单细胞质控指标的那些事

本期文章是对之前的参考书《Analysis of single cell RNA-seq data》的一次小总结
关于质检来说应该关注一下内容:

比对率

比对率比较低,往往是建库质量不好,细胞死了等原因,那么当发现有质量不好的情况,我们可以看下内参基因的情况(spike-in的表达量)
若内参基因表达比较少,那么基本就是建库失败了,正常情况,内参基因的表达是比较稳定,表达量不太少;如果内参基因表达正常,但是比对率较低,那么可能是某些细胞死亡了

线粒体RNA与核糖体RNA

线粒体RNA是衡量细胞是否破碎的依据,我们一般关注的是核RNA,若细胞破碎,线粒体RNA就会溢出,而被测序捕获到
核糖体RNA若占比(较mRNA)较高的话,说明大部分的mRNA都被降解了

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