朗月斋主
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2022-05-26

生物信息文献胃癌一篇（浙医二院）

疑问：究竟是基因驱动的进展，还是伴随进展的基因表达变化？谁是始作俑者？

尽管医疗技术日益成熟，但晚期胃癌患者的预后仍不能客观确定。因此，迫切需要确定新的诊断和预后生物标志物。研究只在鉴定与胃癌分期机制和胃癌预后相关的潜在关键基因？
方法：

  • 进行动态趋势分析，寻找在胃癌分期中具有相似趋势的基因，以探索胃癌中差异表达的基因，并找出动态趋势分析结果的交集。
  • 对获得的基因进行功能预测分析，观察预后基因在胃癌和胃癌分期中的表达情况以及与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。
  • 根据癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析的结果，收集胃癌样本并进行测序以进行后续分析。

结果显示，表达式富含模块 0 的基因在胃癌分期中具有相似的趋势。 筛选出3213个差异基因。 在具有相似趋势的基因中总共获得了50个交叉基因，其中只有10个基因在胃癌中具有预后意义。 这10个基因在不同程度上与巨噬细胞浸润相关。

  • 在样本测序结果中发现AGT明显异常表达。 AGT与胃癌的发生有关，并与brd9、golph3、nom1、klhl25和psmd11相互作用。

结论：AGT在胃癌中异常表达，可能参与促进胃癌的进展。 该研究为进一步探索潜在的生物标志物和分子靶向胃癌治疗提供了新的方向。

关键词：RNA-seq； TNM阶段； 生物信息学分析； 胃癌; 肿瘤免疫细胞浸润

Gao W, Yang M. Identification by Bioinformatics Analysis of Potential Key Genes Related to the Progression and Prognosis of Gastric Cancer. Front Oncol. 2022 May 4;12:881015. doi: 10.3389/fonc.2022.881015. PMID: 35600357; PMCID: PMC9114743.

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