利用Amber构建糖蛋白体系的整个流程

利用了两周的时间，总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系，由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点，利用糖基化之后的蛋白来构建Amber能够识别的体系。

首先：利用 Glyprot来构建你所需要的糖侧链分子.

其次：由于构建出来的糖侧链中的残基在Amber中并不能够识别，所以需要根据糖分子的具体的结构（如：D,L构型和a,p构象）来找到和Amber相对应的结构，并找到相应的命名方式。

再次：因为Amber中有针对于糖蛋白的特定的氨基酸的命名方式，所以需要将和糖侧链相链接的氨基酸按照特定的方式来命名（Ambe11中的糖的力场为leaprc.GLYCAM_06, Amber12中糖的力场为leaprc.GLYCAM_06h).比如在Amber中与糖侧链相连的天冬氨酸的残基的名称要改为NLN.

最后：检查整个体系的电荷是否为0，如果不为0，需要对整个体系做进一步的修改。