扩增子分析

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版、应用Python处理生物信息数据和作图、微生物组扩增子分析
生信宝典·2024-02-06 08:48

扩增子分析

16srDNA普遍存在于原核生物中，在生物进化中保持不变；具有高度保守序列，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；（9个可变区10个保守区）相对分子量大小适中，约1.5kb左右，便于测序和序列分析；种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），素在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23SrDNA的拷贝数相同。参考：https://m
小王的学习杂记·2023-04-09 22:59

扩增子分析

exportPATH=/home/llt/miniconda2/bin:$PATHsourceactivateqiime1质控拼接join_paired_ends.py-f1_1.fq.gz-r2_2.fq.gz-mfastq-join-ojoinextract_barcodes.py-fjoin_paired/fastqjoin.join.fastq-cbarcode_single_end--b
nitrostarch·2023-03-16 21:23

《零基础免费学扩增子分析》视频课（含ppt及相应代码），无需转发，直接获取...

扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列。它简单、快速、应用广泛。扩增子测序可以有效地识别微生物高可变区并有效获取微生物物种的信息。扩增子测序包括16SrDNA,18SrDNA以及ITS的测序。16SrDNA是细菌分类学研究中最常用分类的marker基因信息，其序列包含9个可变区（Variableregion）和10个保守区（constantregion）。可
生信修炼手册·2022-12-04 16:18

解读16S扩增子分析表格+代码实现

16s分析结果详解文章目录16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性（样本内多样性）Chao1ShannonAceSimpsonAlpha多样性指数差异箱形图Beta多样性分析（样品间差异分析）PCoA分析PCA分析NMDS分析（非度量多维尺度分析）排序分析样本-物种丰度关联circos弦装图Ternary
Les baleines tombent·2022-11-29 07:08

加量不加价！扩增子新版分析流程结果解读（一）

升级后的扩增子分析流程分别对门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Famil
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:26

扩增子分析流程 —— 数据处理（vsearch）

本篇文章是笔者学习了刘永鑫老师的扩增子教程以后，根据自己的学习过程总结了一篇使用vsearch工具处理序列数据得出OTU表的文章。笔者这篇文章会根据笔者自身的学习思路，每一步的数据处理都会从三个方面（是什么、为什么和怎么做）去分析展开。因为笔者以前没有接触过生信相关知识，所有生物知识还停留在高中水平，所以笔者所写的内容会比较偏向基础一些。如果本文章不符合你的需求，可以看刘永鑫老师的扩增子教程，不仅
卢严砖·2022-11-29 07:55

扩增子分析全面升级！加量不加价，数据更多新玩法

加量不加价！扩增子标准分析流程全面升级！微生物是一类以分解代谢为主的生物类群，在微生物群落研究中，扩增子一直是了解微生物群落构成及分布的重要手段。基于markergene的扩增子测序可以反映系统中的微生物多样性的组成。常见Markergene包括细菌16SrRNA，真菌ITS和18S，功能基因包括AOA、AOB、nirK、nifH、McrA等。基于扩增子研究，我们能够得到微生物群落中物种的组成结构
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

加量不加价！扩增子新版分析流程结果解读（二）

在上期内容中，我们介绍了升级后的扩增子分析结果中的差异分析和环境因子关联分析，今天继续来了解其他的分析内容吧！
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:23

扩增子分析2

多个扩增子交叉设计可能存在突变漏检情况测试工具：vardictamplicon模式Filter标签在交叉区域的突变存在“AMPbias”，在不同扩增子中表现不同。
树懒吃糖_·2022-11-09 09:11

扩增子培训小结

扩增子分析扩增子分析，指的是对生物高度保守的DNA序列进行分析，鉴定生物的种类与含量的方法，是宏基因组学的研究方法之一。amplicon.jpg注：以下扩增子均指微生物16SrDNA片段。
见龙在田007er2770·2022-02-20 11:33

基于qiime2的扩增子流程

写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁琐），扩增子分析的流程也是很复杂。
kkkkkkang·2022-02-18 05:13

Graphpad，经典绘图工具初学初探

后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，
生信宝典·2022-02-17 13:28

扩增子分析：qiime2平台全流程分析

Ampliconsequencinganalysispipelinethroughqiime2platformqiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供了大量从原始data到统计分析的插件，尤其是它的可重复分析且可扩展插件的理念使得其成为扩增子分析首选的平台
华仔少年·2022-02-06 16:10

扩增子分析：16s rRNA分析snakemake流程

出发点最开始听人讲扩增子分析，我是云里雾里完全听不懂的蒙蔽状态。后来有幸认识了一位不辞辛苦或者说对“傻子”友好的技术达人，在他的帮助下了解了扩增子分析内的16srRNA的具体流程等。加
华仔少年·2021-06-21 05:23

扩增子分析

微生太扩增子分析系列第八节：QIIME2+GalaxyPICRUSt进行16S功能预测扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列，它简单、快速、应用广泛。
高锰酸钾配甲醛_ab83·2021-06-20 13:06

Rank abundance

扩增子分析中，rankabundance已经是必备的一项分析内容，它可以从OTU的层面总体反应出物种的分布情况(丰度和均匀度)，如下图：image.png注：横坐标：OTU等级，“500”代表样本中按照丰度排列第
tianzhanlan·2021-06-09 15:17

扩增子分析——usearch+vsearch+qiime1

参考文章：1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f0502.http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1071618.htmlusearch下载地址：https://drive5.com/software.htmlusearch安装：1.解压缩2.chmod+x/apps/users/user01/wanghhh/softwar
wanghaihua888·2021-03-20 10:22

16S扩增子分析 | 02 去噪和聚类

读前须知nohup后台运行nohup后台运行时，要将qiime2-2019.7环境激活，否则会报错！一定要记得激活！激活！激活！nohupbash01.sh&nohup指不间断地运行，是nohangup的缩写。当运行一个进程的时候，不想让其在你退出账号时关闭，即可用nohup。nohup在不规定的情况下，所有输出内容会保存到nohup.out中。后缀&是让程序后台运行，但注意，后台运行不代表不受S
小虎牙儿·2020-09-15 06:21

16S扩增子分析 | 05 Alpha和Beta多样性分析

利用宏基因组、16SrRNA测序等高通量测序技术分析微生物群体结构的时候，常见的有α和β多样性两个指标。Alpha多样性分析Alpha多样性主要反映样本内多样性。在肠道菌群分析中，是用来衡量个体内菌群的多样性，注意是单个个体，不涉及个体间的比较。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。通常有三类相关指数，测序深度指数（Observedspi
小虎牙儿·2020-09-15 06:21

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程(中国总代理)

USEARCH——最简单易学的扩增子分析流程USEARCH中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:07

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180901)

征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面旧文删除友军文章汇总推荐欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性

第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。《扩增子统计绘图》系列文章介绍《扩
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

扩增子统计绘图3热图：样品相关分析，差异OTU

第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。
刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core

扩增子分析神器USEARCH简介v11新功能v11命令大全扩增子分析神器VSEARCH分析流程2.8.1中文帮助文档otutab_corehttp://www.drive5.com/usearch/manual
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程02-真菌引物选择

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

易生信-扩增子教程01-背景介绍

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:30

16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips

个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。Feature代替OTU是趋势之前我翻译整理的QIIME2官方帮助文档——宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2-了解分析趋势，读过的朋友会发现，里面的每个分析流程中都不再使用聚类方法生成OTU，而是调用DADA2[1]对原始数据进行去
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物

《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

https://v.qq.com/x/page/t3015tp7d5u.htmlPart1.21扩增子分析背景介绍p1-23，23minhttps://v.qq.com/x/page/j3015gkf92g.htmlPart2.21
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

Graphpad，经典绘图工具初学初探

后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:19

PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

PICRUSt就是让16S扩增子分析锦上添花的工具，可以基于OTU表预测宏基因组的功能基因组成。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

vsearch2.8.1中文帮助文档(免费64位版usearch)

简介USEARCH是最好用的扩增子分析软件，但是代码不开源，可分析大数据的64位版收费，阻止了很多经费有限小伙伴的学习和使用。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

举个例子，扩增子分析从fastq到OTU表至多是denovo或reference两种套路(1-3天)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普视频
刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33

Graphpad，经典绘图工具初学初探

后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，
生信宝典·2020-07-16 04:53

关于我总结的QIIME 2 16S扩增子分析流程

整理了QIIME216S扩增子分析流程常用的命令和可视化结果的图文解释，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME2学习大礼包（没错就是这篇文章）。
砂之家Kora·2020-07-13 13:42

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程

USEARCH——最简单易学的扩增子分析流程USEARCH中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:47

扩增子统计绘图7三元图

第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。《扩增子统计绘图》系列文章介绍《扩
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:42

宏基因组理论教程2扩增子分析

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。教程大纲简介-定义、方法和数据库扩增子-微生物群落多样性PICRUS
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:00

2019微生物组——16S扩增子分析专题培训第四期

功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年4月12-14日北京推出《16S扩增子分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年9月14-16日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

扩增子分析神器USEARCH简介

在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至NatureMethod，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Googlesch
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:54

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1812)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普视频
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:10

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.03)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2最新教程中文(2019.7)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:08

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.5)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2教程(2020.2)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 00:42

扩增子和宏基因组分析流程Microbiome Helper

今天发现了一个扩增子分析的流程Comeauetal.,2017MicrobiomeHelper:aCustomandStreamlinedWorkflowforMicrobiomeResearch.mSystems.MicrobiomeHelper
你猜我菜不菜·2020-06-29 21:11

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1907)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面旧文删除综述泛读高分文章套路解读后台关键字列表欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:21
上一页 1 2 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他