GEOquery 第2页

LandSCENT信息熵评估分化能力

)#install.packages("devtools")devtools::install_github("ChenWeiyan/LandSCENT")BiocManager::install("GEOquery

cs.long·2020-07-06 22:48

芯片数据分析步骤1 芯片数据下载-GEO

从GEO数据库下载数据的方法1、在GEODATASETS中输入关键词，选择符合的GSE，在ftp中进行手动下载2、找到符合的GSE，在R中使用GEOquery包进行下载GEO数据库的数据种类1、Platforms

tommyhechina·2020-07-05 14:48

获取差异基因

载入必要的包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()getwd()setwd("D:/RWork/Rlearning")library(GEOquery

Stone_Stan4d·2020-06-26 23:13

基因芯片数据分析-1: 使用GEOquery 包从GEO获取数据

GEOquery包使用指南1OverviewofGEO1.1Platforms1.2Samples1.3Series1.4Datasets2GettingStartedusingGEOquery3GEOqueryDataStructures3.1TheGDS

JeremyL·2020-06-03 10:43

R里的神仙句子-to be continued

GEO数据下载####有了这句，GEO下载会顺畅一些options('download.file.method.GEOquery'='libcurl')一键清除所有变量rm(list=ls())对读入数据的

Juan_NF·2020-05-05 10:00

R包SCENIC:input数据准备

GSE60361数据集这一矩阵是以UMI作为表达量单位#根据需要构建目录；设置工作目录；dir.create("SCENIC_MouseBrain");setwd("SCENIC_MouseBrain")#加载GEOquery

阿糖胞苷_SYSU·2020-03-30 17:33

如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教，为了解决这个问题，我花了一个晚上时间学习这方面的分析。注:这篇文章不会介绍R语言的安装和使用，也不会介绍GEO数据库的构造数据的获取数据获取有两种方式，R

徐洲更hoptop·2020-02-11 00:49

你更关心基因还是miRNA呢

实际上，很多时候，策略是没有标准的，比如最近处理大名鼎鼎的hgu133plus2芯片：library(GEOquery)#DownloadGPLfile,putitinthecurrentdirectory

生信技能树·2020-02-05 01:04

GEO分析

library(Biobase)library(GEOquery)library(limma)##loadseriesandplatformdatafromGEO##不需改动gset1)idx100)|

苏慕晨枫·2019-12-06 14:14

[ZHUHAI_Biotrainee]实战_GEO分析

下面对“GSE78179”进行GEO实战分析第一部分读入1、读入数据options(stringsAsFactors=F)#命令：不要把字符串自动转化成因子library(GEOquery)eSetthr

ShanSly·2019-07-16 17:11

从GEO数据下载到limma差异分析，再到topGO富集分析

一个失败案例，不要点进来GSE2034topGO1.DEG1.1下载GEO数据library(GEOquery)f100)||(qx[6]-qx[1]>50&&qx[2]>0)||(qx[2]>0&&qx

美式永不加糖·2019-07-05 21:39

【生信进阶练习1000days】day13-GEOquery

bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html文章目录学习章节学习目标需要预先准备的R包1.GEOquery1.1OverviewofGEO1.2GEOquery

Candlelight_yujia·2019-06-10 09:13

GEO数据挖掘-使用GEOquery包

健明大神说过若是想学会使用R包，就去看那个包的说明书，因此去学习了GEOquery包说明书。翻译不当之处请去看原文。

土豆学生信·2018-12-19 18:37

2018-08-18

使用GEOquery包肖恩戴维斯2014年9月21日1GEO概述1.1平台1.2样品1.3系列1.4数据集2使用GEOquery入门3GEOquery数据结构3.1GDS，GSM和GPL类3.2GSE课程

Greatji·2018-08-18 23:55

使用GEOquery下载GEO数据

但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。

joshua_hit·2017-02-26 11:12

圈图的geo query处理解决方案

一般的geoquery是在一个点找附近多少米，几公里的poi点，现在有个产品可以在地图上圈一块地方找其中的poi点,“一块”其实是用户鼠标或触屏经过的点组成的多边形(可凹可凸）。

jollyjumper·2014-04-13 09:00

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