Cufflinks

Python cufflinks 绘制折线图，时间序列，子图：简单，很快，很酷，还会动，从此 seaborn 是路人

引言  Python的seaborn与matplotlib绘图已不必多说，相信能够开始尝试使用cufflinks或者FineBI等工具进行绘图的朋友，已经对基本的数据可视化有了一定的了解。
萝 卜·2020-06-29 08:00

RNA-seq 学习之一 ：Tophat + cufflinks 套装分析转录组

一、数据集准备选择GSE132693：RNAseqofprostatecancercells(PC3andDU145)treatedwith2.5uMpentamidineorvehicle.作为分析数据数据下载$for((i=2576;iEnsembl_hg38_genome.fa";formy$a(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,
归鹤鸣·2020-06-28 18:28

biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?

一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知，跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因，把“RNA-seqdataanalysis：Apraticeapproach”看了好几遍，
徐洲更hoptop·2020-06-28 02:51

盘一盘 Python 系列 10 - Cufflinks

本文含3886字，8图表截屏建议阅读20分钟对在新加坡的读者末尾有彩蛋0引言Cufflinks是一个可视化的库，可以无缝衔接pandas和plotly，前者中的dataframe在数据分析中无处不在，后者的交互式让可视化又上一个台阶
文文学霸·2020-06-22 12:36

Python金融科技:cufflinks绘制金融图表

前言最近发现一个功能强大的绘图工具库cufflinks，其最吸引我的地方是内置了量化金融绘图模块，可以很方便地绘制K线和技术指标图表。但遗憾的是，在网络上并没有找到cufflinks的参考手册。
cjh_hit·2020-06-21 13:22

7 个 Python 特殊技巧，有效提升数分效率！

本文转自『机器之心』(almosthuman2014)本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：1.PandasProfiling2.使用Cufflinks和Plotly绘制Pandas数据
机器学习算法与Python学习-公众号·2020-06-21 04:48

如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处这里我们跟Cufflinks的原理一致，使用总的外显子长度，并且去除过多的重叠的外显子的部分。
ywliao·2020-03-19 10:00

conda安装软件（2018-05-28）

1cufflinks：Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。
简单点lili·2020-02-29 17:44

RNA-seq分析流程

概览Tophat回贴基因组Cufflinks拼接转录本Cuffmerge整合转录本Cuffdiff计算转录本表达量使用R绘制热图绘制维恩图Tophat回贴基因组首先，我们需要将reads回贴至基因组，Tophat
yangmqglobe·2020-02-18 01:27

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)

原文转自：RNA-seq:TopHat2+Cufflinks分析流程(2015-06-0917:21:42)1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/
简单点lili·2020-02-09 00:38

Python 一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下 Cufflinks

前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽然做出的效果非常的炫酷，比如plotly，但是每一
我爱学python·2020-02-08 06:26

GO，KEGG，DO富集分析

（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略....市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks
黄晶_id·2019-12-16 08:13

tophat2和cufflinks安装

tophat2{官网下载}首先安装好bowtie2下载地址：http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/下载（最新版本的）解压：unzipbowtie2-2.3.3-linux-x86_64.zipcdbowtie2-2.3.3-linux-x86_64（由于这个已经是编译好的）（将bowtie2bowtie2-buildbow
Redshape·2019-11-29 13:24

根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

①根据注释文件提取转录本：生信笔记系列之序列提取--根据GTF提取转录本从NCBI基因组数据中获得cds，pep和geneID对应表-薛猫_柳叶...②将cds转换成pep：从cds到pep（2）利用cufflinks
pomela·2019-10-20 19:02

Python 一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下 Cufflinks

原文链接：https://www.jianshu.com/u/8f2987e2f9fb前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可
qdPython·2019-10-15 15:04

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。
徐洲更hoptop·2019-08-28 22:02

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。
徐洲更hoptop·2019-08-28 22:02

Python一行代码搞定炫酷可视化，Cufflinks值得拥有 ！

前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽然做出的效果非常的炫酷，比如plotly，但是每一
Python资深程序员·2019-08-24 14:45

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

原文链接：https://aiprocon.csdn.net/?utm_source=wx作者|xiaoyu来源|Python与数据科学前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式
Python大本营·2019-08-03 00:00

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks ！

 前言 学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。 plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽然做出的效果非常的炫酷，比如plotly，但
Python资深程序员·2019-08-01 00:00

炫酷的可视化工具包——cufflinks

前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽然做出的效果非常的炫酷，比如plotly，但是每一
Sean_Yang·2019-07-22 15:00

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

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路远·2019-07-21 00:00

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

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spearhead_cai·2019-07-19 08:00

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

image前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽然做出的效果非常的炫酷，比如plotly
急速奔跑中的蜗牛·2019-07-16 14:59

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急速奔跑中的蜗牛·2019-07-16 14:59

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks!

    Python资源共享群：484031800前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyternotebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果。虽
Python资深程序员·2019-07-16 00:00

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）-数据准备

tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程，有兴趣的小伙伴可以一起讨论学习！
邱俊辉·2018-12-25 23:29

gff和gtf数据库注释格式（2018-05-28）

Cufflinks/Tophat软件需要GTF文件作为基因注释文件。GFF全称为generalfeatureformat，这种格式主要是
简单点lili·2018-05-30 10:21

[转] cufflinks介绍（2018-05-29）

原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_751bd9440102v72b.html一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare
简单点lili·2018-05-29 13:36

用tophat和cufflinks分析RNAseq数据(2018-05-28)

mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213用tophat和cufflinks分析RNAseq数据人的基因组一共有两万多个基因，但是这些基因不是每时每刻都在表达，在不同发育时期和不同组织中
简单点lili·2018-05-28 15:55

edgeR的一些小九九

基本上RNA-Seq等等各种测序手段都需要计算差异表达通常大家常用的软件不外乎cufflinks和几个R包DESeq、EBSeq、edgeR、ballgown。
zhym1992·2017-12-11 14:00

合并基因表达水平(merge gene expression levels, FPKM)

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时，当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平。 
emanlee·2016-05-26 09:00

Cufflinks

TranscriptomeassemblyanddifferentialexpressionanalysisforRNA-Seq.Cufflinksassemblestranscripts,estimatestheirabundances,andtestsfordifferentialexpressionandregulationinRNA-Seqsamples.ItacceptsalignedR
Sam_Yang·2016-01-20 17:00

Cufflinks

TranscriptomeassemblyanddifferentialexpressionanalysisforRNA-Seq.Cufflinksassemblestranscripts,estimatestheirabundances,andtestsfordifferentialexpressionandregulationinRNA-Seqsamples.ItacceptsalignedR
Sam_Yang·2016-01-20 17:00

tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用

 ColeTrapnell said：therearethreestrategies:1)mergebamsandassembleinasinglerunofCufflinks2)assembleeachbamandcuffcomparethemtogetacombined.gtf3)assembleeachbamandcuffmergethemtogetamerged.gtfAllthreeop
emanlee·2015-12-23 20:00

cummeRbund包

/packages//2.10/bioc/html/cummeRbund.html Analysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks
·2015-10-30 14:08

Cufflinks的使用

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。
xflee0608·2015-04-01 00:00

[转载]转录组测序分析中cufflinks的使用及问题

因此，做过RNA-seq转录组测序数据分析的童鞋们一定使用过或至少听说过Cufflinks这个软件。
SHMILYRINGPULL·2012-11-01 15:00
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