去掉特定长度的短序列&取motif上下游一定长度的序列

我有大量的Fasta格式的多序列，假如要做以下处理：
问题1 去掉特定长度的短序列
若要去除其中小于五十碱基的序列，请问如何操作；
问题2 取motif上下游一定长度的序列（含motif）
假如我要取每个序列中motif为“AAAA”及其上下游10个碱基的序列片段，并输出位置信息，请问如何编程处理

第一个问题，除去 < 50 bp 的序列，可以直接用 bioperl

use Bio::SeqIO; my $o_seqi = Bio::SeqIO->new( -file => $infile, -format => 'fasta', ); my $o_seqo = Bio::SeqIO->new( -file => ">$outfile", -format => 'fasta', ); while (my $o_seq = $o_seqi->next_seq) { next if ($o_seq->length < 50); $o_seqo->write_seq($o_seq); }

第二个，同样用 bioperl

use Bio::SeqIO; my $o_seqi = Bio::SeqIO->new( -file => $infile, -format => 'fasta', ); my $pattern = 'AAAA'; while (my $o_seq = $o_seqi->next_seq) { my $seq = $o_seq->seq;   # 提取序列，成为一个字符串 if ($seq =~ /(.{10}$pattern.{10})/) { print $1; } }