1.常用门户：
美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.uk
UCSC Genome：http://genome.ucsc.edu
国际生物信息学动态及会议：http://www.bioinformatics.org
SeqAnswer 国际生物信息技术问答论坛：http://seqanswers.com
Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org
2.DNA和RNA数据库
GeneBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
EMBL：https://www.ebi.ac.uk
DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白质常产物
3.蛋白质数据库
a.蛋白质序列数据库
UniProt：https://www.uniprot.org
PIR：https://proteininformationresource.org
b.蛋白质功能域数据库
InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
ExPASy：https://prosite.expasy.org
SMART：http://smart.embl.de
iProClass：https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/iproclass.shtml
ProDom：http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php
PRINTS：http://130.88.97.239/PRINTS/index.php
c.蛋白质结构数据库
RCSB PDB：http://www.rcsb.org
SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk
PDBe：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
PDBj-BMRB：https://bmrbdep.pdbj.org
d.蛋白质组学数据库
ConsensusPathDB：http://cpdb.molgen.mpg.de
PRIDE：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive
CORUM：https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/
World-2DPAGE：https://world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/
4.代谢途径与细胞调控数据库
KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
Enzyme：https://www.brenda-enzymes.org
IMP：http://imp.princeton.edu
Plantcy：https://www.plantcyc.org
MANET：https://manet.illinois.edu
BioSystems：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems
Pathguide：http://www.pathguide.org
MapMan：http://mapman.gabipd.org/web/guest
Microme：https://www.microme.eu
SMPDB：https://smpdb.ca
5.非编码RNA数据库
miRBase：http://www.mirbase.org
AnnoLnc2：http://annolnc.gao-lab.org
piRNABank：http://pirnabank.ibab.ac.in
GtRNAdb：http://gtrnadb.ucsc.edu
Silva：https://www.arb-silva.de
LNCipedia：https://lncipedia.org/db
LncRNAWiki：http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page
NONCODE：http://www.noncode.org
LncRBase：http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/
siRNA：http://web.mit.edu/sirna/
circBase：http://www.circbase.org
6.基因功能注释数据库
GO：http://geneontology.org
KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
DAVID：https://david.ncifcrf.gov
GOrilla：http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il
BioGPS：http://biogps.org/#goto=welcome
强大的基因和蛋白表达注释平台
7.与人相关据库
GeneCard：https://www.genecards.org/
自动整合125个数据库，包含基因组、转录组、蛋白组、遗传、临床和功能信息的庞大人基因组数据库
GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释
mBiobank：http://www.mbiobank.com/
中国代谢解析计划
Genecard：https://www.genecards.org
提供基因组，蛋白质组，转录，遗传和功能上所有已知和预测的人类基因
ConsensusPathDB：http://consensuspathdb.org
分子功能互作数据库，基于32个公共数据库，整合了人类蛋白质相互作用，遗传相互作用信号，代谢，基因调控和药物 - 靶标相互作用的信息
Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达
GTEx：https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/Genotype-Tissue-Expression-Project
UCSC：http://genome.ucsc.edu
1000Genomes：https://www.internationalgenome.org
2008年1月启动的项目，对来自不同种族群体的一千多名匿名参与者的基因组进行了分析，并将数据公布于众
Personal Genome Project：https://www.personalgenomes.org
来自世界各地的100,00名志愿者的人类基因组计划
OMIM：https://omim.org
一个管理人类基因和人类遗传疾病特征的数据库
TCGA：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
Human Epigenome Project：https://www.epigenome.org
Epifactors：https://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/
MethDB：http://www.methdb.de
Methycancer：http://methycancer.psych.ac.cn/
Oncomine：https://www.oncomine.org/resource/login.html
HUPO：https://hupo.org
Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
dbGaP：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/
人基因型与表型互作数据库
8.模式生物数据库
a.植物
Phytozome：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
PLANTGDB：http://www.plantgdb.org
Ensembplants：http://plants.ensembl.org/index.html
TAIR：https://www.arabidopsis.org
最全的拟南芥资源数据库
Legume Information System (LIS):https://legumeinfo.org
豆科植物的基因组数据库
BRAD：http://brassicadb.org/brad/
Sol genomics：https://www.solgenomics.net
RGAP：http://rice.plantbiology.msu.edu
RAP-DB：https://rapdb.dna.affrc.go.jp
Gramene：http://www.gramene.org
MAIZECDB：https://www.maizegdb.org
b.鼠
Rat Genome Database (RGD)：https://rgd.mcw.edu/
大鼠基因组数据库
MPD：Mouse Phenome Database：https://phenome.jax.org
Mouse genome：http://www.informatics.jax.org
可以比较小鼠和人类基因组的区别；查找基因功能及敲除某个基因后导致的表型；人类-小鼠相关疾病；基因表达等
Mouse Genome Database(MGD)：http://www.nervenet.org/main/dictionary.html
MGD数据库是整合了国际上实验室小鼠生物数据的资源库，提供小鼠相关的基因组、综合遗传等信息
Mouse Genetics and Genomics Software and Tools：http://mouse.cs.ucla.edu/
Mouse Genomes Project：https://www.sanger.ac.uk/science/data/mouse-genomes-project
GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释
c.动物
UCSC genome：http://genome.ucsc.edu
Ensemblmetazoa：http://metazoa.ensembl.org/index.html
FlyBase：http://flybase.org
模式生物果蝇的基因组数据库
Zebrafish genome：http://zfin.org
斑马鱼的基因组数据库
Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/
Wormbase：https://wormbase.org//#012-34-5
Nematode：http://nematode.net/NN3_frontpage.cgi
模式生物非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和非洲爪蟾（Xenopus laevis）的基因组数据库
Wormbase：https://wormbase.org/#012-34-5
关于线虫模式生物秀丽隐杆线虫的生物学和基因组在线生物数据库