Cufflinks

python炫酷代码_Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

原标题：Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks导读：学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly

weixin_39792472·2024-02-07 08:44

2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换

三代数据分析，用Minimap2分析出结果，生成了gff文件，想继续用为了想用到MatchAnno去，但是MatchAnno需求是gtf文件，所以想找大家都推荐的cufflinks中的脚本gffread

老_Z·2024-02-02 07:59

gffread使用小妙招

大家好，今天给大家分享一个软件(cufflinks)中的一个命令gffread，前一段时间需要提取生菜所有基因的CDS序列，本来一开始准备自己写脚本，后来发现gffread就可以实现。

杨博士聊生信·2024-02-02 06:02

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。

g863402758·2023-11-29 18:45

Kallisto原理及应用

文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3519）这款软件对比TopHat+cufflinks

小潤澤·2023-11-23 09:44

盘一盘 Python 系列 - Cufflinks (下)

本文含8890字，37图表截屏建议阅读46分钟0引言本文是Python系列的Cufflinks补充篇。

weixin_38753422·2023-11-21 20:10

python炫酷界面源码_牛批了，1行python代码就可实现炫酷可视化

之前画图一直在用matlibplot、pyecharts，最近学习了一个新的可视化库--cufflinks，用了两天我已经深深爱上它了主要是因为它用法简单、图形漂亮、代码量少，用一两行代码，就能画出非常漂亮的图形下面我们一起来看看吧

量力之行酥老西游记·2023-11-11 20:31

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc\filename.fq>>filename.log2）参数说明：-o:输出文件所在目录，并且是已经存在的目录,如：filename_fastqc--noextract:不解压缩输出文件

onlyme_862a·2023-10-19 20:03

【Python】让 plotly 可视化更上一层：cufflinks 包

使用方法四、数据说明五、折线图六、散点图七、气泡图八、柱状图九、箱型图box十、直方图十一、小提琴图十二、热力图heatmap十三、3d图十四、散点矩阵图十五、子图一、导读今天给大家推荐一个高级的可视化神器：cufflinks

旅途中的宽~·2023-06-21 15:12

1.5构建支原体index并比对

term=Mycoplasma+yeatsii查询结果2.下载基因组和注释fna和gff3.转换gff为gtf使用cufflinks里面gffreadgffreadGCF_000875755.1_ASM87575v1

cakarote·2023-04-21 18:05

第七步-ballgown的相关参数

转自转录组差异表达分析工具Ballgown|Biochen生物Ballgown的输入文件StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker

MissL_78e0·2023-04-15 13:47

7个Python特殊小窍门帮你做数据分析

本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：PandasProfiling使用Cufflinks和Plotly绘制Pandas数据IPython魔术命令Jupyter中的格式编排Jupyter

HDX柿子·2023-04-04 17:57

gtf和gff转换的方法

使用cufflinks进行转换gffreadmy.gff3-T-omy.gtfgffreadmy.gtf-o->my.gff3但是这个有个局限性就是只能转换mRNA的gff文件，因为它识别的特征是

灵动的小猪·2023-03-26 23:12

Python vs R，小白入门数据分析，学哪个好？

目前已持续更新200+篇原创内容，这里❤️展示部分专栏文章❤️:Python可视化该专栏力求全面覆盖Python可视化生态，如Matplotlib、Seaborn、Plotly、Pyecharts、Altair、Cufflinks

Python数据之道·2023-03-24 02:17

cufflinks安装的一些问题

Cufflinks程序主要根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出(各个gene的)isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果(组装出转录组

Better_man1·2023-03-19 19:07

cufflinks使用（2018-05-28）

使用Cufflinks里面的工具gffread执行命令：gffread**.gff-T-o**.gtfgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客问题挺好

简单点lili·2023-03-16 13:38

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff

Seurat_·2023-03-15 07:56

Python利用plotly绘制正二十面体详解

我们实际使用的则是一个对plotly进行封装的库，名叫cufflinks，能让你更方便地使用plotly和Pandas数据表协同工作。

·2023-02-27 18:46

根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

①根据注释文件提取转录本：生信笔记系列之序列提取--根据GTF提取转录本从NCBI基因组数据中获得cds，pep和geneID对应表-薛猫_柳叶...②将cds转换成pep：从cds到pep（2）利用cufflinks

生信师姐·2023-02-17 11:47

精选30张炫酷的动态交互式图表，Pandas一键生成，通俗易懂

今天小编来讲一下如何用一行代码在DataFrame数据集当中生成炫酷的动态交互式的图表，我们先来介绍一下这次需要用到的模块cufflinks就像是seaborn封装了matplotlib一样，cufflinks

欣一2002·2022-12-24 03:48

第二章【数据分析师---数据可视化2】 Plotly绘图基础篇

plotly绘制第四节plotly高级图形的绘制density密度图3D散点图使用chart_studio第五节Plotly绘制金融数据图1.简单绘制2.拖动的时间划轴时间快速选择按钮3.绘制蜡烛图4.使用cufflinks

小美学python·2022-12-15 19:44

【数据分析师---数据可视化】第二章：plotly绘图基础篇

绘制密度图和三维散点图5.1绘制2D密度图5.2绘制3D散点图6Plotly在线编辑绘图7Plotly绘制金融数据图7.1离线模式和在线模式绘图差异7.2绘制时间滑动条7.3添加时间转换器按钮7.4绘制蜡烛图7.5使用cufflinks

百木从森·2022-12-14 05:34

Python绘图常用的库及介绍

cufflinks：结合了plotly的强大功能和panda的灵活性，可以方便地进行绘图，避免了数据可视化过程中，对数据存储结构和数据类型进行复杂的麻烦。matplotlib

春眠不觉晓HUNAN·2022-10-17 07:40

7个Python特殊技巧，助力你的数据分析工作之路

本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：PandasProfiling使用Cufflinks和Plotly绘制Pandas数据IPython魔术命令Jupyter中的格式编排Jupyter

嗨学编程·2022-10-17 07:17

掌握这 7 个 Python 技巧，数据分析不怕！

TowardsDataScience作者：PerterNistrup编译：机器之心（nearhuman2014）本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：1.PandasProfiling2.使用Cufflinks

菜鸟学Python·2022-10-17 07:46

StringTie: 一款RNA-seq序列转录本重构软件

通过模拟数据和真实数据分析结果显示，与其他的软件，包括cufflinks,IsoLasso,Scriputer和Traph相比较,StringTie可以得到更加完整和准确的基因组重建和更好的表达量水平估计

shenny_·2022-02-09 00:39

精选3种张炫酷的动态交互式图表，Pandas一键生成，通俗易懂

今天来讲一下如何用一行代码在DataFrame数据集当中生成炫酷的动态交互式的图表，我们先来介绍一下这次需要用到的模块cufflinks模块的安装涉及到安装，直接pipinstall即可pip install

·2021-12-30 10:45

cufflinks：一款美不胜收的 Python 可视化工具包！

最近逛Github时，发现了一个新的可视化库：cufflinks，体验了一下非常不错，它的最大特色是：使用简单、图形漂亮、代码量少，你只需用一两行代码，就能画出

Python学习与数据挖掘·2021-09-24 13:55

你知道吗实现炫酷可视化只要1行python代码

目录1.用法简单2.少量代码就能画出非常漂亮的图形折线图散点图气泡图subplots子图箱形图直方图3D图总结之前画图一直在用matlibplot、pyecharts，最近学习了一个新的可视化库–cufflinks

·2021-08-17 15:16

牛批了，1行python代码就可实现炫酷可视化

之前画图一直在用matlibplot、pyecharts，最近学习了一个新的可视化库–cufflinks，用了两天我已经深深爱上它了主要是因为它用法简单、图形漂亮、代码量少，用一两行代码，就能画出非常漂亮的图形下面我们一起来看看吧

梦子mengy7762·2021-08-11 15:36

mRNA-seq学习（五）：基于比对的转录本组装

Cufflinks基于reads与参考基因组的比对来进行全长转录本的组装，不需要额外提供gff/gtf这种描述gene/transcript的feature文件，软件会生成gff文件。

TOP生物信息·2021-06-26 14:09

转录组差异表达分析—ballgown

两个流程能生成ballgown所需的格式数据1TopHat2+Stringtie2pHat2+Cufflinks+Tablemaker由Stringt

stanford_strive·2021-06-15 05:55

GTF与GFF

相信大家做转录组分析时候经常会看到Cufflinks或者Stringtie软件对转录组进行定量与组装会时产生一个gtf文件，里面包含的信息如下：gtf文件示例每列信息的含义如下：seqname-序列的ID

枫狂灬呆子·2021-06-11 01:56

Cufflinks的使用详解之--cuffdiff

Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于转录组的组装和差异表达分析。

伊人Yin·2021-06-05 01:20

RNA-seq分析流程大比较

HISAT2+StringTie+BallgownTophat2+cufflinks+cuffdiffHISAT2+featureCounts+DESeq2Tophat2+featureCounts+DESeq2subread

热衷组培的二货潜·2021-05-14 01:56

掌握这几种Python特殊技巧！python数据分析工作还不是随你挑!

,不具有任何商业用途,版权归原作者所有,如有问题请及时联系我们以作处理本文章来着腾讯云作者：python学习教程本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：PandasProfiling使用Cufflinks

49.99%·2020-12-19 16:26

用Python绘制地理图

安装Plotly在命令提示符中运行这两个命令，以在我们的本地计算机上安装plotly和cufflinks及其所有软件包。

计算机与AI·2020-11-21 21:02

Spark安装常见问题（Linux）

cufflinks的安装安装SAMtools时，make出现问题寻找jdk安装路径$JAVA_HOME/bin/java-version与java-version显示版本不同问题描述：Ubuntu默认为

CCCchenMing·2020-09-15 13:40

Bowtie2的安装与使用

许多其他的软件经常会调用Bowtie，如常见的TopHat，Cufflinks等Read:GACTG

weixin_30606461·2020-09-12 07:38

ZT:lncrna分析流程

buildgenome.fa*.bowtie2#建立索引tophat2-p16-Ggenome.gtf*.bowtie2MTncRNA1_1.fastqMTncRNA1_2.fastq#比对3.组装(cufflinks

felixhell·2020-08-22 00:39

Python动态可视化Cufflinks

文章目录一、cufflinks介绍1.1简介1.2安装1.3cufflinks包介绍1.4使用方法二、cufflinks使用2.0条形图bar2.1histogram直方图2.2box箱型图2.3scatter

小麦粒·2020-08-16 08:08

转录组分析

实验记录：实验目的：下载参考基因组:hg19.UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta，下载很hg38参考基因组，通过tophat2和cufflinks

┡狼儿本色～々·2020-08-08 00:46

安装boost续集

上回写的代码也没问题，可是吧，在安装cufflinks的时候出了一堆问题，编译的时候找不到boost。从网上找到教程，重新安装了boost。1.卸载先前安装的boost。

砖头机的灵感·2020-08-01 02:35

信用风险建模 in Python 系列 4 - 混合模型概述

本文含1491字，8图表截屏建议阅读10分钟0引言本文是「信用风险建模inPython」系列的第四篇，其实在之前的Cufflinks那篇已经埋下了信用风险的伏笔，信用组合可视化信用风险101独立模型-伯努利模型独立模型

weixin_38753422·2020-07-29 12:30

使用tophat2和cufflinks进行转录组分析

处理原始数据和参考基因组数据后，开始比对分析。将比对所需参考基因组的索引文件和基因组注释文件存放于hg19文件夹，并将sra文件解压至Fastq文件夹。主要步骤：1.用Ttimmomatic对fastq数据去接头。mkdirtrim_out#创建一个存放用Trimmomatic去接头的输出文件夹foriinFastq/*fastqdoecho$ia=$(echo$i|cut-d"/"-f5|cut

孤久成瘾_1180·2020-07-09 06:20

cufflinks使用-2 (2018-05-29)

简单点lili·2020-07-08 09:24

Python打造五线图谱(乐活五线谱)简单版

效果图:环境python3.7scipy==1.1.0plotly==4.7.1cufflinks==0.17.3计算代码importpandasaspdimporttalibimportosimportcufflinksascfimportchart_studio.plotlyaspyimportplotly.graph_objsasgoimportplotly.offlineaspyoffim

Ahrli·2020-07-07 22:39

tophat2+cufflinks转录组测序（2)—去接头>比对>差异分析

在将原始数据和参考基因组数据处理好以后，就开始开始比对分析了比对所用到的参考基因组的索引文件和基因组注释文件都存放在hg19文件夹将sra文件解压至Fastq文件夹主要步骤有下列几步1用Ttimmomatic对fastq数据去接头mkdirtrim_out#创建一个存放用Trimmomatic去接头的输出文件夹foriinFastq/*fastqdoecho$ia=$(echo$i|cut-d"/

孤独巡礼_435a·2020-07-02 04:55

Python一行代码搞定炫酷可视化，你需要了解一下Cufflinks

点击上方“Python数据科学”，选择“星标”公众号重磅干货，第一时间送达作者：xiaoyu，半路转行数据前言学过Python数据分析的朋友都知道，在可视化的工具中，有很多优秀的三方库，比如matplotlib，seaborn，plotly，Boken，pyecharts等等。这些可视化库都有自己的特点，在实际应用中也广为大家使用。plotly、Boken等都是交互式的可视化工具，结合Jupyte

Python数据科学·2020-06-30 10:25

Plotly+Cufflinks，交互式图表神器，一行代码GET！

前言本文将介绍如何使用Plotly+Cufflinks更简便地制作出更好的图表。这是Github上一个大神发布的资料，本人学习之后觉得非常实用，所以和大家分享。

weixin_46752708·2020-06-29 17:06

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