思路清奇SCI:18.HRDscore+CXCL10+乳腺癌.11分

同源重组缺陷评分（HRD score）是乳腺癌（BRCA）研究的热点区域，如果跟免疫扯上关系呢？下面就来学习下这篇HRD score+单基因CXCL10+乳腺癌高分文章吧。

整体思路

结果解读

1.HRD很牛

分别计算HRD、MSI和FGA，发现HRD与BRCA预后密切相关，对判断BRCA预后预后很有价值。

Fig.1

2.HRD相关基因

作者根据HRD评分，分别计算HRD评分前20%和后20%病人的差异基因，发现 cGAS-STING下游的基因与HRD评分密切相关，特别是CXCL10和CXCL11。且CXCL10和CXCL11与预后密切相关。在GEO数据库中同样证明CXCL10和CXCL11与预后的关系。

Fig.2

Fig.3

3.CXCL10周边

至此由HRD score顺利转到了CXCL10单基因分析。

3.1 CXCL10与免疫微环境（TME）

计算CXCL10与ESTIMATE 评分、肿瘤新抗原、免疫细胞浸润和抗原相关基因的关系。

Fig.4

3.2 CXCL10与ICB相关基因

CXCL10表达与ICB相关基因之间的相关性，以及与常见的10个ICB基因在泛癌中的相关性。

Fig.5

3.3 CXCL10与免疫治疗反应、免疫亚型、TME和肿瘤新抗原

作者利用实验检测在耐药细胞株中的随着不同时间点CXCL10的表达。并利用外部数据集Imvigor210检测CXCL10对免疫治疗的预测作用。同时检测CXCL10表达与TMB、肿瘤新抗原和肿瘤免疫亚型的关系。

Fig.6

3.4 CXCL10与临床特征的多因素分析

最后作者计算CXCL10表达与其他临床特征之间的多因素分析。

Fig.7

体会

1. 作者由HRD score引入CXCL10基因，并进行单基因分析，结合HRD score+CXCL10+免疫多个热点分析，值得学习。

2.CXCL10的单基因分析还是相当精彩的。

3.类似的HRD其实可以推广到其他肿瘤比如前列腺癌等。

彩蛋：
其实专门有一篇专门研究泛癌HRD的文章，可以利用起来计算HRDscore. Pan-cancer landscape of homologous recombination deficiency

参考链接：

• 1. CXCL10 potentiates immune checkpoint blockade therapy in homologous recombination-deficient tumors

• 2.表达谱研究HRD，如何发10+