学习小组Day3笔记--LBB

今天的学习内容是Linux如何安装软件

何为conda

conda --“Linux的应用商店"
miniconda是精华版的conda

下载miniconda到服务器上

搜索“miniconda 清华”，找到清华大学开源软件镜像站，找到miniconda对应系统版本的最新版下载链接
查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a，此服务器为64位

清华镜像站.png

最新版的miniconda.png

cd ~/biosoft进入biosoft目录，wget 加下载链接，进行下载

wget加链接地址下载.png

安装conda并激活，添加镜像

1. bash 加下载的sh格式文件 进行安装，中途按回车和yes
2. source ~/.bashrc 激活conda，输入命令行conda检测是否成功激活
3. 添加镜像：输入下面的代码

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda安装软件

1. conda list 查看服务器上安装的软件列表
   

   conda list.png

2. 安装软件 conda install fastqc -y （fastqc是软件名，-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
   默认安装最新版本，如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
   确认fastqc软件是否安装成功 fastqc --help
   成功的话会出现软件的帮助文档，因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档
   

   安装fastqc软件.png

3. 卸载软件conda remove fastqc -y
   

   卸载fastqc.png

conda环境

什么是conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1. 查看当前conda有那些环境 conda info --envs
   

   查看当前conda有哪些环境.png

2. 建立一个新的名为rna-seq的conda环境，指定安装Python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   

   创建新环境.png

3. 激活新的conda环境 conda activate rna-seq

4. 退出当前环境 conda deactivate
   

   激活环境，退出环境.png

最后思维导图

linux安装软件.png