组装细菌基因组

步骤如下：

1.上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号

引用该篇文章的SRA号https://mra.asm.org/content/5/15/e00171-17

该文章的SRA号SRR5210995

2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件

prefetch SRR5210995

得到如下结果

该文件已成功下载

3.Fastq-dump解压

fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR5210995.sra
fastq-dump --gzip --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR5210995.sra

结果如下

文件解压成功

4.对原始数据进行fastqc质量检测

fastqc SRR5210995_1.fastq.gz
fastqc SRR5210995_2.fastq.gz

结果如下

质控完成

去图形界面找到结果文件，打开

SRR5210995_1.fastq.gz的结果

SRR5210995_2.fastq.gz结果

5.原始数据过滤

mkdir trim_out
java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR5210995_1.fastq.gz SRR5210995_2.fastq.gz
./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trirm_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/eris/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

结果如下

数据过滤成功

6.再次查看质量

此时一定要选paired

cd /home/eris/trim_out
fastqc output_forward_paired.fq.gz

提示成功

再去图形界面查看

结果

7.运行SPAdes，组装细菌基因组

cd ~ 
spades.py --careful --pe1-1 SRR5210995_1.fastq.gz --pe1-2 SRR5210995_2.fastq.gz -o ./SPAdesout_SRR5210995

一定要确保自己的内存足够，不然会出现error：out of memory
结果图如下

成功

8.Quast评价组装的基因组效果

quast.py ~/SPAdesout_SRR5210995/contigs.fasta -o ~/SPAdesout_SRR5210995/quast_out

结果如下

显示成功

去图形界面下打开html

结果图