RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和GEO数据下载

一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径，是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘，所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘，于是按照下面操作更改package存放目录。

1.打开RStudio，在控制台输入.libPaths()，会显示如下结果，这是默认的package存放目录。

.libPaths()
#[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0"
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"

2.输入

file.edit('~/.Renviron')

就会打开.Renviron配置文件，在这个文件输入这句代码

R_LIBS_USER="D:/rpackage"

其中rpackage这个文件夹是自己在D盘创建的。保存该文件，然后关闭RStudio，重新启动。再次在控制台输入.libPaths()，得到如下结果：

.libPaths()
#[1] "D:/rpackage"                        
#[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/library"

我们可以看到package的存放目录更改为自己创建的文件目录了。

二、GEOquery包的下载

1.在install package里面直接输入GEOquery不能下载成功，会出现这样问题。

2.去查找百度，一个类似问题，别人是安装impute包失败，报错：package ‘impute’ is not available (for R version 3.6.1)。链接：https://blog.csdn.net/helloworld987456/article/details/105473770/

借鉴人家的，然后找到了GEOquery的新安装方式，发现这段代码主要针对3.6以上的R版本我运行成功。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")

参考链接：https://www.jianshu.com/p/09fe8733971b