PacBio

pacbio三代扩增子测序序列比对

新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来，ATGG开头的提取出来，如图一。关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法，比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律，该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一

小鹿不吃香菜·2024-02-13 18:58

利用PacBio数据检测DNA修饰

以PacBio为代表的三代测序公司开发的第三代测序技术既可以直接测得DNA碱基序列，又可以测得其碱基上的修饰。SMRT(Single-MoleculeReal-Time)测序即单分子实时测序。

浩渺予怀·2024-01-11 16:42

利用基因组信息改善牲畜 -综述（2019）

1可用基因组资源-参考基因组新支架方法的开发，包括长读长序列（如PacBio）、光学作图（如BionanoGenomics）和染

Hello育种·2024-01-07 20:56

【报告笔记】基因组组装的最后挑战-T2T

三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的2014：华夏一号（中国人三代参考基因组）2016：Falcon/Falcon-Unzip，三代Pacbio

生物信息与育种·2023-11-29 01:57

LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据

LoRDEC是一个利用二代测序短序列reads矫正三代测序长reads的工具，利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph（DBG）对三代长Reads进行纠错，适用于PacBio和Oxford

迎着阳光走·2023-11-25 11:18

GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具

三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。

花生学生信·2023-11-19 15:12

Pacbio测序原理以及SMRT bell文库构建流程简述

Pacbio测序原理及SMRTbell文库构建流程简述（二）mp.weixin.qq.com大家好，今天跟大家继续分享关于PacBioSMRT测序仪的相关知识，分享内容主要参考PB官方的《TemplatePreparationandSequencingGuide

hello~bye~·2023-11-11 13:01

7种测序平台

1.illumina测序化学原理2.HiSeq测序仪工作原理3.PacBio单分子超长测序4.IonTorrent测序5.X10人全基因组测序6.illumina公司的NanoWell测序技术7.第一代

acoikw2620·2023-11-04 09:55

一文看懂三代组装软件——Flye

输入是原始的PacBio或者ONT的序列文件，输出是polished的contig。Flye同时也有针对微生物组装的模式。

生信阿拉丁·2023-10-25 05:30

pacbio 三代全长转录组数据分析流程

基础概念，转载自https://blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505Iso-seq,全称叫做Isoform-sequencing,是Pacbio

生信小院·2023-10-08 19:03

学习小组Day7笔记--张仁波

PacBio实时单分子测序CompleteGenomics公司的复合探针-锚定连接技术OxfordNanopore纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过

千帆_f077·2023-09-26 10:50

三代SV检测软件之cuteSV

生信阿拉丁·2023-09-17 12:48

基础知识——第三代测序技术

三、第三代测序技术一、单分子荧光测序1.1测序平台PacificBiosciences公司，简称为PacBio,这是目前为止，读长最长的下一代测序技术公司。

生信小工厂·2023-09-14 12:10

学习小组Day7笔记--温化玉

读长较短，高通量低成本，制备复杂）GSFLXsequencerIlluminasolexagenomeanalyzerSOLiDsequencer2.3三代测序（读长较长，高通量，准确性低，制备简单）PacBio

温化玉·2023-09-13 10:43

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

用HiFiAdapterFilt去除hifi reads的接头序列

最近在处理PacBio的HiFi数据，记录一下分析的过程。背景介绍今天介绍的这个软件叫做HiFiAdapterFilt，是一个用于从PacBio的原始数据中去除掉HiFi的接头序列的软件。

卖萌哥·2023-08-21 12:52

Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析

介绍本文描述了使用Sentieon®DNAscope进行PacBio®HiFi数据胚系突变检测。PacBio®HiFi技术产⽣质量值超过Q20的高质量长读段，平均长度在10-25kb之间。

chSNP·2023-07-21 14:43

hifiasm对HiFi PacBio进行组装

hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi测序技术，在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。流程介绍hifiasm的分析流程如下，主要分为3个阶段第一阶段：通过所有序列的相互比对，对前在测序错误进行纠正。如果一个位置只存在两种碱基类型，且每个碱基类型至少有3条read支持，那么这个位置会被当作杂合位点，否则，视作测序错误，将被纠正。第二阶段：根据

xuzhougeng·2023-06-21 09:10

凌恩生物资讯|Nature | HiFi reads提升图形泛基因组组装，助力基因组选择育种

上海凌恩生物现有PacBio测序平台，可以为广大科研用户提供三代HiFi测序服务项目。

SHANGHAILINGEN·2023-04-17 05:36

多组学的狂欢！——三代扩增子+代谢组学联合分析！

凌恩生物推出三代PacBio全长扩增子+LC-MS代谢组学联合分析项目！劲爆促销活动现在只要650！关键技术团队多年深耕多组学研究，优秀售前方案优质售后服务只为您发表高分PAPE

SHANGHAILINGEN·2023-04-14 14:16

凌恩生物文献分享|微刊：三代全长16s扩增子——环境多样性研究的明星

在微生物研究领域，PacBio三代全长的时代已经来临，如果你还没用过那就太可惜了！要问三代有什么好，那我可得说道说道。

SHANGHAILINGEN·2023-04-14 14:16

眼见为实：HiFi测序挑战不同类型基因组组装

其实，自2018年10月PacBio公司发布高保真单分子长读长测序（HiFi）模式后，HiFi在基因组组装中的应用便如雨后春笋，势不可挡。

贝瑞科服·2023-04-06 23:44

No.1 第三代测序单分子荧光测序之Pacbio 测序原理

测序原理：边合成边测序测序特点：1.四色荧光基团分别将四色荧光基团标记在脱氧核苷酸的磷酸基团的末端。当碱基配对完成之后，随着磷酸基团的掉落而掉落，并且不会影响后续的测序过程。2.ZeroModelWaveguide(ZMW)70mm直径的测序微孔在测序微孔中，聚合酶存在于玻璃板的底部，当聚合酶抓住一个dNTP的时候，会停留一段时间，这时激发波长才会激发基团发出荧光，而孔中其他少量的游离dNTP则不

曾杰_788c·2023-04-06 10:38

[RNA-Seq] 学习

最近在学RNA-Seq，从收集资料开始，将好用的链接先拷过来，方便阅读：背景：生信技能树：RNA-Seq这十年嗯、这篇文章写的很全，从一篇综述翻译过来的，介绍了短读长和长读长(PacBio/OxfordNanopore

happyxhz·2023-03-30 12:14

Spades

并且SPAdes是一款非常好用的软件，而且该软件不仅支持illumina测序数据，而且还可以用于IonTorrent测序数据，PacBio测序数据、sanger数据，Nanopore。

YX_Andrew·2023-03-28 16:07

NextDenovo 组装基因组

NextDenovo是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio,HIFI(默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。

斩毛毛·2023-03-26 13:55

使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm

该软件可用于Pacbio和ONT两个平台的数据组装，分析速度很快。软件安装minimap2安装miniasm软件组装时，需要从比对结果中获取reads之间的相对位置以及overlap情况。

xiaoji_hb·2023-03-17 16:20

「生信」三代基因组De novo assembler —— Falcon(试运行篇)

安装及测试数据下载试运行最后很多公众号都有介绍关于Falcon各参数的设置经验,而安装指南却没有一份系统的资料供借鉴.前两年安装只能通过官网下载安装包,一步步的配置其运行环境,步骤繁琐,如果是非管理员用户,搞定运行环境就更难了.好在前段时间,PacBio

bioinfo_boy·2023-03-17 08:37

三代变异检测操作说明-DeepVariant

PacBio公司2019年推出CCS模式的测序能够产出单碱基的正确性足以媲美二代测序的HiFi数据，从而实现SNP和INDEL的检测。下面

生信阿拉丁·2023-03-15 19:12

科研快报|二代加三代扩增子测序探究苏铁植物根部复杂微生物群落组成

我国是世界上苏铁植物资源最丰富的国家之一，本文对我国的特有种德保苏铁（Cycasdebaoensis）和仙湖苏铁（Cycasfairylakea）的两种根型：正常根和珊瑚状根，利用PacBio三代测序技术

SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

科研快报|PacBio 16S全长测序探究游离唾液微生物群失调在牙周病中的潜在作用

背景介绍唾液是口腔中最重要的介质。唾液中游离细菌的生态失调可能与牙周病的发生、发展、预后和复发有关，但这种潜在的关系尚不清楚。本研究的目的是探讨游离唾液微生物群在不同牙周状态下的潜在作用，它们对非手术牙周治疗的反应，以及治疗后患病个体和健康人体之间的差异。样品收集研究共获得10例牙周健康成人(H组)、15例牙龈炎(G组)和15例全身牙周炎(I/II期)(P组)全唾液样本，共90例。G组和P组接受超

SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

Svim 基于long reads鉴定SV

SVIM可基于longreads（pacbio，ONT，HIFI）进行callSV，deletion,insertion,inversion,tandemduplications,interspersedduplicationandtranslocations.githup

斩毛毛·2023-03-09 23:26

三代组装软件——Flye

输入是原始的PacBio或者ONT的序列文件，输出是polished的contig。Flye同时也有针对微生物组装的模式。二、安装和使用安装非常简单～condainstallflye使用的话，输入文

生信师姐·2023-02-18 21:50

利用masurca进行混合二、三代测序数据基因组组装

现在组装新基因组，一般用pacbio的hifi测序模式进行olc组装+Hi-c辅助组装染色体就行了，但是我们实验室以前测了一些基因组是低覆盖度的pacbio的clr模式测序+50x以上二代，没有HI-C

挖泥种地·2023-02-17 20:23

组学工具合集

CeleraAssembler:最具代表性的工具二代组装MiniaSPAdes:细菌基因组常用ALLPaths-LGSOAPdenovo2:华大出品SGA泛基因组分析HUPAN三代contig组装falcon:PacBio

Chipcui·2023-02-04 07:46

myBaits Target Capture Kits；myBaits 靶向捕获试剂盒，快速捕获富集目标序列

myBaitsTargetCaptureKits可以快速捕获富集目标序列，提高NGS研究效率，兼容Illumina®，PacBio®和Nanopore®等多种测序平台。

蓝景科信·2023-02-03 17:22

三代测序技术简介

现在的第三代测序技术中，主要以PacBio公司的SMRT和Oxford的Nanopore技术为主。与前面的两代技术比较，第三代最主要的特点在于单分子测序，就是测序的过程无需进行PCR扩增了。

RaoZC·2023-02-03 12:11

基因组组装教程 (T2T)

物种基因组从普通二代测序组装的draftgenome（基因组1.0），到使用PacBio或ONT测序技术结合Hi-C组装的high

冷冻工厂·2022-11-28 04:00

测序平台和测序技术是怎么对应的？

三代的平台是pacbio和nanopore，而ONT说的是技术吧？测序技术迄今经历了三代的发展。其实，早在DNA双螺旋结构发现后不久，名为降解法（sequencingbydegradatio

wangchuang2017·2022-11-24 05:12

全长转录组分析-小麦

前言近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRTcell）,凭借超长读长的优势，建库过程中无需打断RNA分子

郝永超M1racle·2022-10-27 10:24

纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%，肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法

三代测序技术（PacBio和OxfordNanopore）可解决基因组重复区域的组装难题，提高基因组完整性，已成为基因组组装主流技术。

wangchuang2017·2022-10-07 13:33

canu 组装PacBio数据

基因组组装的三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段文库中组装出contig，进一步基于不同长度的大片段文库，将原本孤立的contig按序前后连接，这一步会得到scaffolds。最后基于遗传图谱或光学图谱将scaffold合并调整，形成染色体级别的组装(chromosome)

木夕月·2022-06-29 16:58

PACBIO：经历9件大事，终获一致认可？

PACBIO：经历9件大事，终获一致认可？

wangchuang2017·2022-03-18 07:34

关于spades的安装和使用

该软件主要用于illumina，IonTorrentreads的组装，也可以进行PacBio,Oxfordnanopore,Sangerreads的组装。

毛毛_a389·2022-02-13 05:52

SPAdes 安装与使用

1.SPAdes的使用目的当前版本的SPAdes与Illumina或IonTorrent读取一起使用，并且能够使用PacBio，OxfordNanopore和Sanger读取提供混合组件。

记号晴系·2022-02-08 12:19

2019-07-29 【三代测序】-PacBio网站软件集合

CompatibleSoftwareThefollowingsoftwarepackagesareknowntobecompatiblewithPacBio®data,inadditiontoPacBio'sownSMRT®Analysissuite.Allpackagesarebelievedtobeopensourceorfreelyavailablefornon-commercialuse.

老_Z·2021-06-19 12:40

生信 | 基因组组装实战（四）：组装软件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon

2.三代PacBio数据准备2.1数据格式Pacbio平台测序出来的reads，由接头

生信卷王·2021-06-17 10:16

SRA数据下载

zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/应用场景：如果自己没有测序数据，比如Pacbio

RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

SRA数据库及其数据的下载（GEO、SRA）

SRA数据库SequenceReadArchive(SRA)是NCBI旗下的数据库之一，其作用是存储包括Illumina、454、IonTorrent、CompleteGenomic、PacBio和OxfordNanpores

波波在敲代码·2021-04-19 12:23

一套比较简便的基因组组装流程

测序数据为100x以上的PacBio+100X左右的illumia+Hi-C。

挖泥种地·2021-01-27 18:57

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