多个单基因进化树整合成一个进化树

通过单拷贝基因构建物种树，一般有两种方法：

1，Concatenation（串联法）：将比对完成的单个单拷贝基因依次串联成一个超级基因（super gene/matrix）构建进化树；

2，Coalescence（并联法）：将单个单拷贝基因分别构建基因树，然后将多个基因树整合成一个物种树。

https://www.jianshu.com/p/bfa568c8f4c4（这是的一篇文章）

最近在研究Coalescence（并联法），用到了三个软件：

==============ASTRAL=================

软件文章：ASTRAL: genome-scale coalescent-based species tree estimation https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/17/i541/200803

Fast Coalescent-Based Computation of Local Branch Support from Quartet Frequencies

https://academic.oup.com/mbe/article/33/7/1654/2579300

软件地址：https://github.com/smirarab/ASTRAL/

quartet-based support

(1) the local posterior probability (PP) that the branch is in the species tree and 

(2) the length of the branch in coalescent units

名词解释：Incomplete Lineage Sorting (ILS)

https://biologos.org/articles/series/evolution-basics/incomplete-lineage-sorting

关于ASTRAL的输入，包括下文中的四种进化树：

如何得到上文所说的Contracted bestML呢？下面介绍一个软件TreeCollapseCL:

网址：http://emmahodcroft.com/TreeCollapseCL.html

主页如下图：

名词解释：Polytomy

http://biology.fullerton.edu/biol461/phylo/polytomies.html

我们现在要用到的就是上图中说的第二个功能“Collapsing the tree”。

这个软件是java程序，下载安装都很简单，适用于所有系统（mac和linux我都试过了）。

用法：

输入格式：

输出格式：