学习小组Day3笔记-青青

linux如何安装软件

软件管理--Miniconda

conda.png

可以搜索到90%以上的软件。

conda介绍

它是涵盖许多领域的软件管理器。

如何下载Miniconda

1. 检索“miniconda清华”

2. 打开服务器，进入biosoft

   
   
   进入biosoft.png
3. 下载miniconda
   wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   
   miniconda下载.png
4. 上述方法失败则如下操作
   输入代码
   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   
   miniconda下载2.png
   
   激活：source ~/.bashrc
   
   下载成功.png

使用conda

1. 查看软件列表
   conda list
2. 搜索软件
   conda search fastqc
3. 安装软件
   conda install fastqc -y
   -y 表示自动安装
   fastqc=0.11.7 表示指定版本
   
   安装软件.png
4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

拓展

conda 环境

针对不同分析项目（转录组、基因组）定制不同的分身。

1. 查看目前的环境：conda info --envs
   带*的为默认
2. 创建分身
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   名为rnaseq的环境，自动安装软件fastqc及 trimmomatic，指定python的版本。
3. 查看当前环境
   conda info --envs
4. 激活新环境
   conda activate rna-seq