DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载

导读

1. DDBJ数据库简介

• DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA 数据库之一。DDBJ由日本研究机构于1983年建立。DDBJ数据库不仅已经收录了20多万个研究的600多万样本的测序数据，而且现在还保持每日更新。
  DDBJ数据库地址：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html

2. DDBJ数据库收录的数据有：

• 人、动物、植物、土壤、水体等样本的基因组、转录组、表观组、外显子组、宏基因组、宏转录组等多组学数据。

  
  
  

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如何从DDBJ中获取宏转录组测序数据？

• 方法一：进入DDBJ寻找任意感兴趣的组学数据（不做介绍）。
• 方法二：根据文章中提供的DDBJ DRA编号进行数据检索和下载，过程如下：

1. 第一步：

• 在宏转录组相关研究的文章中的Data availability处找到metatranscriptome data的DDBJ DRA编号，例如：

  
  
  

  2.1.png
  
  
  

  2.2.png

2. 第二步：

• 打开DDBJ数据库，点击进入Sequence Read Archive (DRA)。

  
  
  

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3. 第三步：

• 点击进入Search。

  
  
  

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4. 第四步：

• 在Accession中输入DRA编号（例如：DRA006303），点击Search。

  
  
  

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5. 第五步：

• 选择一个Run （如：DRR110568），点击进入该Run的FASTQ目录，右键鼠标复制DRR110568_1.fastq.bz2和DRR110568_2.fastq.bz2的下载链接。

  
  
  

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6. 第六步：

• 在Linux环境中下载，解压fastq文件。

6.1 下载

nohup wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA006/DRA006303/DRX103657/DRR110568_1.fastq.bz2 &
nohup wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA006/DRA006303/DRX103657/DRR110568_2.fastq.bz2 &

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6.2 解压

nohup bzip2 -d DRR110568_1.fastq.bz2 &
nohup bzip2 -d DRR110568_2.fastq.bz2 &

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结束语

这样我们通过DDBJ数据库获得了一个样本的宏转录组测序的fastq文件。