扩增子分析

使用vsearch,usearch和R语言进行16s扩增子分析

以下教程中vsearch和usearch部分的操作在虚拟机中的ubuntu18系统下进行。1.示例数据的下载czh@ubuntu:~/Desktop$curl-Ohttps://AstrobioMike.github.io/tutorial_files/amplicon_example_workflow.tar.gz%Total%Received%XferdAverageSpeedTimeTime
你猜我菜不菜·2020-03-29 08:23

DADA2分析16s扩增子教程（来自Happy Belly Bioinformatics网站）

1.主流扩增子分析流程现如今有很多处理扩增子数据的方法。
你猜我菜不菜·2020-02-20 15:15

扩增子分析软件QIIME2 必知必会

QIIME2扩增子一站式分析平台QIIMEnature||qiime2018年1月QIIME2全面接档QIIME1极简操作sourceactivateqiime2qiimetoolsimport--type'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'--input-path../test-paired-end-demultiplexed--source-f
周运来就是我·2020-02-09 18:50

扩增子分析

DADA2是通过错误率模型来衡量扩增子序列是否来自模板的算法。和通过查找样品中物种的组成，比较OTU数据库的聚类算法不同，DADA2采取的是降噪算法。maxEE值需要灵活调整。maxEE为错误容许。如果发现通过的reads数太少，可以调整maxEE错误率模型的比对方式这里表示每个碱基变化方向的错误率，一个黑点就是一个样本。黑线为错误率的收敛线，红线为期望中的错误率。去重复是将所有相同的测序读数组合
赵会成·2019-01-03 21:03

QIIME2学习笔记

QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/8381.说下QIIME2是做什么的QIIME2是用来做16S扩增子分析的
bioinfo2011·2017-08-27 13:18

QIIME2 学习笔记 （一）

org/t/qiime2-chinese-manual/838先来补充一下基础知识（原谅一下我是学计算机的，很多微生物背景知识需要补充）1.说下为什么要学习QIIME2QIIME2是用来做宏基因组的16S扩增子分析的
bioinfo2011·2017-08-25 16:12
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