Gff3

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，再利用TOFU软件去冗余可以得到一个基于三代的基因组注释，在IGV上查看比较可以发现，三代的注释无论是结构还是完整度上都比二代的注释更准确，而且考虑到了可变剪切。那么完全可以将三代的基因组注释跟二代

郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

EVM 对预测结果进行整合

EVidenceModeler/EVidenceModeler/archive/v1.1.1.tar.gztarxfv1.1.1.tar.gz#添加环境变量使用流程所需数据gene_prediction.gff3标准的gff3

斩毛毛·2024-02-03 03:52

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的fasta文件，genbank文件；gff3

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化

需要的原始文件是基因组注释gff3文件，我们想要的信息只有SBT家族基因长度，基因id，exon的长度，在基因上的起始和终止

逐鸿·2024-01-09 15:59

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。对于绝大多数要使用这些公共资源的研究人员而言，有了这两个文件就足够了。但想象总是美好，现实却常常骨感。

生信石头·2023-11-21 10:57

生信搬运工-03-测序文件格式介绍

NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、测序常见文件格式bam/sam/cramCRAM:fastq/fastagtf/gff3

奈良家の小鹿·2023-11-03 04:20

基因家族分析1

中下载已知的蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型（HMM）model.pnghmm下载.png2）基因组数据下载1.下载基因组文件fahttp://www.maizesequence.org/index.html2.下载基因组注释文件（gtf,gff3

雪碧好喝吗·2023-10-27 10:02

python-gffutils 修改gff3文件基因名称

gff3格式基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。

biolearn·2023-10-15 06:49

IGV导入注释文件-转载

www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mappedreleases>>GENCODErelease26>>Comprehensivegenomeannotation/GTF,GFF3

酷睿_1991·2023-09-12 22:57

gff格式转gggenes的输入格式

使用prodigal得到的基因位置信息文件gff3或gff信息太多，但要用gggenes作图只需要序列名，起始坐标，结束坐标和方向（+1或-1）直接在linux中使用awk操作，生成这四列内容awk'!

江有枫xx·2023-08-25 07:27

基因在染色体上位置可视化

本文旨在复现CJ大神推文内容，具体请参考“省心炸鸡”，手动狗头（https://www.jianshu.com/p/b9034ce82ec2）首先需要获取的是染色体位置，我的办法是在GFF3文件里取得。

邵扬_Barnett·2023-08-11 14:49

植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)

今天，我们的主题就来探究常见的注释文件gff3和gtf。gff3文件介绍GFF3（GeneralFeatureFormatVersion3）是GMOD项目研发的一套存储序列结构信息的通用格

blue_unique·2023-08-02 04:01

根据GFF3文件从基因组文件中获取全部基因的上游1000的启动子序列

defreverse_complement(seq):ntComplement={'A':'T','T':'A','G':'C','C':'G','N':'N'}RevSeqList=list(reversed(seq))RevComSeqList=[ntComplement[k]forkinRevSeqList]RevComSeq=''.join(RevComSeqList)returnRevC

龙star180·2023-07-20 08:36

GFF3文件

GFF3格式发表于2013年5月22日GFF3的官方介绍：GenericFeatureFormatVersion3（GFF3）1.GFF3文件格式描述GFF3格式文件为文本文件，分为9列，以TAB分开。

YX_Andrew·2023-06-11 03:07

2023-04-10批量获取所有基因的启动子序列

输入基因组文件（fasta）及其对应的注释文件（gff/gff3/gtf），得到这个注释文件中所有基因的启动子序列：参数介绍：fa输入的基因组文件，fasta格式-g基因组文件对应的注释文件（gff/gff3

麦冬花儿·2023-05-11 15:50

『R画图脚本进阶』单个基因结构绘制

国际惯例，上图Gh_A08G039000.jpg方法和原理其实就是把gff文件可视化一下，看GFF文件的介绍：陈连福大佬的博客-GFF3格式介

ShawnMagic·2023-04-17 12:31

基因家族分析十（基因家族加倍分析）

一：数据准备自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。1.根据gff文件获得基因位置信息。可以自己用awk抓，也可以写个perl,perl可以在我百度云里面找到。

多啦A梦的时光机_648d·2023-04-11 13:57

基因组及gff3注释下载总结

对于生信分析，经常需要从各种网址下载基因组，小编在此分享一些下载经验，（1）参考文献：对于一个科学研究者，可以直接找到研究物种已发表的基因组文献，一般情况下，文章会提供基因组及注释文件的下载链接，该下载链接是最直接最可靠的；（2）NGDC：国家基因组科学生物中心search，该网站是国内最大的基因组数据库，可通过拉丁文或NGDC版本号查询，该网站除了自己的数据库，还可以搜索并跳转到NCBI和EBI

geneonto·2023-03-26 06:20

2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式

这个其实在服务器联网的状态下，操作起来十分简单首先给服务器安装conda然后用conda安装gffreadcondainstall-cbiocondagffread安装好之后，一条命令搞定gffreadHC.gff3-T-oHC.gtf反过来也可以gffreadHC.gtf-oHC.gff3如果没有linux系统，那么可以采用biopython详见：https://cloud.tencent.co

小郑的学习笔记·2023-03-15 01:44

基因家族分析（1）：数据下载与处理

本文主要工作内容：(1)下载了用于分析的隐马尔可夫模型，基因组序列，蛋白质序列，cds序列与gff3文件(2)对所下载文件进行必要处理，以满足后续分析需要有关基因家族的概念我之前已经在这里书写过基因家族分析

逐鸿·2023-03-14 15:49

基因家族分析（3）：序列比对与进化树构建

只有gff3

逐鸿·2023-03-09 20:47

基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明

一、GFFGFF(GeneralFeatureFormat)是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版（gff3）。

生信师姐·2023-02-17 05:13

gff3文件去重

```{python}#https://www.stechies.com/read-file-line-by-line-python/##https://blog.csdn.net/weixin_41578567/article/details/103262925##https://www.statology.org/pandas-remove-duplicates-keep-max/import

xiaosine·2023-02-05 04:56

统计外显子个数与内含子长度（Python）

输入为gff3文件importreclassgene():def__init__(self):self.id=Noneself.exonnum=0self.exon=[]self.start=0self.end

曹草BioInfo·2022-11-07 11:06

基因家族分析（5）绘制基因结构图

将基因家族成员gff3文件单独提取出来，运用它能够绘制清晰的基因结构图，展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。

Bioinfor生信云·2022-08-07 22:38

物种内共线性分析——思路以及踩坑总结（二）

物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools)数据要求：做物种内共线性分析的话主要需要的是全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。

生信技术·2022-05-28 01:23

2022-04-27使用 GSDS 绘制基因结构图

图片.pngsequence(FASTA)格式GSDS2.0目前提供四种格式：BED、GenBankAccessionNumberorGI、GTF/GFF3和sequence(FASTA)。

麦冬花儿·2022-04-27 11:52

SnpEff 配置基因组注释文件

1.注释文件为gff3格式参考基因组：OryzaSativaR498基因组序列文件：R498_Final_Version2.fastagff3注释文

生物数据分析笔记·2022-02-20 19:17

Tips | 提供JBrowse浏览器 = 公开了基因组！

写在前面早晨，一个老朋友（也是TBtools的老用户）与我联系，大体是问了我一个事情gbff转gff3是否可以用TBtools？答案当然是可以，但我不建议。

生信药丸·2022-02-20 14:40

TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具

无论是Windows，MacOS,Linux桌面的用户，你都可以也会使用。写在前面伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全面的参考序列信息。目前，单纯植物类已公布的基因组，应在400~500个物种之间。这带来了更多的数据，也带来了更多的信息分析挑战。物种基因组公布，往往(至少)会公布两个文件：物种基因组序列文件，如genome.fa物种序列特征注释文件

生信药丸·2022-02-14 21:56

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release

pomela·2022-02-13 13:16

rmats2sashimiplot可变剪切可视化

官网：https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot安装：略使用：py2.7使用1.先给bam建index2.直接：gff3=/media/pc/disk1/sun

苏牧传媒·2021-05-14 10:14

四. 基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)

一.简介在基因组数据分析过程中，我们可以将fastq，fasta，ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上，然后通过IGV进行可视化，结合GFF3文件手工对感兴趣的区段进行校正，mapping

小飞虎·2021-04-30 09:46

2020-12-16 解决一个基因矫正的问题

问题描述：有些物种，基因组拼接的可能不是很好，或者说，在基因注释的时候，没有注释的很清楚，这个时候会怀疑直接从基因组fasta文件和gff3文件中提取的基因是有问题的，那么如果有转录组数据的话，可以辅助矫正看基因的结构

小郑的学习笔记·2020-12-16 09:10

yanailab- CEL-Seq2 pipeline

Step-1:SpecifyGlobalConfigurationofWorkflow第一步就是构建一个configfile，内容包括参考基因组的索引路径，GFF3路径，barco

uqyuan0515·2020-09-13 03:02

保姆级教程：手把手教你画出内容丰富的基因结构图（进化树+CDD+UTR/CDS）

第一步，UTR/CDS（基本基因结构）1）首先从拟南芥官网获取GFF3文件（GF

种菜的小王·2020-09-07 15:28

Genbank的gbff格式转gff3格式

使用方法：【以下操作适用于linux和MacOS，windows暂未测试】适用场景：将GCA_genomic.gbff转为xxx.gff格式文件；如果是.gz的文件，比如：GCA_genomic.gbff.gz，需要先解压，linux解压命令：tar-zxvfGCA_genomic.gbff.gz；解压之后生成的文件名就没有.gz了。具体操作：确定脚本bp_genbank2gff3.pl所在的目录

ixuery·2020-08-18 05:07

perl脚本语言练习

3、计算GFF3文件中所记录的各种类型repeat的总长，以及占FASTA文件序列总长的百分数。#!

zhangxinbiao2011·2020-07-15 12:36

计算单个基因上exon的有效长度

gff3文件格式参考library(rtracklayer)annoPerTranscript_exon_lengthwrite.table(PerTranscript_exon_length,"PerTransc

Js潜·2020-07-02 17:58

annovar 注释除人类以外的SNP

1.准备文件：ref.faref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtfsample.vcf2.用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为

weixin_30300225·2020-06-27 15:21

常用生物信息学格式介绍

了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是

vickyleexy·2020-06-27 03:42

awk小技巧

按列拆分awk'{print>$3}'all.gff3gff3文件将gff3按第三列拆分行-列转化需要将如下格式转换成“一个基因号对应一个GO号”转化命令：awk'{gsub(/,/,"\n"$1

sober01·2020-04-02 09:52

NCBI gff/gff3 转换为 gtf 格式

适用于NCBI数据库中gff格式文件转换为gtf格式，使用perl代码实现：#!/usr/bin/perl-wusestrict;useGetopt::Long;useData::Dumper;my($help,$infile,$outdir,$gff2gtf,$gene2tr);GetOptions("infile=s"=>\$infile,"outdir:s"=>\$outdir,"gene2

正踪大米饭儿·2020-03-05 08:15

Python 入门之文件操作（一）

文件读写在日常的生物信息学分析中，我们一般都是直接面对一些文件进行操作的，比如测序数据fastq文件，在比如比对结果bam或者sam文件，还有gtf或者gff3格

正踪大米饭儿·2020-02-21 08:47

利用jcvi绘制点图时遇到latex报错

condainstall-cbioconda-yjcvi2.准备文件（CDS，pep，gff3）准备文件3.我们分析只需要用到每个基因最长的转录本就行，用jcvi就可以可以做到这件事情，先将gff转成bed

多啦A梦的时光机_648d·2020-01-03 16:27

GTF与GFF文件格式的区别与转换

generalfeatureformat):可以用于任何基因组注释的存储GTF(genetransferformat):严格的用于基因注释信息的存储GFFGFF文件是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版）（GFF3

鹿无为·2019-12-31 13:23

基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定

储存基因的intron，exon，CDS,gene等坐标信息的.gff3或.gtf文件。所感兴趣的基因家族隐马可夫模型，

lakeseafly·2019-12-16 10:44

GTF与GFF的小趣事

genome、两个GTF组合起来分析，但其中一个又是不常见的物种，只能自己去下载gff，然后转换，当然转换过程也有一些小坑GFF与GTF的概念GFF：GeneralFeatureFormat，目前常用3版本，即GFF3

刘小泽·2019-12-12 03:08

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。

天涯清水·2019-12-08 06:15

NCBI

www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/（GRCh38，GRCh37）ReferenceGenomeSequence(Fasta)RefSeqReferenceGenomeAnnotation(gff3

浩瀚之宇·2019-01-03 22:32

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