R语言画相关性热图

R语言进行聚类热图

install.packages("corrplot2")
install.packages("Hmisc")
install.packages("pheatmap")


library(Hmisc)
library("corrplot")
library("pheatmap")
getwd()
#网上随便找的数据集
mydata  <- mtcars[, c(1:7)]
#自己的数据集
mydata <- read.csv("1.1.csv", row.names = 1)
#看情况，如果需要转置数据就执行，不需要就不要运行
mydata <-t(mydata)
#查看数据
mydata
#查看前面6行数据
head(mydata, 6)
#计算相关性，一共两个矩阵，一个相关性矩阵，一个p值矩阵
res2 <- rcorr(as.matrix(mydata))
#查看这个矩阵
res2
#将p值矩阵提取出来res2$P
data_ss=res2$P
#画图，display_number参数，filename参数就是输出的文件名，color就是自定义的颜色，
#最后（10）不能删除，如果你要新加颜色就是去网上找这种颜色的代码，（10）代表10种
pheatmap(res2$r, display_numbers=matrix(ifelse(is.na(data_ss),"",
ifelse(data_ss <=0.001, "***", ifelse(data_ss<=0.0100,"**",ifelse(data_ss<=0.05,"*","")))), 
nrow(data_ss)),cellheight=50,  cellwidth=50, filename = "test.pdf", 
color=colorRampPalette(c("#5081ff","#638dff","#b1c6ff","#c3d5ff" ,"#ffffff", "#f7cccc","#f1aeac","#eb8b8a","#e66a68"))(10))