Gff3

从gff3中提取gene坐标等转为bed

gff3文件看下第三列：主要分成这八种awk'$3=="gene"'gencode.vM19.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gff3|awk'BEGIN{FS="\t|
苏牧传媒·2018-12-25 16:03

我的第二次RNAseq分析

理解也更深了一些##########################1基因组索引的建立##########################需要从ensemble的FTP下载一个.fa文件和一个.gtf文件（或者.gff3
Hao222222222222·2017-03-11 21:25

GFF3 TO GTF

输入文件gff3的格式如下：chr1AIWGSCv1.0_gmapgene1174012074.+.ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name
msw521sg·2017-02-28 14:35

gff3格式转换

使用gmap软件输出的gff3文件并不能直接用来作为gffcompare的输入文件故此，需要进行转换，转换也简单就是讲target字段删除即可。#!
msw521sg·2016-11-19 23:31

【生信训练营-3】IRanges入门

生信分析中时时处处离不开ranges，比如：gene的注释文件（GTF，GFF3，BED），就是ranges的集合，一个range可以表示gene或exon在chromosome上的位置reads的alignment
Rapp·2016-09-01 08:47

GFF3格式文件

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1.referencesequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。
Sam_Yang·2016-01-22 10:00

GFF3格式文件

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1.referencesequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。
Sam_Yang·2016-01-22 10:00

GBrowse配置相关资料

GBrowse配置相关资料(形状、颜色、配置、gff3) http://gmod.org/wiki/Glyphs_and_Glyph_Optionshttp://gmod.org/wiki/GBrowse_Configuration
·2015-07-05 08:00

文件格式之gff3

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1.referencesequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。
xflee0608·2015-03-16 10:20

GFF格式说明

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1.referencesequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。
gaorongchao1990626·2013-02-23 21:43

GFF格式说明

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1.referencesequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。
gaorongchao1990626·2013-02-23 21:00
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