GEOquery

找不到某些GEO数据的表达矩阵肿么办

library(GEOquery)gse="GSE78200"eSet<-getGEO(gse,destdir='.',getGPL=F)exp<-exprs(eSet[[1]])#Errorinexp
小洁忘了怎么分身·2024-02-07 15:27

R语言学习-GEO数据挖掘

的其他数据，发现对于多组数据很难简单的复现，待后续探索完善再补更；先复习LINUX；（1）下载数据及读取rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery
米粥的味道·2024-01-11 02:47

7+非肿瘤+WGCNA+机器学习+诊断模型，构思巧妙且操作简单

结果解读：DEGs和血小板相关基因的鉴定作者通过R的“GEOquery”和“limma”包，在数据预处理后获得了
生信风暴·2024-01-03 15:01

GEOquery 下载 GEO 数据

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。NCBIGEONCBIGEO是以样本的形式组织起来的，这些样本被归入series。对于较大的实验，有SubSeries和SuperSeries两种一个SuperSeries就是一篇论文的所有实验，一个SuperSeries可以
名本无名·2024-01-02 01:39

2018-10-11

使用GEOquery包if(T){source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-12-23 14:37

R 报错：ERROR: failed to lock directory XXX 00LOCK

Error:install.packagesfailedtolockdirectory在使用bioconductor安装一些包的时候，比如我安装GEOquery时，会有ErrorinunpackPkgZip
11的雾·2023-11-28 21:28

GEO通用

数据下载：可以通过GEOquery这个R包进行下载，或者直接在网页上下载---下载的内容包括：==表达矩阵==和==注释文件==rm(list=ls())#一键清空环境中的对象options(stringsAsFactors
pedagogoose·2023-11-27 16:48

aglient芯片原始数据处理

1.下载和读取数据1.1获取临床信息数据从前，提到GEO数据下载，我们只有GEOquery，神功盖世，但是死于网速。后来就有了中
小洁忘了怎么分身·2023-11-26 20:37

GEO数据挖掘--下载数据的3种方式

stringsAsFactors=F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型数据下载下载方式1GEOquery
Seurat_·2023-10-20 07:05

GEO生信数据挖掘（五）提取临床信息构建分组，分组数据可视化（绘制层次聚类图，绘制PCA图）

我们已经学习了提取表达矩阵的临床信息#安装并加载GEOquery包library(GEOquery)#指定GEO数据集的IDgse_id与是一致的。需要的分组信息已经提取完毕。
人工智能学术前沿（真)·2023-09-28 09:36

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理
人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

数据挖掘学习笔记——GEO数据库：芯片数据分析

数据库：芯片数据分析文章目录数据挖掘一、芯片基础知识1.1、背景二、GEO数据库概述2.1、基础简介2.2、检索页面展示三、GSE项目的三种下载方式3.1、主页下载原始数据3.2、主页下载表达矩阵3.3、GEOquery
福旺旺·2023-07-15 17:26

190304 用GEOquery从GEO数据库下载数据

①下载得到对象gds858<-getGEO(‘GDS858’,destdir=“.”)##根据GDS号来下载数据，下载soft文件gpl96<-getGEO(‘GPL96’,destdir=“.”)##根据GPL号下载的是芯片设计的信息！gse1009<-getGEO(‘GSE1009’,destdir=“.”)##根据GSE号下载数据，下载_series_matrix.txt.gz下载的文件都会
森尼啊·2023-07-15 12:05

从GEO数据库下载数据并处理

rm(list=ls())Versioninfo:R3.2.3,Biobase2.30.0,GEOquery2.40.0,limma3.26.8RscriptsgeneratedSunAug1123:08
刘大帅1·2023-07-14 00:15

从GEO数据库下载数据

下面是jimmy的，Ref:http://www.bio-info-trainee.com/bioconductor_China/software/GEOquery.html只需要记住三个函数，以及每个函数返回的对象该如何处理即可
YTXu·2023-06-16 21:06

R GEOquery: Timeout of 60 seconds was reached 解决办法

`感谢各位简友一直的关注。请关注：感谢陪伴``RgetOption("timeout")options(timeout=1000)默认下载时限为60秒，修改为1000秒即可
生信摆渡·2023-05-08 09:38

GEO数据挖掘

BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#设置镜像BiocManager::install('stringi')BiocManager::install('GEOquery
看远方的星·2023-04-20 07:49

GEOquery包、affy包、DESeq2包的加载

GEOquery包的加载library(Biobase)library(BiocGenerics)library(parallel)library(GEOquery)affy包的加载library(BiocGenerics
研平方·2023-04-20 03:16

2019-12-15小白新手笔记 GEO下载数据及初步处理可视化，差异表达

今天介绍另外一种方式具体哪种好用，我还在检测中rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery)setwd("C:\\Users\\zhouwenqing789
海阔天空周·2023-04-19 14:57

2020-12-28 GEO下载代码

setwd("D:\\GSE140358衰弱")library(GEOquery)getGEO(GEO="GSE140358",)gset140358<-getGEO('GSE140358',GSEMatrix
海阔天空周·2023-04-15 08:26

2019-07-06学习总结

GEOquery包使用说明书https://www.jianshu.com/p/0d32fd410bcf作业6>rm(list=ls())##魔幻操作，一键清空~>options(stringsAsFactors
桃浪桃浪·2023-04-12 03:30

linux学习100篇8：ERROR: configuration failed for package 'curl'

ERROR:dependencies'httr','xml2'arenotavailableforpackage'GEOquery'*removing'/usr/local/lib/R/site-library
Seurat_Satija·2023-04-06 09:10

【install.packages(“openssl“)不成功,提示tools/version.c:1:10: fatal error: openssl/opensslv.h: 不存在】

问题描述:安装GEOquery这个R包过程中,显示依赖的openssl的R包安装不成功.环境中已经有安装openssl.错误信息如下:BiocManager::install("GEOquery")tryingURL'https
weixin_42001274·2023-04-05 07:54

2020-02-10

预处理rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOmirror)library(AnnoProbe)library(WGCNA)library(GEOquery
Clouddong·2023-03-25 06:45

Ubuntu20.04 安装 DeSeq2报错解决

BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("GEOquery
Angeladaddy·2023-03-14 17:29

通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6054764/#.原文中的图片如下image-20191121212758565想先用循环下载含有表达矩阵和临床信息的一个list，然后试着用循环library(GEOquery
小梦游仙境·2023-03-14 08:18

2019-12-13 小白新手笔记 GEO数据库下载及ID转换

GEO数据库下载library(Biobase)library(BiocGenerics)library(parallel)library(GEOquery)gest<-getGEO("GSE9579"
海阔天空周·2023-02-18 23:33

limma | 分层样本的差异分析这样搞！（二）

2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(limma)library(GEOquery)3示例数据这里我们还是利用上期介绍的GEO数据库上的dataset。
生信漫卷·2023-01-07 13:14

生信技能树——GEO芯片数据的合并

GSE83521和GSE89143数据合并1.下载数据rm(list=ls())library(GEOquery)library(stringr)gse="GSE83521"eSet1<-getGEO(
一指流年，一纸沙·2022-12-25 23:40

5. 生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550

library(GEOquery)eSet=getGEO("GSE162550",destdir=".",getGPL=F)eSet=eSet[[
一指流年，一纸沙·2022-12-25 23:10

geo差异表达分析_如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教，为了解决这个问题，我花了一个晚上时间学习这方面的分析。注:这篇文章不会介绍R语言的安装和使用，也不会介绍GEO数据库的构造数据的获取数据获取有两种方式，R
weixin_39727976·2022-12-24 08:06

limma | 配对样本的差异分析怎么搞！？（一）

2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(limma)library(GEOquery)3示例数据这里我从GEO数据库上download了一个dataset
生信卷·2022-12-07 04:28

GEO数据库学习一(简介 数据下载 芯片知识)

目录1.GEO数据库简介2.从GEO数据库下载数据2.1使用GEOquery包从GEO数据库下载数据2.2了解下载函数返回的对象2.3ExpressionSet对象简单讲解3.芯片基础知识3.1基础介绍
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:32

用python进行GEO数据挖掘（学习笔记一）：ID转换

需要说明的是，R包GEOquery下载数据对网速要求比较高，假如网速不是很好，推荐用代理服务器“西柚云（网址西柚云生信数据下载代理服务(xiyoucloud.net)）”下载。超快！
Python_YBYB·2022-11-25 00:16

GEO数据挖掘（二）

生信技能树学徒第二周一、GEO数据库芯片数据获取#数据下载rm(list=ls())library(GEOquery)#先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:12

GEO数据挖掘（一）数据下载及基因ID转换

rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)#安装GEOquery包：install.packages("GEOquery")library(GEOquery)#安装
生信开荒牛·2022-07-23 09:26

2021-06-26 芯片数据的均一化和探针注释

acc=GSE432921.pnglibrary(GEOquery)setwd("/Users/apple/Desktop/GSE43292/")##下载数据GSE43292eSet100)||(qx[
学习生信的小兔子·2021-06-26 06:57

GEOquery

下载ＧＳＥrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery)library(limma)library(dplyr)gset<-getGEO
ctomclancy·2021-06-15 04:39

【开源工具】使用linux终端下载GEO数据

Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数
王诗翔·2021-06-15 00:12

GEO下载与分析

转自果子学生信1.加载R包获取数据library(GEOquery)gset=getGEO('GSE32575',destdir=".",getGPL=F)gset=gset[[1]]2.通过pData
ctomclancy·2021-06-13 06:08

R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

作者：白介素2这一节的内容包括应用GEOquery包下载芯片数据，提取表达矩阵，提取metadata信息。
医科研·2021-04-19 11:18

GEO数据挖掘学习笔记一

第一步：找到相关的GEO数据集（文献/搜索），以胃癌gastriccancer为例可去文献中查找，用于练习第二步：运行R包GEOquery获取数据（非常看网速，尽量下载下一点的包）library(GEOquery
slim_zhang·2021-03-24 14:05

Day-1 xiaode

文件夹与文件管理命令image.png常见参数image.pnglinux操作流程准备工作：登入服务器文本查看、操作、统计命令文件查看常见参数bioPackages<-c("stringi",#处理字符串"GEOquery
1c9f38e0bb6b·2021-02-23 00:23

[R语言] GEO数据库挖掘流程（至差异分析）

参考文章：【果子学生信】GEO挖掘教程【生信技能树】表达芯片数据分析伴侣转载请注明：陈熹[email protected]（号：半为花间酒）一、导入包library(GEOquery)library
半为花间酒·2021-01-28 01:51

GEO数据表达差异分析

1-1从GEO数据库下载数据rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery)gse="GSE4107"eSetlogFC_t)change
永远的消逝·2020-12-11 14:21

GEO2R使用介绍

GEO2R使用Bioconductor项目中的GEOquery和limmaR包对原始提交者提供的处理过的数据表执行比较。
Forest_Lee·2020-08-26 23:09

花式分析GEO数据集

代码如下：#Versioninfo:R3.4.3,Biobase2.30.0,GEOquery2.40.0,limma3.26.8#RscriptsgeneratedFriMay400:38:36EDT2018source
Stone_Stan4d·2020-08-23 09:36

GEOquery下载芯片文件提取数据

提取数据通过geoquery下载的数据是储存在一个压缩包中的，需要提取自己想要的数据其中提取的数据包括GPL压缩文件和表达数据以及临床数据提取表达数据##查看芯片的表达结果head(gset[["GSE25055
xhog·2020-08-19 19:08

【r<-芯片处理】入门GEO表达芯片数据分析该读一读的一些文章

Bioconductor分析基因芯片数据如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析基因芯片（Affymetrix）分析2
王诗翔·2020-07-15 09:38

RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和GEO数据下载

一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径，是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘，所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘，于是按照下面操作更改package存放目录。1.打开RStudio，在控制台输入.libPaths()，会显示如下结果，这是默认的package存放目录。.libPaths()#[1]"C:/Users/chan/Documents/R/win-lib
铭&婵旭·2020-07-08 01:18
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