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知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2022)：基于异构图GCN和GAT的DTI预测

(2022.4.16)Briefings-DTI-HETA：基于异构图GCN和GAT的DTI预测目录(2022.4.16)Briefings-DTI-HETA：基于异构图GCN和GAT的DTI预测摘要1.引言2.模型方法2.1定义3.1异构图上的GCN3.2图注意机制3.3链接预测4.实验4.1案例分析论文题目：DTI-HETA:predictionofdrug–targetinteraction
Cheng_0829·2022-12-09 06:56

DeepHPV:一个用于预测HPV整合人类基因位点的深度学习模型

文章出处及相关链接出处：BriefingsinBioinformaticsdoi:10.1093/bib/bbaa242代码：https://github.com/JiuxingLiang/所做工作1：
泡面加蛋97·2022-12-03 03:12

基于特征融合与注意力机制的药物互作模型：MDF-SA-DDI

predictingdrug–druginteractioneventsbasedonmulti-sourcedrugfusion,multi-sourcefeaturefusionandransformerself-attentionmechanism论文来源：BriefingsinBioinformatics
sanananana·2022-11-30 06:42

2020-12-14 论文阅读

Deeplearningwithmultimodalrepresentationforpancancerprognosisprediction2019年发表于Bioinformatics杂志，论文传送门代码传送门摘要动机估计肿瘤患者未来的病程对于医生来说是非常有价值的
深度学习小学生·2022-11-29 09:01

TACOS：一种用于准确预测细胞特异性长的非编码RNA亚细胞定位的新方法

anovelapproachforaccuratepredictionofcell-specificlongnoncodingRNAssubcellularlocalization》期刊：《BriefingsinBioinformatics
R1celee·2022-11-26 19:24

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：MPG：一种有效的自我监督框架，用于学习药物分子的全局表示以进行药物发现

Aneffectiveself-supervisedframeworkforlearningexpressivemolecularglobalrepresentationstodrugdiscovery论文期刊：BriefingsinBioinformatics2021
Cheng_0829·2022-11-26 19:18

Briefings in bioinformatics2022 | 基于神经网络的分子性质预测通用优化策略

原文标题：Ageneraloptimizationprotocolformolecularpropertypredictionusingadeeplearningnetwork代码：GitHub-titanda/Learn-it-allatready_classification_feature一、问题提出虽然个别优化方法都成功地提高了模型的性能，但当这些方法和实践的具体组合应用时，可能会获得更好
羊飘·2022-11-26 19:16

scMRA:一种健壮的深度学习方法，可以用多个参考数据集注释scRNA-seq数据

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、前言二、材料和方法三、结果四、讨论文章地址：https://academic.oup.com/bioinformatics
Super齐·2022-11-26 08:19

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-SumGNN:通过有效的KG聚集进行多类型DDI预测

3.(2021.3.26)Bioinformatics-SumGNN:通过有效的KG聚集进行多类型DDI预测论文标题:SumGNN:multi-typeddruginteractionpredictionviaefficientknowledgegraphsummarization
Cheng_0829·2022-11-25 16:10

MGF6mARice：利用分子图特征和残差块预测水稻DNAn6-甲基腺嘌呤位点

期刊：BriefingsinBioinformatics代码链接：https://github.com/zhlSunLab/MGF6mARice摘要DNAN6-甲基腺嘌呤(6mA)是由腺嘌呤的N6位置被甲基化产生的
HXH@·2022-11-25 09:33

论文笔记 Bioinformatics 2020|DeepEventMine:end-to-end neural nested event extraction from biomedical tex

3.3角色层3.4事件层4实验5总结1简介论文题目：DeepEventMine:end-to-endneuralnestedeventextractionfrombiomedicaltexts论文来源：Bioinformatics2020
hlee-top·2022-11-25 09:29

Bioinformatics2021 | FraGAT+：基于分子原始片段的多尺度图注意力机制的分子性质预测模型

afragment-orientedmulti-scalegraphattentionmodelformolecularpropertyprediction论文地址：FraGAT:afragment-orientedmulti-scalegraphattentionmodelformolecularpropertyprediction|Bioinformatics
羊飘·2022-11-25 09:57

Bioinformatics202207 | CD-MVGNN+：基于交叉依赖图神经网络的分子性质预测

论文标题：CD-MVGNN：Cross-dependentgraphneuralnetworksformolecularpropertyprediction代码：GitHub-uta-smile/CD-MVGNN一、问题提出GNN模型取得了丰硕的成果，但仍存在三个局限性:大多数GNN模型不是面向节点的，就是面向边缘的。然而，节点和边在许多实际场景中扮演着同样重要的角色。具体来说，具有不同原子(节点
羊飘·2022-11-25 09:27

Bioinformatics2022 | AdvProp+：基于集成网络的分子性质预测与药物研发

论文标题：Advancedgraphandsequenceneuralnetworksformolecularpropertypredictionanddrugdiscovery代码：https://github.com/divelab/MoleculeX一、Materialsandmethods1、Notationsandproblemdefinitions旨在通过基于图和基于序列的机器学习模型
羊飘·2022-11-25 09:27

Briefings in bioinformatics2022 | Knowledge-based BERT+：像计算化学家一样提取分子性质的方法

amethodtoextractmolecularfeatureslikecomputationalchemists论文地址：Knowledge-basedBERT:amethodtoextractmolecularfeatureslikecomputationalchemists|BriefingsinBioinformatics
羊飘·2022-11-25 09:57

Briefings in bioinformatics2022 | ATMOL+：基于Attention-wise mask graph的对比学习以预测分子性质

Attention-wisemaskedgraphcontrastivelearningforpredictingmolecularproperty论文地址：Attention-wisemaskedgraphcontrastivelearningforpredictingmolecularproperty|BriefingsinBioinformatics
羊飘·2022-11-25 09:57

Briefings in bioinformatics2022 | 基于images-texts的Multi-modal结构信息重建以探索near-drug空间

论文地址：https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac461/6761958论文标题：Multi-modalchemicalinformationreconstructionfromimagesandtextsforexploringthenear-drugspace一、问题提出A：药物空间、已知虚拟类药物空间和
羊飘·2022-11-25 09:56

Briefings in bioinformatics2022 | ABCNet：基于分治法的分子ImageToSMILES的DL架构

论文标题：ABC-Net:adivide-and-conquerbaseddeeplearningarchitectureforSMILESrecognitionfrommolecularimages地址：ABC-Net:adivide-and-conquerbaseddeeplearningarchitectureforSMILESrecognitionfrommolecularimages|B
羊飘·2022-11-25 09:26

Briefings in bioinformatics2022 | FP-GNN+：用于分子性质预测的versatile DL架构

原文标题：FP-GNN:aversatiledeeplearningarchitectureforenhancedmolecularpropertyprediction地址：https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac408/6702671代码：GitHub-idrugLab/FP-GNN（标题中的+号是自己标的
羊飘·2022-11-25 09:26

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-MUFFIN:用于DDI预测的多尺度特征融合

2.(2021.3.15)Bioinformatics-MUFFIN:用于DDI预测的多尺度特征融合论文标题:MUFFIN:multi-scalefeaturefusionfordrug–druginteractionprediction
Cheng_0829·2022-11-25 09:24

Bioinformatics2019 | FP2VEC+：基于新分子特征的分子性质预测

论文标题：FP2VEC：anewmolecularfeaturizerforlearningmolecularproperties代码：GitHub-wsjeon92/FP2VEC预测化合物性质最成功的方法之一是定量结构-活性关系(QSAR)方法。Mol2vec使用分子子结构表将分子结构表示为类似于分子指纹向量的向量表示。SMILES2VEC模型引入了从SMILES表示到embedding向量的直
羊飘·2022-11-25 09:47

JAMA Psychiatry: Genetically Informed Methods

这篇文章的重点是如何使用geneticallyinformedmethods寻找因果关系，内容偏genetics/bioinformatics，不到两页的文章充斥着各种不为Neuroimager熟知的内容
懒麻蛇·2022-11-23 20:02

输入序列就可以预测 - 在线版miRanda靶基因预测来了

地址：http://www.bioinformatics.com.cn/local_mir
余丁，微生信·2022-11-21 14:42

2020 Bioinformatics | GraphDTA: predicting drug target binding affinity with graph neural networks

2020Bioinformatics|GraphDTA:predictingdrugtargetbindingaffinitywithgraphneuralnetworksPaper:https://academic.oup.com
发呆的比目鱼·2022-11-20 03:59

TransformerCPI文献阅读

Improvingcompound–proteininteractionpredictionbysequence-baseddeeplearningwithself-attentionmechanismandlabelreversalexperiments》这篇文章进行讲解，该文章发表在2020的Bioinformatics
Surpassall·2022-11-20 03:26

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用

4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用论文标题:Graphrepresentationlearninginbioinformatics:trends,methodsandapplications
Cheng_0829·2022-11-19 21:52

HLA分型工具--HLAscan

HLAscan:genotypingoftheHLAregionusingnext-generationsequencingdata原文地址：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com
11的雾·2022-11-18 09:23

猿创征文｜宝藏工具篇｜数字芯片设计，嵌入式开发，人工智能｜没我可以，没你不行！

PyCharm3.Matlab4.GVim&&Sublime&&Notepad++5.WavedromEditor6.BeyondCompare7.MicrosoftVisio8.EDrawMind9.Bioinformatics
新芯设计·2022-11-14 07:45

生物信息学期刊

欢迎关注公众号AIandBioinformatics更全面根据平时自己的收藏，整理一下自己的记录，期刊排名暂无顺序1.Bioinformatics该期刊是生物信息学领域的顶级期刊，是CCFB类期刊也是SCI
Struggle~·2022-10-24 18:10

GraphTGI：一种基于注意力的预测Tf-靶基因相互作用的图嵌入模型

anattention-basedgraphembeddingmodelforpredictingTF-targetgeneinteractions文章链接：https://doi.org/10.1093/bib/bbac148期刊：BriefingsinBioinformatics
weixin_42137685·2022-10-16 15:49

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2022)-SGCL-DTI：用于DTI预测的监督图协同对比学习

14.(2022.5.21)Bioinformatics-SGCL-DTI：用于DTI预测的监督图协同对比学习论文标题:Supervisedgraphco-contrastivelearningfordrug–targetinteractionprediction
Cheng_0829·2022-10-11 21:53

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-MSTE: 基于多向语义关系的有效KGE用于多药副作用预测

Effectiveknowledgegraphembeddingsbasedonmultidirectionalsemanticsrelationsforpolypharmacysideeffectsprediction论文期刊:Bioinformatics2021MSTE
Cheng_0829·2022-10-11 21:22

【待读重要】

COMPLETER:IncompleteMulti-viewClusteringviaContrastivePrediction》【知识图谱系列】基于互信息最大化的图谱预训练模型DGI&InfoGraphBioinformatics
一穷二白到年薪百万·2022-09-22 21:53

生物信息学的现状与展望

生物信息学的现状与展望TheCurrentStatusandTheProspectofBioinformatics中国科学院院士张春霆(天津大学生命科学与工程研究院天津300072)摘要:本文阐述了生物信息学产生的背景
wangchuang2017·2022-08-28 15:14

【解放双手|热爱生活】从TCGA数据循环下载开始!

我梦想着要与Bioinformatics一生一世的，emo了一个多月，既然捡起来就要操练起来。解放双手，热爱生活，从循环开始。
研平方·2022-07-23 11:27

使用MEANGS组装线粒体

第一次体会到文献鸟的好处，给我推送了一篇bioinformatics的文章https://doi.org/10.1093/bib/bbab538](https://doi.org/10.1093/bib
深山夕照深秋雨OvO·2022-04-23 12:05

Bioinformatics Servers

spm_id_from=333.999.0.0Github:https://github.com/benben-miao/Bioinformatics-ServersWeChat:https:
benben_miao·2022-04-12 20:07

HiPlot: bioinformatics analysis cloud platform

1.IntroductionofHiPlotHiplot(https://hiplot.com.cn)生物信息分析云平台免费为生物信息学、生物统计学、临床医学、地理信息学、数学统计学、机器学习等领域科研者提供在线生物信息数据分析的服务。我们团队跟美国UCSCXena研究团队达成初步合作将Xena数据镜像到中国。同时跟中国国家基因数据库CNGB团队达成初步开发合作。如今，使用者遍布全球98+国家，注
benben_miao·2022-03-17 23:23

Aperture软件：不依赖比对算法精确检测ctDNA中的结构变异和病毒整合

image.png1简介这是中国医学科学院王晓月教授课题组2021年11月发表于《BriefingsinBioinformatics》上的一篇文章，主要介绍了新开发的ctDNA结构变异检测软件Aperture
生信小书童·2022-02-22 14:28

lncRNA纯生信套路 基因组不稳定性相关的LncRNA，速度来

今天跟大家分享的是发表在BriefingsinBioinformatics（IF:8.99）上的一篇文章，主要是基于突变分析构建乳腺癌基因组不稳定相关的lncRNA预后标志。
概普生信·2022-02-22 06:00

暑期实践之四

李老师一早向实践小队介绍了生我信息的相关知识，从中我了解到生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。
二三狗子·2022-02-21 01:30

2020-11-27 JC

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa976AbstractMotivationSingle-cellRNA-sequencing(scRNA-seq)offerstheopportunitytodissectheterogeneouscellularcompositionsandinterrogatethecell-type-specificgen
丑小鸭_b360·2022-02-20 00:06

2019-08-02 【Tools】SPRING：FASTQ数据的下一代压缩器

anext-generationcompressorforFASTQdata作者：ShubhamChandak,KedarTatwawadi,IdoiaOchoa,MikelHernaez,TsachyWeissman期刊:Bioinformatics
Shalom小白·2022-02-18 23:48

宝刀未老 | 写了一个 Ugly 的可能用于单细胞数据分析的脚本？！

那会我似乎是刚接手QQ社群“Bioinformatics中国”的管理。时间过得是真快。尽管确实没啥时间，我还是答应了，毕竟写个脚本嘛。
生信药丸·2022-02-17 16:23

卵巢癌全基因DNA拷贝数分析

Genome-wideDNAcopynumberprofilingandbioinformaticsanalysisofovariancancerrevealskeygenesandpathwaysassoci
概普生信·2022-02-16 14:10

2020-10-11

zBioinformaticsVolume36,Issue10,15May2020MotivationHi-Ciscurrentlythemethodofchoicetoinvestigatetheglobal3Dorganizationofthegenome.AmajorlimitationofHi-Cisthesequencingdepthrequiredtorobustlydetectloo
Boowean·2022-02-12 19:52

Ribo-seq分析

http://girke.bioinformatics.ucr.edu/systemPipeR/index.htmlimage.pnghttp://girke.bioinformatics.ucr.edu
热衷组培的二货潜·2022-02-10 04:19

使用anvi'o进行宏基因组的组装和分箱

这部分教程来自HappyBellyBioinformatics网站,主要比较宏基因组的单样品组装和多样品联合组装这两种组装策略以及宏基因组数据的可视化。
你猜我菜不菜·2022-02-09 19:17

多组学联合分析-Matrix eQTL

找到MatrixeQTL这个包，看下文章MatrixeQTL:ultrafasteQTLanalysisvialargematrixoperations（https://doi.org/10.1093/bioinformatics
Richard_Zhou·2022-02-07 08:55

文献笔记六十六：可视化展示blast结果的网页工具Kablammo

论文题目Kablammo:aninteractive,web-basedBLASTresultsvisualizer期刊及发表单位Bioinformatics2014UniversityofCalgary
小明的数据分析笔记本·2022-02-07 02:41
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