行过程中的详细信息，包括警告、错误和运行统计等。

16. strain_graph.gfa：

    • 这个文件包含组装图中各个 contig 的相对定量信息。
    • 它用于分析组装图中不同 contig 的丰度和相对定量关系。

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参考链接：metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具-CSDN博客

参考链接：宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读-CSDN博客

参考文献：Nurk S, Meleshko D, Korobeynikov A, Pevzner PA. metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler. Genome Res. 2017;27(5):824-834. doi:10.1101/gr.213959.116.