【基因组学】好用的基因组学工具jcvi的安装及无root权限安装latex

写在前面

jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇到的基因组学上的问题。

安装jcvi

1.Conda一键安装

conda create -y -c bioconda -n jcvi jcvi

2.使用时需要启动环境

conda activate jcvi

3.在此基础上可以更新到最新版的JCVI (Github版本会不断的增加新功能并修订bug）

pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

安装额外的依赖环境

• Kent tools
• BEDTOOLS
• EMBOSS
• LAST
• LaTex

conda 安装BEDTOOLS、EMBOSS、LAST。

conda install -y -n jcvi -c bioconda bedtools emboss last

本以为安装完jcvi后就可以完事大吉了，没想到后面绘制物种共线性分析图，能拿到分析结果，但是却不能生成图像来保存，报错的原因就是没有安装Latex，于是就引出下文Latex的安装。

手动安装Latex

1.清华开源网站获取下载链接并运行安装命令
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/
找到texlive.iso这个文件，下载到windows本地，然后解压缩，通过Winscp上传到云端服务器。

mkdir -p latex && cd latex
perl install-tl

2.按软件提示进行操作
我们需要输入D进入更改界面，然后输入1，输入我们目标安装路径(如我的是：/home6/trainees/biosoft/latex)，输入R回到主目录，最后输入I进行安装。

3.添加到环境变量，并试运行软件
上一步操作后会得到如下命令。

Add /home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/man to MANPATH.
Add /home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/info to INFOPATH.
Most importantly, add /home/biosoft/latex/bin/x86_64-linux
to your PATH for current and future sessions.

接下来只需要按提示操作。

vim ~/.bashrc
export MANPATH=$MANPATH:/home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/man
export INFOPATH=$INFOPATH:/home/biosoft/latex/texmf-dist/doc/info
export PATH="$PATH:/home/biosoft/latex/bin/x86_64-linux"

最后别忘了source一下。
进行到这一步软件安装就大功告成了，我们可以查看一下软件的位置。

which latex
~/biosoft/latex/bin/x86_64-linux/latex

安装到这个地方，如果要运行的话，会有报错，报错信息如下：

1656740998718.jpg

我查了查这个问题，是python没有安装more_itertools这个模块导致的，解决办法也很简单，直接用pip安装就好了。

pip install more-itertools

安装完这个以后，又出现了另外的报错，也是缺少依赖的包导致的。

1656741125659.png

解决办法是，逐个采用pip install安装就好了，最终就能使用了。

参考链接
1.https://mp.weixin.qq.com/s/8X9UPt2q1WsTPMAmuGUuXw
2.https://mp.weixin.qq.com/s/Xf9nHia7OgX63DVpNzz8UQ