明朝的时候，实行禁海政策，以嘉靖时期最为严厉。
巨额暴利的海外贸易刺激着葡萄牙商人纷纷出海，开拓海外市场。他们知道中国需求量高，而中国的茶叶和瓷器又是他们极青睐的，因此非常想来中国做买卖。
明朝政策只允许各藩国朝贡贸易，而朝廷朝贡的名单上没有葡萄牙，就不允许他们来。葡萄牙人就在西沙群岛找了个岛屿落脚，偷偷和明朝的走私商人做买卖。
后来，那个落脚点被明朝的广州官员知道了，派出水师驱离了。
葡萄牙人不甘心，就在中国沿海找合适的落脚点。后来，在舟山群岛找到了双屿岛。一看这个岛的港湾水很深，进退方便，岛上树木高大，还有多条小溪。更重要的是，在这双屿岛贸易，缩短了到琉球、日本和朝鲜的航线，非常合适做港口。岛上有中国走私集团盘据着，两下里一拍即合，于是，就在这里落了脚。
开始，葡萄牙人来双屿岛还是季节性的，随着贸易规模不断扩大，渐渐就定居下来了。
由于严厉的禁海政策，使很多中国人失去了生存空间，他们就偷偷来到双屿港和葡萄牙人做买卖，有的还通过这里远渡重洋，到国外定居。
来双屿岛做买卖的客商越聚越多，后来发展到每天多达万人，岛上的常住居民最多的时候达到了三千多人，其中葡萄牙人就有一千二百多人。岛上建立了总督府、教堂、医院、学校等设施，俨然就是一座海上城市。
然而，这样没有国家支持的贸易，再怎么繁荣，最终会被终结。
海商的走私活动，使明朝的税收大量减少，因此双屿港成了朝廷的眼中钉。可是，浙江的官员、士绅大都和双屿海商有着紧密的利益关系，他们相互勾结，使几次进剿都没有成功。国内外海商盘据双屿港的时间长达二十三年。
1548年，内地有一个姓谢的兵部官员，他家的族人借了葡萄牙人佩雷伊拉一大笔钱，却赖账不还。
佩雷伊拉非常恼怒，纠集了三十多人，乘夜袭击了欠债者的村庄，抢劫了十多个家庭，杀害了数十人。
此案惊动了皇帝，遂下决心剿灭双屿港，令浙江巡抚朱纨总督闽浙军务，对双屿港进行围剿。
为免泄露军机，朱纨弃浙江兵不用，动用从福建带来的亲信部队“福清兵”。都指挥使卢镗攻击了五个时辰，双屿海商大败。卢镗一把大火将双屿港焚烧殆尽。
朱纨为绝后患，在海港的出海口打桩填石。就是钉上两排木桩，往里面填大石头。海水涨潮的时候裹携的泥沙在退潮时被木石阻挡，泥沙就会越瘀越多，这条海埝就越结实。经年累月的，港内渐渐地变成了陆地。
现在已经找不到双屿港的确切位置了。
剿灭双屿港，侵犯了官僚、奸商的利益，朱纨遭到诬陷罢官，忧愤自杀。
有学者指出：倭寇的形成，是严厉的海禁政策逼的，真正消除倭患的不是戚继光、俞大猷、谭伦的灭倭战争，而是明朝政策的改变。
1567年，明朝廷取消海禁，实行灵活的海外贸易政策，允许人民出海经商，倭患自然消失了。