中科大基因组学

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第四节 隐马尔可夫模型）

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容：对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟（GRC）维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点：每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？基因组上的结构变异位
穆易青·2023-11-14 01:10

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和
穆易青·2023-11-14 00:36

中科大计算机科学与技术学院院长,王超 - 中国科学技术大学 - 计算机科学与技术学院...

个人简介王超，男，出生于1985年8月，中国科大计算机学院副教授，软件学院副院长。分别于2006、2011年在中国科学技术大学计算机学院获得学士、博士学位，曾于2015-2016在美国加州大学圣塔芭芭拉分校担任访问学者。主持参加国家自然科学基金、国家重点研发计划课题、装发重大专项课题、中科院先导项目课题等多项国家和省部级科研项目。在TPDS、TC、TCAD、MICRO、RTSS等高水平学术期刊和会
凯文哥爱分享·2023-11-13 14:21

配置常用yum源(国内yum源)

版本：操作系统：CentOS7.9开源镜像站:阿里云开源镜像站：https://mirrors.aliyun.com/网易开源镜像站：https://mirrors.163.com/中科大开源镜像站：https
zhangbeizhen18·2023-11-12 15:46

Ubuntu学习系列——添加源

添加源在sources.list文件末尾添加debhttp://archive.ubuntu.com/ubuntu/trustymainuniverserestrictedmultiverse国内源：#中科大源
don't quit·2023-11-11 23:42

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

Debian如何更换apt源

中科大debhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian/stretchmainnon-freecontribdebhttps://mirrors.ustc.edu.cn/debian
myydan·2023-11-11 04:55

第一节，windows和ubuntu下深度学习theano环境搭建

，支持linux,mac,windows系统，提供了包管理和环境管理的功能，Anaconda是一个打包的集合，里面装好了conda，某个版本的python，众多的packages等，科学计算工具等下载中科大镜像
weixin_30847271·2023-11-10 20:12

香港科技大学广州｜机器人与自主系统学域博士招生宣讲会—华中科技大学专场！！！（暨全额奖学金政策）

时间：2023年11月14日（星期二）16:00地点：华中科技大学大学生活动中心A座603‍宣讲嘉宾：赵航助理教授（华中科大本、硕校友，香港城市大学博士）报名表直达：https://www.wjx.top
HKUST_·2023-11-10 18:07

周涛教授：从窄门进走出宽路来！

2005年毕业于中科大少年班，2010年获
Datawhale·2023-11-10 16:10

A Survey on Neural Network Interpretability

此外，可解释性是深度网络成为其他研究领域强大工具的理想属性，例如，药物发现和基因组学。在本次调查中，我们对神经网络可解释性研究进行了全面回顾。
今我来思雨霏霏_JYF·2023-11-10 01:45

Mac如何安装brew及使用brew安装软件/插件？

官网安装二、使用步骤前言刚入手一台Mac笔记本，没有啥配置，需要使用脚本安装一些软件或者插件需要使用brew，好记性不如烂笔头，顺手记录下安装过程一、brew安装1、brew镜像安装脚本该安装脚本用了中科大镜像加速访问
失眠时间·2023-11-09 22:13

植物突变体库（一）

背景1分子生物学的迅速发展，基因组学研究也随之进入后基因组时代。功能基因组学是在研究生物有机体内各种基因功能的基础上，进一步解析所有基因协调发挥作用的机制。
赛思基因科技·2023-11-09 11:32

玉米转座子插入型突变体”五折优惠

联系方式：中国农业科学院作物科学研究所孙老师18645149460突变体介绍突变体是植物功能基因组学研究的基础材料，转座子作为一类可移动的D
生信宝典·2023-11-09 10:24

Anaconda、PyCharm安装

材料：Anaconda3-5.3.1、PyCharm-community-2022.1步骤：1.安装Anaconda：安装包来源：清华大学镜像网站（中科大镜像已关闭）https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
HYD_493·2023-11-09 04:51

MacOS M1 MAX安装PHP7、Swoole和编译安装memcache扩展

一，修改homebrew源为中科大源查看当前源$git-C"$(brew--repo)"remote-v$git-C"$(brew--repohomebrew/core)"remote-v$git-C"
贤冰·2023-11-07 14:28

生活随感

最最主要的是他们夫妻恩爱，家庭和睦，孩子学习成绩也好，高二就要参考高考，考中科大少年班基本没什么问题，感觉人生赢家也不过如此！
瑶望远方·2023-11-06 12:17

中科大提出端到端的暗目标检测框架PE-YOLO

当前的目标检测模型在许多基准数据集上取得了良好的结果，但在暗光条件下检测目标仍然是一个巨大的挑战。为了解决这个问题，作者提出了金字塔增强网络（PENet）并将其与YOLOv3结合，构建了一个名为PE-YOLO的暗光目标检测框架。首先，PENet使用拉普拉斯金字塔将图像分解为4个具有不同分辨率的组件。具体来说，作者提出了一个细节处理模块（DPM）来增强图像的细节，其中包括上下文分支和边缘分支。此外，
xwz小王子·2023-11-06 06:49

MacOS使用国内源安装Homebrew

首先执行命令如下/bin/zsh-c"$(curl-fsSLhttps://gitee.com/cunkai/HomebrewCN/raw/master/Homebrew.sh)"image.png按照提示可以选择中科大下载源
汗青fullstack·2023-11-05 21:29

anaconda源配置

（windows：C:\users\username\，linux：/home/username/）2.添加清华镜像和中科大镜像，文件内容如下：channels:-https://mirrors.tuna.ts
Geo_ffrey·2023-11-05 11:59

deepin15.10 Android 8.1 源码编译

参考使用清华或中科大AOSP源镜像下载Android源码Ubuntu下载完成AOSP后,reposync错误解决error:.repo/manifests/containsuncommittedchangesDeepin15.7Android8.1
Linn___·2023-11-05 04:24

更新刚刚安装的Kali && 安装增强功能以实现虚拟机任意大小缩放

、Kali系统更新源1.使用编辑器打开系统源文本vimleafpad/etc/apt/sources.list或者leafpadleafpad/etc/apt/sources.list2.填写更新源#中科大
DirtyMind·2023-11-05 04:55

kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具

之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。
生信修炼手册·2023-11-04 12:57

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在基因组学中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记·2023-11-04 06:28

2021-07-13顺正日课210-115-057

此时正是修身时〈约束日课〉1、修控情做到2、修仁爱做到3、读书《孟子》179-1814、修恒《大学》诵读第48天5、保身胎息早500晚500感恩敬畏慈悲6.格物致知今天无事，把时间给姑娘，她约了一个中科大的女孩
张铭顺正·2023-11-04 05:01

冯克勤先生访谈录

数学经纬网：老师，请您谈一谈您在中科大的求学经历。1958年中科大刚成立，学生和教员都不多。当时的带课风格和现在不一样。所有老师都是自己写讲义，当然参考书有很多，有
一万年太久_03f4·2023-11-04 03:35

欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒

生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform（利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒
一一休·2023-11-04 03:30

精选| 2020年7月R新包推荐(第44期）

此次整理了七个类别，分别为计算方法、数据、基因组学、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期（总第44期
黄小伟Yeah·2023-11-04 00:58

macOS 安装brew

参考链接：https://mirrors4.tuna.tsinghua.edu.cn/help/homebrew/https://www.yii666.com/blog/429332.html安装中科大源的
Summer_Anny·2023-11-04 00:27

宏基因组知识点

为了克服传统纯培养技术的不足，研究者们发展了宏基因组学的研究方法，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
斗战胜佛oh·2023-11-03 21:32

TCP / UDP 概念 + 实验(计网自顶向下)

(github.com)暂定打算分2步走，前置是中科大对应计网黑书的视频第1步完成14个WireShark实验，5个课后实验（共19个计网实验）第2步，还有时间的话，cs144的实验
千帐灯无此声·2023-11-03 21:06

linux npm 修改 源_修改apt，pip，npm为国内镜像源

sudocp/etc/apt/sources.list/etc/apt/sources.list.bak编辑源列表文件sudovim/etc/apt/sources.list将原来的列表删除，添加如下内容(中科大镜像源
weixin_39867708·2023-11-03 18:07

pip修改为镜像源，window和linux修改方式

/simple/腾讯源：http://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple/阿里源：https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/中科大
钟灵毓秀M·2023-11-03 18:23

生物信息学与功能基因组学（1）

随着基因组学、蛋白质组学、微生物组学等各组学的发展，生物信息数据呈指数级增长；对这些数据的存储、处理、分析变得越来越重要。
顺昕如意·2023-11-03 06:22

解决多模态大模型幻觉问题的秘密武器：“啄木鸟”免重训方法！哪里出问题啄哪里！

为了缓解这个问题，中科大开发了一种名为Woodpecker（啄木鸟）的新方法。这个方法可以从生成的文本中挑选出幻觉并进行纠正。具体来说，直接从模型给出的错误文
夕小瑶·2023-11-01 12:20

2023-在mac下安装Homebrew的国内镜像

您可以使用清华大学、中科大或阿里云的Homebrew镜像，以提高下载速度和可靠性。
itwangyang520·2023-11-01 10:38

全球首个！西南大学优势学科再有新进展：构建家蚕全基因组编辑筛

这项研究对功能基因组学和动植物品种改良具有重要价值。该研究小组成员马三元副教授告诉小部，西南大学于2004年率先完成了世界上对蚕基因组图谱的分析，使蚕成为最早完成
厉景轩小谭·2023-11-01 08:41

计算机网络学习笔记7（协议层次和服务模型）

网课是b站中科大郑烇老师，杨坚老师课程，郑烇老师账号发布的图片均来自郑老师分享的PPT第一章计算机网络和互联网1.7协议层次和服务模型1、网络是一个复杂的系统网络功能繁杂：数字信号的物理信号承载、点到点
碧桃和露·2023-11-01 08:24

【计网 Socket编程】 中科大郑烇老师笔记 （九）

作者：海码007专栏：计算机四大基础专栏其他章节：网络快速入门系列、计网概述、计网应用层详解、计网Web和HTTP、计网FTP、计网EMail、计网DNS、计网P2P标题：【计网Socket编程】详解中科大郑烇老师笔记
海码007·2023-10-31 08:21

Manjaro、pip、conda更换国内源

在/etc/pacman.conf中添加以下命令，中科大源和清华源添加其中一个就可以了：[archlinuxcn]SigLevel=OptionalTrustedOnly#中科大源Server=https
盛夏的猫宁·2023-10-31 08:26

Ubuntu 镜像文件下载

官方下载地址（不推荐）https://www.ubuntu.com/download中国官网（推荐）https://cn.ubuntu.com/中科大源http://mirrors.ustc.edu.cn
指数定投小白·2023-10-31 07:12

内趋力学习第6天

高考如愿考取了中科大，仍然“两耳不闻窗外事”，本
杨洁_4285·2023-10-30 20:14
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