Bioinformatics 第3页

网络药理学+转录组AD候选药物筛选纯生信分析套路

今天跟大家分享的是六月份发表在Bioinformatics杂志（IF：5.61）上的一篇通过对疾病相关基因和药物靶标进行网络分析，筛选出潜在药物，并根据其基因表达谱进一步过滤获得有效药物的文章。

概普生信·2023-06-22 14:40

《Bioinformatics-Data-Skills》之案例：数据下载

《Bioinformatics-Data-Skills》之案例：数据下载这里通过下载小鼠的参考基因组与注释数据的案例来巩固一下前面所学内容。

DataScience·2023-06-20 18:08

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作

组学大讲堂·2023-06-19 19:55

论文解读：ExamPle:用于预测植物小分泌肽的可解释的深度学习框架

ExamPle:explainabledeeplearningframeworkforthepredictionofplantsmallsecretedpeptides期刊：Bioinformatics

YZT8848·2023-06-19 03:20

这就是生信发得早的优势，点几下鼠标就发了10分+SCI

下面这篇纯生信文章就属于高分SCI，这篇文章发表在BriefingsinBioinformatics上，这本期刊的影响因子高达：11.662。这篇文章的分析内容简单到爆，就

SCI狂人团队·2023-06-14 10:36

YRCloudFile 分布式存储加速基因测序解锁生命密码

生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。

·2023-06-13 17:55

2021-11-24 查看网页的更新日期

命令：curl-Ihttps://bioinformaticsworkbook.org/dataAnalysis/VariantCalling/gatk-dnaseq-best-practices-workflow.html

悟空99·2023-06-12 09:08

论文解读：DELPHI：用于蛋白质相互作用位点预测的精确深度集成模型

期刊：BriefingsinBioinformatics出版日期2022-11-22websever:https://iasri-sg.icar.gov.in/pldbpred/网址：PlDBPred:

YZT8848·2023-06-10 01:27

论文解读：ToxinPred2：一种预测蛋白质毒性的改进方法

ToxinPred2:animprovedmethodforpredictingtoxicityofproteins期刊：BriefingsinBioinformatics中科院分区：2区影像因子：13.994web

YZT8848·2023-06-10 01:57

生物信息学有哪些SCI期刊推荐？ - 易智编译EaseEditing

易智编译·2023-04-21 19:57

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学术期刊《GenomicsProteomics&Bioinformatics

易基因科技·2023-04-20 04:50

跟着Genomics, Proteomics & Bioinformatics学数据分析：使用NextDenovo软件组装拟南芥基因组的初次尝试

论文High-qualityArabidopsisthalianaGenomeAssemblywithNanoporeandHi‐FiLongReads本地文件名拟南芥.pdfimage.png参考资料公众号小白鱼的生统笔记推文三代测序基因组组装工具NextDenovo公众号生信媛推文使用NextDenovo组装Nanopore数据NextDenovo软件的帮助文档https://nextdeno

小明的数据分析笔记本·2023-04-20 03:40

《Bioinformatics Data Skills》之工程管理（1）

清晰，整洁与统一的工程管理可以令我们事半功倍。今天介绍一下如何进行工程的组织与记录。图片来源：https://www.ntaskmanager.com/blog/how-to-become-a-project-manager工程目录结构不同的生物信息学家的工程组织风格可能不同，这里作者给出自己的结构（以玉米SNP识别为例）：mkdirzmays-snpcdzmays-snpmkdirdatamkd

DataScience·2023-04-19 19:42

2020-01-21 测序数据的质控和过滤

用于后续分析；本过程涉及到的软件Fastqc(用于测序数据质控)，MultiQC（用于质控结果整合和解读）Trimmomatic（用于测序数据修剪和过滤）软件说明文档地址：Fastqc：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk

xiaoguolaile·2023-04-19 04:01

2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程

从原始数据开始分析参考https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflowStep1.AnalysingSequenceQualitywithFastQChttp://www.bioinformatics.babraha

程凉皮儿·2023-04-18 21:28

《Bioinformatics Data Skills》之Unix Pipe

UnixPipe作为Unix模块化的核心，兼具速度与美学。它与输出流重定向的区别在于，输出流重定向是将程序的输出内容保存在文件，而管道的作用是将一个程序的输出作为另一个程序的输入（标准错误还是会打印在屏幕上，fig.1)。Figure1管道原理示意图内存读写的速度远高于磁盘读写，所以程序运行速度的瓶颈通常会来源于文件的读写。使用管道可以提高运行速度，节约磁盘空间。管道示例以一个简单的例子来说明，这

DataScience·2023-04-18 19:07

学术速运|利用深度学习和分子动力学模拟设计抗菌肽

题目：Designingantimicrobialpeptidesusingdeeplearningandmoleculardynamicsimulations文献来源:BriefingsinBioinformatics

DrugPython·2023-04-17 22:16

《Bioinformatics Data Skills》之工程管理（2）

除了工程结构与实验的记录方式，工程的组织与文件统一命名方式同样很重要。拆分工程为子工程分而治之一旦你开始分析，你的工程里面将会充斥着大量的中间文件。将一个大任务拆分成子任务来创建子文件夹，是保持结构清晰的好方式。统一的文件命名有助于自动化自动化举例说明，首先我们创建工程：mkdir-pzmays-snp/{data/seqs,scripts,analysis}注：“{}”用于参数展开，可以同时创建

DataScience·2023-04-17 16:09

国家级生物医药公共服务平台发布HLA3D数据库，技术架构分享

近日，南京基因与细胞实验室合作团队取得阶段性成果，东南大学-生命科学与技术学院-李健教授团队在《BriefingsinBioinformatics》（影响因子IF=11.622）上发表题“HLA3D:anintegratedstructure-basedcomputationaltoolkitforimmunotherapy

思通数科x·2023-04-17 04:54

PDB药物综合数据库必备8大类非付费网址80个

ProteinDataBank,简称PDB)蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建，由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics

Yiyaoshujuku·2023-04-15 05:36

一文极速读懂 Uniprot 蛋白质数据库

Uniprot（UniversalProtein）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（EuropeanBioinformaticsInstitute），SIB（theSwissInstituteofBioinformatics

Seurat_Satija·2023-04-12 07:01

关于DEMoS论文复现中的一些问题_使用newbing得到的解决方案。

首先挂一个论文链接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac456代码链接:https://github.com/Docurdt/DEMoS.git摘要：动机

Sjmanman·2023-04-10 03:02

资源帖：National Bioinformatics Infrastructure Sweden的github

NBIS（NationalBioinformaticsInfrastructureSweden）的github有许多不错的资源：https://github.com/NBISweden比如：培训班的材料小工具等等

OmicsAcademy·2023-04-07 03:43

学生信的那些事儿之二 - （小白）怎么学生信

——《飞驰人生》什么是生物信息学生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科

李白爱吃橙子·2023-04-05 00:06

《Bioinformatics Data Skills》之比对结果可视化

数据地址：NA12891_CEU_sample.bamhuman_g1k_v37.fasta命令行工具使用samtoolstview工具可以对bam文件在命令行进行可视化。需要输入已经排序与建立索引的BAM文件，这里以NA12891_CEU_sample.bam文件为例（其中human_g1k_v37.fasta文件为参考基因组）：$samtoolstviewNA12891_CEU_sample.

DataScience·2023-04-04 17:52

BUSCO评估基因组组装和完整性

文献：文章：BUSCO:assessinggenomeassemblyandannotationcompletenesswithsingle-copyorthologs.Bioinformatics

小白菜学生信·2023-04-01 23:49

《Bioinformatics Data Skills》之获取基因组区域碱基序列

获取启动子区域之后，我们可能想要提取这些区域的碱基序列，有两种常见做法：直接使用Bioconductor发行的R包将区域存储为类似BED格式的文件，使用BEDTools命令行工具这里着重介绍第1种方案，采用一个关键的R包BSgenome(BS代表biostrings)。此包与之前介绍的GenomicFeatures类似，预先存储了不同特种，不同版本的基因组序列信息（部分依赖数据如图1，所有依赖数据

DataScience·2023-04-01 19:15

2019-11-08 记录CNV数据分析学习（四）

昨天在复习Linux基础知识，没有继续记录，今天继续参考学习资料TCGACNV全攻略具体数据处理流程见NIH的TCGA官网：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines

程凉皮儿·2023-03-29 06:53

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov/欧洲生物信息学研究所/欧洲分子生物学实验室（EuropeanBioinformaticsInstitute

shwzhao·2023-03-28 05:57

开启生信分析之旅的准备工作

生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。

可乐凉拌皮卡丘·2023-03-27 21:04

BioSciTools: bioinformatics desktop software

BioSciToolshttps://bioscitools.github.io基于Java(JDK-11),JFX,R-4.2.0开发的桌面程序，旨在为生物信息学的发展做出新的探索和贡献，实现序列分析、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞、微生物学、医学等领域的数据分析和可视化。该程序继承了HiPlothttps://hiplot-academic.com美观的操作界面、优秀的交互组

benben_miao·2023-03-26 21:52

SIFT ：一个预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的工具

，由A*STAR（AgencyforScience,TechnologyandResearch）资金赞助，GIS（GenomeInstitueofSingapore）PaulienNg组维护，BII（BioinformaticsInstitute

vegene·2023-03-25 09:44

《Bioinformatics Data Skills》之构建循环处理文件pipeline

生物信息学中，很多数据分散在多个文件中，任何pipeline处理的核心都是通过某种方式对每个文件运行相同的流程，并保持对样本的追踪（最简单的方式是通过bash的for循环）。能够处理一组文件的pipeline包含三个基本部分：选取指定文件循环读取数据执行流程创建可以追踪的结果文件有两种常见的方式选取指定文件，第一种是通过文本文件存储待处理的文件信息（如样本名与文件地址），第二种是根据某种标准挑选文

DataScience·2023-03-25 05:30

《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam统计比对信息

现在我们已经具备采用pysam模块统计比对信息的知识了，这里我们编写一个程序来统计BAM/SAM文件的信息并使用samtoolsflagstat进行验证。NA12891_CEU_sample.bam文件下载程序代码如下：importpysamimportsysfromcollectionsimportCounter##1iflen(sys.argv)=5)可见我们的统计结果基本都是正确的，不过ma

DataScience·2023-03-23 16:45

论文翻译：《DeepTorrent：一种基于深度学习的方法，用于预测DNA N4-甲基环肽位点》

DeepTorrent:adeeplearning-basedapproachforpredictingDNAN4-methylcytosinesites期刊：BriefingsinBioinformatics

YZT8848·2023-03-21 04:31

Seurat进行单细胞VDJ免疫分析

数据来源：download.file("https://bioshare.bioinformatics.ucdavis.edu/bioshare/download/iimg5mz77whzzqc/vdj_v1

nvzhang·2023-03-20 03:03

A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing d...

AcomprehensiveevaluationofnormalizationmethodsforIlluminahigh-throughputRNAsequencingdataanalysishttps://academic.oup.com/bib/article/14/6/671/189645BriefingsinBioinformatics

浩瀚之宇·2023-03-18 05:40

A resource of variant effect predictions of single nucleotide variants in model organisms

通讯作者和第一作者都来自EuropeanBioinformaticsInstitute的分子生物学实验室。

Zhai1994·2023-03-17 10:48

BERT6mA：使用基于深度学习的方法预测DNA N6甲基腺嘌呤位点

methyladeninesiteusingdeeplearning-basedapproaches》ShoTsukiyama,MdMehediHasan,Hong-WenDengandHiroyukiKurata日本九州理工学院生物科学和生物信息学系2022年2月28日BriefingsinBioinformatics

Good_Ly·2023-03-15 07:54

凌恩生物资讯|宏基因组到底要不要去宿主？

本期为大家分享的文献是发表在《Genomics,Proteomics&Bioinformatics》上的文章“HighSensitivityofShotgunMetagenomicSequencinginColonTissueBiopsybyHostDNADepletion

SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

2020年如何单纯通过筛选基因发4+分

今天和大家分享的是2020年1月发表在JournalofTranslationalMedicine（IF：4.098）上的一篇文章，“Bioinformatics-basedscreeningofkeygenesfortransformationoflivercirrhosistohepatocellularcarcinoma

科研菌·2023-03-14 12:10

如何使用KAAS进行KEGG注释

使用KAAS做KEGG注释标签：KEGG，RNAseq，bioinformatics什么是KEGG中文名:京都基因与基因组百科全书外文名:koytoEncyclopediaofGenesandGenomes

ShawnMagic·2023-03-14 10:53

scRepertorie+Seurat

ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html#6_Interacting_with_Seuratdata:download.file("https://bioshare.bioinformatics.ucdavis.edu

nvzhang·2023-03-14 03:34

LD连锁不平衡--PopLDdecay

PopLDdecay于2018年10月发表于Bioinformatics杂志上。先简单介绍一下什么叫连锁不平衡以及计算连锁不平衡有什么作用吧。LD:当位于某一座位的

杨博士聊生信·2023-03-13 15:15

开源工作也需要构筑领域知识的体系

在计算机科学（CS）中，有一个很有意思的交叉学科——生物信息学（Bioinformatics）。

小叶与小茶·2023-03-11 09:18

测序短读映射

12ShortReadMappingforExomeSequencingsoftware：1.FastQC(v0.11.9)wasusedtoassessthereadqualityhttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk

所以suoyi·2023-03-11 02:32

拷贝数变异数据的生物信息学

2021/03/10BioinformaticsforCopyNumberVariationData CNV(copynumbervariant)：是一种结构遗传变异，主要是由于重复，缺失，插入和不平衡易位事件

所以suoyi·2023-02-18 20:19

《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本处理利器bioawk

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。简介bioawk发布在github上，可以通过如下命令进行下载，编译与安装：gitclonegit://github.com/lh3/bioawk.git&&cdbioawk&&make&&sudocpbioawk/usr/local/bin/bio

DataScience·2023-02-07 04:05

PythonWeb:在pycharm中的django项目上传至centos7中的nginx上部署时，文件上传路径问题

其中上传文件在本地测试很好，可是部署到centos7中的nginx时，总是提示文件路径找不到FileNotFoundError:[Errno2]Nosuchfileordirectory:'/mnt/vdb/Bioinformatics

ch_cyq·2023-02-06 13:13

生物信息视频

刘小乐生物信息课程IntroductiontoBioinformaticsandComputationalBiology单细胞机器学习SingleCellGenomics-Lecture10-DeepLearninginLifeSciences

MR来了·2023-02-06 06:47

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