PANDA pipeline的安装与使用-使用（4）输出结果以及含义

对于PANDA输出的结果文件简略的介绍：

处理目录下00010…等文件夹是代表了三个被试的结果文件。/logs/存放了一些程序运行的信息。

/subject_info/存储了原路径与目的路径的对应关系。

/native_space/存放了被试在个体空间下的结果。L1是Lambda1，L2是Lambda2，L23是Lambda23。

AllScanningParameters.xls向我们展示了每个个体扫描参数信息。

Subject_info.txt中包含了输入输出结果间的对应关系。

1.     AllAtlasResult:

共生成了12个电子表格，包含了FA,MD,AD和RD的区域平均弥散系数。并且是在像素大小为1*1*1 mm3的标准空间之上建立的。这个电子表格可以直接拷贝进SPSS软件进行分析。

2.     Results for TBSS-basedanalysis

在Merged4Dskeleton文件夹中保存着所有尺度下的4D头骨信息，并且是有randimise statistics作为输入产生的。每一个4D头骨信息都是有所有的3D头骨信息所产生的。SubjectID.txt向我们展示了个体被试4D头骨信息的顺序。

在MeanData文件夹下，储存了对于randomise statistics很有用的平均FA头骨mask信息。

而mean FA mean FA skeleton对于展示统计结果来说十分有用。

在AllAtlasResult文件夹中，创建了12个电子表格，包含了个体头骨图像的区域平均值。

3.     Result for whole-brainvoxel-based analysis

/standard_space/中按照_2mm_s6mm.nii.gz命名的个体可以被用于基于像素的全脑分析。这些图片是在标准空间中用2x2x2 mm3的像素表示的，并经过了6mm的高斯平滑核平滑。

4.     在standard_space folder中的其他文件

1234图挂了

5.     trackvis floder

这里面是全脑白质追踪的结果，.trk文件可以用trackvis软件打开，*_S.trk将会在Deterministic fiber tracking 选项被勾选后Apply spline filter的情况下被创建。

6.     Results for network analysis

Deterministic

(1)*_Matrix_FA_*.文件是沿着两个区域之间fibers的全体voxel平均FA矩阵。FA值向我们展示了白质中水分子弥散的各向异性，经常被用于检验脑连接方面的微观结构。

(2)*_Matrix_FN_*两个区域之间所有的神经数目矩阵。这个矩阵向我们提供了白质连接质量的参数，这是用统计两个区域之间的streamlines connections来得到的。

(3) *_Matrix_Length_*，是两个区域之间的平均神经纤维长度，通常，*_Matrix_FN_*和*_Matrix_Length_*被联合起来使用来消除因为追踪形态学算法而带来的bias。

(4)*_ROISurfaceSize_*在每个ROI终结的fibers的表面积（像素数量）

(5)*_ROIVoxelSize_*每个ROI内的像素数（可以理解为ROI的大小或者是表面积吧？）

4,5中得到的量可以用来修正原始的矩阵结果。

NOTE！

从第i个区域向第j个区域的概率可能会和从第j个区域向第i个区域不同，这个没有影像的。（为啥呀？？！！）

无论如何，这两个概率在cerebral cortex上是高度相关的。因此我们可以取这两个概率的平均值来得到一个针对每个个体的共向系统化矩阵。接下来，我们使用GRETNA去衡量人脑的拓扑结构。