Hama学习总结

Hama学习笔记

1.       Hama定义

Hama是基于HDFS上的BSP模型实现，其运行不需要MapReduce。例证如下: 在单点调试的Hama系统上，只运行NameNode、DataNode、BSPMasterRunner、GroomServerRunner和 ZooKeeperRunner进程，即可运行PageRank程序。

2.      MapReduce与BSP区别

执行机制：MapReduce是一个数据流模型，每个任务只是对输入数据进行处理，产生的输出数据作为另一个任务的输入数据，并行任务之间独立地进行，串行任务之间以磁盘和数据复制作为交换介质和接口。

BSP是一个状态模型，各个子任务在本地的子图数据上进行计算、通信、修改图的状态等操作，并行任务之间通过消息通信交流中间计算结果，不需要像MapReduce那样对全体数据进行复制。

迭代处理：MapReduce模型理论上需要连续启动若干作业才可以完成图的迭代处理，相邻作业之间通过分布式文件系统交换全部数据。BSP模型仅启动一个作业，利用多个超步就可以完成迭代处理，两次迭代之间通过消息传递中间计算结果。由于减少了作业启动、调度开销和磁盘存取开销，BSP模型的迭代执行效率较高。

数据分割：基于BSP的图处理模型，需要对加载后的图数据进行一次再分布的过程，以确定消息通信时的路由地址。例如，各任务并行加载数据过程中，根据一定的映射策略，将读入的数据重新分发到对应的计算任务上（通常是放在内存中），既有磁盘I/O又有网络通信，开销很大。但是一个BSP作业仅需一次数据分割，在之后的迭代计算过程中除了消息通信之外，不再需要进行数据的迁移。而基于MapReduce的图处理模型，一般情况下，不需要专门的数据分割处理。但是Map阶段和Reduce阶段次年在中间结果的Shuffle过程，增加了磁盘I/O和网络通信开销。

总结：MapReduce发送数据+消息，而Hama只发送消息。在Hama的超步迭代过程中，当某个BSPPeer收到其他BSPPeer发送过来的某顶点的消息，进行消息处理，而后要把处理结果发送到该节点的邻接节点，因此该节点的数据信息也必须存在该BSPPeer中，故必须在对数据加载到内存时进行一次Hash再分布。

 

下面分析Hama中数据再分布的机制，源码位于GraphJobRunner.loadVertices()方法中。首先获取每个BSPPeer的数据分片大小splitSize，举例如下表1所示：

表 1  BSPPeer数据量信息

Peer序号	BSPPeer1	BSPPeer2	BSPPeer3
数据量	62M	64M	54M

在GraphJobRunner.partitionMultiSteps(BSPPeer,splitSize)方法中，每个BSPPeer把自己的splitSize发送给MasterPeer。

进行同步后，在MasterPeer上找到最大所有BSPPeer上最大的splitSize赋值给maxSplitSize，即maxSplitSize等于BSPPeer2上的64M。然后按照如下公式计算计算数据加载后Hash再分布的同步次数steps：

maxSplitSize/conf.getLong("hama.graph.multi.step.partitioning.interval",20000000) +1

由此公式可知，用户可配置hama.graph.multi.step.partitioning.interval的大小，但在hama-default.xml未找到此项。

hama.graph.multi.step.partitioning.interval含义：表示Hash再分布时进行同步的最大块单元，默认是20M。

steps = 64M / 20M + 1 = 4        (进行4次同步)

然后MasterPeer把该steps值发送给所有的BSPPeer，并在每个BSPPeer中赋值给GraphJobRunner. partitioningSteps变量（值为4）。在每个BSPPeer计算各自的Hash再分布时的块同步单元：interval = splitSize / partitioningSteps。计算结果如下表 2所示：

表 2  每个BSPPeer进行Hash再分布的块信息

Peer序号	BSPPeer1	BSPPeer2	BSPPeer3
数据量	62M	64M	54M
partitioningSteps值	4	4	4
Interval值	15M	16M	13M
每次同步块大小(M)	15、15、15、17	16、16、16、16	13、13、13、15

每个BSPPeer依次从HDFS上读取数据，并根据Hash进行发送（每读入一个顶点就发送一次），当发送量达到自己的块同步单元后（BSPPeer1：15M，BSPPeer2：16M，BSPPeer3：13M），进行一次同步。各BSPPeer把接受到的数据加载的内存中，即存储于GraphJobRunner.Vertices变量中。按此进行3（partitioningSteps-1）次。

最后一次中，BSPPeer1发送17M数据，BSPPeer2发送16M数据，BSPPeer3发送15M数据，再进行同步，而后加载到GraphJobRunner.Vertices中。

数据Hash重分布之后，每个BSPPeer上的顶点vertices大小分布可能如下表3所示，其中假设每个顶点的大小40byte（实际每个顶点大小会不同，如PageRank。此处只是为了举例说明算法）。再补充GraphJobRunner中vertices的定义：

List<Vertex<V, E, M>> vertices =new ArrayList<Vertex<V, E, M>>()

表 3  BSPPeer进行Hash重分布后Vertices.size信息

Peer序号	BSPPeer1	BSPPeer2	BSPPeer3
数据量	80.2 M	40.16 M	59.64 M
Vertices.size	2005 K	1004 K	1491 K

 

下面阐述Hama的数据修复（Repair）机制，源码位于GraphJobRunner. repair()方法中，此方法在loadVertices()方法的最后调用。

先用单个BSPPeer上的例子介绍数据修复的概念。如对于PageRank，目前实际有四个顶点，如下图1所示。而用户输入的数据如下：

1        2       3

2        3

3        1       4

图 1  PageRank图

但用户没有写4顶点的信息，应该写为： 4      邻接顶点，当其邻接边为空的时候，也应该写为：4      空(实际不写“空”，为了文档描述方便)。数据修复的目的就是增加：“4       边空”这条信息。其实是把4顶点作为悬挂顶点来处理。

在超步（S-1）中3顶点会把其PR值的1/2发送给顶点4应该所在的BSPPeer（实际没有4顶点的信息）。在超步S中，若数据加载时没有进行过数据修复，则BSPPeer没有4顶点的信息，不如直接把其临边作为空处理就行，这和数据修复效果一样。这样做不是更加简单吗？为什么要花那么大的代价进行数据修复呢？

解释：上述在计算过程中直接把其邻接边作为空的方案是不正确的。因为在计算顶点总数（等于每个BSPPeer上的Vertices.size之和）时就会出错，导致给每个顶点的初始值就会出错，然后再导致aggregator出错。

 

每个BSPPeer获取其上Vertices的大小，都发送给MasterPeer。在MasterPeer上找到最小的minVerticesSize，再计算数据修复时的同步次数multiSteps，公式如下：

multiSteps = min { minVerticesSize , ( partitioningSteps * 2 ) }

分析：一般minVerticesSize都大于( partitioningSteps* 2 )。如对上例minVerticesSize的大小为1000k，而( partitioningSteps *2 ) = 4*2 = 8，故multiSteps的值为8。然后MasterPeer把此值发送给所有的BSPPeer，每个BSPPeer存储于自己的变量multiSteps中。在每个BSPPeer计算各自数据修复时的块同步单元：vertices.size/ multiSteps。注意：此时进行同步的单元不是数据量大小，而是顶点的数目。计算结果如下所示。

表 4  每个BSPPeer进行数据修复时的同步信息

Peer序号	BSPPeer1	BSPPeer2	BSPPeer3
数据量	80.2 M	40.16 M	59.64 M
Vertices.size	2005 K	1004 K	1491 K
顶点同步单元	250 K	125 K	186 K
multiSteps次同步后剩余	5 k	4 k	3 k

每个BSPPeer依次从内存(vertices变量)上读取每个顶点，获取其邻接顶点后，再根据其Hash值把邻接顶点的id发送到相应的BSPPeer上。当发送顶点的数目达到各自的同步单元后（BSPPeer1：250 K，BSPPeer2：125 K，BSPPeer3：186 K），进行一次同步。各BSPPeer把接收到的数据存储于临时变量tmp（其定义为：new HashMap<V, Vertex<V, E, M>>()，V用来存储邻接顶点的id，Vertex是以邻接顶点id为VertexID且Edges为空的顶点）中。按此进行multiSteps次（8）。注意：与数据加载后Hash再分布时的（partitioningSteps-1）次不同。

进行multiSteps后，三个BSPPeer节点依然剩余5 K、4 K 、3 K，再进行最后一次同步，各BSPPeer依然后收到的数据加载到tmp变量中。

然后每个BSPPeer扫描自己的vertices，把VertexID属于tmp的从tmp中删除。最后把tmp中剩余的顶点对应的Vertex（以邻接顶点id为VertexID且Edges为空）加入到GraphJobRunner.Vertices中，至此数据修复完成。