一、基本规定
根据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第18号）的相关规定，房地产开发企业预缴增值税相关规定如下：
(一）一般纳税人
1.预缴。一般纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。应预缴税款按照以下公式计算：
应预缴税款=预收款÷（1+适用税率或征收率）×3%
适用一般计税方法计税的，按照9%的适用税率计算；适用简易计税方法计税的，按照5%的征收率计算。
一般纳税人应在取得预收款的次月纳税申报期向主管税务机关预缴税款。
2.抵减。一般纳税人销售自行开发的房地产项目应按照《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发，以下简称《试点实施办法》）第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和9%的适用税率（一般计税方法）或5%的征收率（简易计税方法）计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税，未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
（二）小规模纳税人
1.预缴。小规模纳税人（以下简称小规模纳税人）采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。 应预缴税款按照以下公式计算：
应预缴税款=预收款÷（1+5%）×3%
小规模纳税人应在取得预收款的次月纳税申报期或主管税务机关核定的纳税期限向主管税务机关预缴税款。
2.抵减。小规模纳税人销售自行开发的房地产项目，应按照《试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税，未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
二、申报表填报
（一）预缴申报
1.房地产开发企业（包括一般纳税人和小规模纳税人）预缴税款均通过填报《增值税预缴税款表》进行申报，在该表“预征项目和栏次”部分的第2栏“销售不动产”行次填写相关信息：
(1)第1列“销售额”：填写本期收取的预收款（含税），包括在取得预收款当月或主管税务机关确定的预缴期取得的全部预收价款和价外费用。
(2)第2列“扣除金额”：房地产开发企业不需填写。
(3)第3列“预征率”：房地产开发企业预征率为3%。
(4)第4列“预征税额”：填写按照规定计算的应预缴税额。
2.一般纳税人同时填报《增值税纳税申报表附列资料（四）》（税额抵减情况表）相应栏次，即将本期预缴增值税填入该表第4行第2列（本期发生额），将上期本表第4行第5列（期末余额）填入本表第4行第1列（期初余额），并计算出本期第4行第5列（期末余额）。相当于通过本表累计记录以后期间可抵减的预缴增值税额。
（二）抵减申报
1．一般纳税人：填写《增值税纳税申报表附列资料（四）》（税额抵减情况表）第4行第4列（本期实际抵减税额），填写《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》第28行“①分次预缴税额”。 本期实际抵减税额小于或等于《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》第24行“应纳税额合计”，即最多只能将应纳税额抵减为零，未抵减完的预缴税款结转以后期间继续抵减。
2.小规模纳税人：将当期可以抵减的预缴增值税填入《增值税纳税申报表》（小规模纳税人适用）第21栏“本期预缴税额”即可。小规模纳税可自行建立预缴税款抵减台账登记预缴税款的抵扣情况。
三、相关的几个问题
（一）预收款的范围如何界定？
房地产开发企业与买受人签订《商品房买卖合同》后至房产交付前收取的房款均属预收款，包括分期收取的房款（首付、按揭、尾款）和一次性全额收取的房款，均应按规定预缴增值税。对于《商品房买卖合同》签订前，以诚意金、意向金、订金等名义收取的小额款项，由于此时双方的权利义务并未确定，此类款项收取时可暂不预缴税款，待签订《商品房买卖合同》时，与当期收取的款项一并记入预收款预缴增值税。
（二）何时开始抵减预缴税款？
依据《试点实施办法》第四十五条规定，房地产开发企业的纳税义务发生时间为不动产权属变更的当天，实务中以房产交付的时间为纳税义务发生时间，即在房产交付买受人时，发生增值税纳税义务，此时可以抵减预缴税款。
（三）预缴税款是否必须按项目对应抵扣？
当房地产开发企业同时开发多个项目，且各项目完工交付时间不一致时，未交付项目的预缴税款，是否可以合并抵减已交付项目的应纳增值税？还是必须按项目对应进行抵扣，即某项目预缴的增值税必须等到该项目交付发生纳税义务时，才能抵减该项目已预缴的增值税？这个问题，税法没有明确规定，但从国家税务总局公告2016年第18号规定预缴税款的立法意图分析，笔者认为应按项目抵减预缴税款，不宜跨项目抵减预缴税款。