小潤澤
小潤澤

单细胞质控指标的那些事

本期文章是对之前的参考书《Analysis of single cell RNA-seq data》的一次小总结
关于质检来说应该关注一下内容：

比对率

比对率比较低，往往是建库质量不好，细胞死了等原因，那么当发现有质量不好的情况，我们可以看下内参基因的情况（spike-in的表达量）
若内参基因表达比较少，那么基本就是建库失败了，正常情况，内参基因的表达是比较稳定，表达量不太少；如果内参基因表达正常，但是比对率较低，那么可能是某些细胞死亡了

线粒体RNA与核糖体RNA

线粒体RNA是衡量细胞是否破碎的依据，我们一般关注的是核RNA，若细胞破碎，线粒体RNA就会溢出，而被测序捕获到
核糖体RNA若占比（较mRNA）较高的话，说明大部分的mRNA都被降解了

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