bioinfo

http://www.cnpop.org/portal.php,生物信息的84个新晋网红应用

Descriptionsofnewonlinedatabasesinthe2018NARDatabaseissueDatabaseURLBriefdescriptiona3DIVhttp://kobic.kr/3div3D-genomeInteractionVieweranddatabaseAAgMarkerhttp://bioinfo.wilmer.jhu.edu
weixin_39699163·2024-09-03 09:30

【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件！

详解：1.首先安装ascp这个神器就不多介绍了，没有安装的同学先把ascp安装到自己的服务器上吧，推荐安装教程www.bioinfo-scrounger.com
卡布达b1·2024-08-26 11:19

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

duplicate问题zhn去除duplicate可以这样理解：去除“假重复”（人为造成的重复序列方面的bias)保留“真重复”（天然存在的重复序列）。第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。duplicate的产生主要是因为Illumina建库的过程中，一般会需要使用P
RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换

寻找过程中发现gffread有官网直接下载http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtmlhttp://www.bioinfo-scrounger
老_Z·2024-02-02 07:59

卡梅 计算机生物专业怎么样,美国卡梅生物信息学专业录取案例

computationalbiology计算机生物学Universityofmichigan,annarbor密歇根大学安娜堡分校bioinformatics生物信息学Georgiainstituteoftechnology佐治亚理工学院bioinfo
weixin_39683863·2024-02-02 04:14

bioinfo100-第22题-都有了SAM文件，为什么还需要BAM文件？

Hello大家好！前面的若干问题，我们一直在围绕着SAM文件的记录格式做了详细地讨论，我相信大家通过我们的问题，跟随我们学习的思路已经掌握了SAM文件作为标准的比对格式的合理性以及相关特点。1.背景介绍和数据下载SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息，还记录了reads的原始信息，内容很是全面。这样很好，但也存在很多问题：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定
RachaelRiggs·2024-01-29 12:55

Freebayes用法简单介绍

本文转载自：http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/254Freebayes身为众多call变异软件中的一员，一直被使用到现在，肯定有其独到之处。
京古·2023-12-18 10:37

bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起

参考：孟浩巍的知乎zhn第13题从双序列比对开始学起Hello大家好！经过我们之前的12个问题，我们对Illumina测序的原理，测序的储存模式，测序数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。比对其实应该对应的单词是alignment，但往往特指低通量的序列之间的比较。比如10条序列，进行多序列比对就是我们常说的multiplealignm
RachaelRiggs·2023-11-28 04:12

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

参考：孟浩巍的知乎zhn第10题读懂FastQC报告之adapter与kmerHello大家好！我们又见面了！今天是我们的FastQC中最后1次提问啦！今天，我们要聊得是adapter与kmer的问题。我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问
RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

有没有人带？这些都是学习生信的一大助力！

生信补给站Bioinfo_R_Python▲
生信宝典·2023-11-05 16:14

清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材

授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘：-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?
可以公开的秘密Scarlett·2023-10-27 00:07

【R】数据相关性的可视化

一千零一技|相关性分析及其可视化：copy&paste，搞定.libPaths(c("/bioinfo/home/software/miniconda3/envs/R4.0/lib/R/library"
风风是超人·2023-10-21 02:55

linux创建账户

lb-m-gbioinfolb-u1006指定id适用于已经创建过用户,再是系统重装等原因造成的需要重新创建账号,保持与原始的记录一致-d指定目录结构-g指定归属组最后设置账号名字设置密码passwdlb更改目录归属权限chownlb:bioinfo-Rtest-R
点滴生信·2023-10-19 22:13

bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同？

参考：孟浩巍的知乎zhn第23题转录组的比对与基因组的比对有何不同？Hello大家好！我们今天又见面了！我们通过前期的22个问题，从数据的简单质控，到测序数据的mapping，再到mapping后的SAM文件都有了一个比较清楚的认识。那么说了半天的mapping问题，一直都是在以DNA进行举例，RNA的比对我们都还没有谈。那么今天我们就来简单谈谈RNA序列的mapping，尤其是真核生物的RNA序
RachaelRiggs·2023-10-16 23:49

又发现了一本对纯生信友好的期刊

该期刊主要对以下研究领域感兴趣，其中生物信息学排在第一位：Bioinfo
SCI狂人团队·2023-09-26 02:19

【bioinfo】samtools stats 输出结果解读

参考：samtoolsstats#samorbaminput$samtoolsstattest.sam>test_sam_stat.txt下图为示例统计的SN关键字部分：统计结果中包含的信息有：关键字官方解释说明CHKChecksum校验和SNSummarynumbers摘要编号FFQFirstfragmentqualitiesRead1片段质量LFQLastfragmentqualitiesRe
青灯照颦微·2023-09-16 11:43

懒人版肿瘤细胞系鉴定神器：CCLA

今天介绍一款简单易用的，基于基因表达数据的癌症细胞系鉴定工具CCLA(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/CCLA/)发表于杂志：BriefingsinBioinformaticsIF
概普生信·2023-09-08 11:26

生信分析Python实战练习 4 | 视频22

开源生信Python教程生信专用简明Python文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python
生信宝典·2023-09-02 19:30

2020-02-21 单因素/多因素分析-R语言

R语言学习笔记参考内容：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/647/#注意该文章中，部分代码前面多了>符号https://www.jianshu.com
清水煮竹笋·2023-09-01 05:40

【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试

常用的序列比对软件bwa：command对应的多种命令，这里使用的是mem，即使用BWA-MEM算法进行序列比对。bwamem命令比对：下方官网上介绍的mem命令：bwamem比对分值参数：参数默认比对情况分值说明-A[1]Match11bp比对得1分-B[4]Mismatch-41bp错配扣4分-O[6,6]gap(ins,del)-6,-61bp的ins扣6分，del扣6分-E[1]gapex
青灯照颦微·2023-08-31 04:09

生信分析Python实战练习 3 | 视频21

开源生信Python教程生信专用简明Python文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python
生信宝典·2023-08-31 02:58

R语言基础--向量

函数名，查看帮助文档设置工作目录setwd('E:\bioinfo_study\one')#设置工作目录Error:'\o'isanunrecognizedescapeincharacterstringstarting
山竹山竹px·2023-08-12 14:29

生信分析matplotlib 绘图 Python简明教程 | 视频17

开源生信Python教程生信专用简明Python文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python
生信宝典·2023-08-08 14:21

为生信写的Python简明教程 | 视频6

开源生信Python教程生信专用简明Python文字和视频教程源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python目录背景介绍编程开篇为什么学习Python
生信宝典·2023-06-24 07:51

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

参考：孟浩巍知乎zhn博客入门课程1.入门课程image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式，可以储存核酸序列（DNA/RNA）也可以储存蛋白质的氨基酸序列（AminoAcidsequence，简称AA序列），主要分成2个部分。举个例子1.>sp|P6990
RachaelRiggs·2023-04-21 00:53

GSEA输入文件准备——转载自生信笔记

转载网址：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/557/说到富集，富集是将基因根据一些先验的知识（也就是常见的注释）进行分类的过程。
whykm·2023-04-19 09:41

宏基因组之物种注释（基于nr库）

方法可能会准确点，但是它的速度简直让我怀疑人生，俩种软件的方法我都说下吧，因为我比对的主要是细菌，我首先想到是干脆按照网上的方法构建一个细菌的子库可能速度会更快点~说干就干参考连接:https://www.bioinfo-scro
凯凯何_Boy·2023-04-11 21:02

2019-04-21解决xshell的backspace键无法删除却显示出了“^H”问题

作者：bioinfo2011链接：https://www
司令_b2bc·2023-04-08 01:45

微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜

Paper准备代码Tutorial：Github：https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suiteGittee：https://gitee.com/qdu
凯凯何_Boy·2023-03-22 12:34

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

好，下面让我给大家娓娓道来......正文：step1：我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\
沉迷工作的我·2023-02-17 11:05

MutHTP数据库: Mutations in Human Transmembrane Proteins

惯例先给出文章、网址文章：MutHTP:MutationsinHumanTransmembraneProteins网址：https://www.iitm.ac.in/bioinfo/MutHTP/index.php
生信family·2023-02-03 06:08

【bioinfo】生物信息学——代码遇见生物学的地方

注：从进入生信领域到现在，已经过去快8年了。生物信息学包含了我最喜欢的三门学科：生物学、计算机科学和数学。但是如果突然问起，什么是生物信息学，我还是无法给出一个让自己满意的答案。于是便有了这篇博客。起源据说在1970年，荷兰科学家PaulienHogeweg和BenHesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词，英语中的"bioinformatics"在1978年首次被使用。
weixin_33877092·2023-01-21 10:06

使用maftools分析TMB和MATH

本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com之前大致了解了些免疫疗法的相关内容，最近一篇文章深度长文：一文尽览PD-1/PD-L1/CTLA-4肿瘤免疫治疗分子标志物大全概括性的讲述了一些现在免疫疗法中生物标志物的相关内容
disuibing1805·2023-01-14 08:44

简单使用limma做差异分析

本文转自http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/115，感谢作者的详细分享！
xupeng_bio·2023-01-07 13:52

【Bioinfo Blog 012】【R Code 010】——生存分析(Kaplan-Meier & Cox)

目录一、生存分析(SurvivalAnalysis)基本概念1.1随访研究1.2起始事件与终点事件1.3生存时间1.4生存函数(SurvivalFunction)1.5常用指标1.2主要内容及研究方法二、Kaplan-Meier生存曲线2.1生存率估计的概率乘法原理2.2R语言实现2.2.1环境搭建2.2.2生存函数构建2.2.3可视化三、Cox比例风险模型3.1Cox比例风险模型的概念3.2R语
维他柠檬茶天下第一·2022-12-31 08:57

论文笔记 Bioinformatics 2020|DeepEventMine:end-to-end neural nested event extraction from biomedical tex

end-to-endneuralnestedeventextractionfrombiomedicaltexts论文来源：Bioinformatics2020论文链接：https://academic.oup.com/bioinfo
hlee-top·2022-11-25 09:29

最新TCGA数据下载与整理

http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/317本人尝试了用最原始的方法下载，速度稳定，下载也快，但需要整理的地方很多，首先是文件与样本id的匹配，再一个就是数据提取与标准化
XP启航·2022-09-13 17:27

RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读

首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344
生信开荒牛·2022-07-23 09:27

2022-07-09学习构建orgdb库

以下内容全部来自于此文章https://www.jianshu.com/p/f2e4dbaae719作者：Bioinfo鱼生信|构建物种的OrgDb写在前面本文主要参考生信小白2018与多啦A梦的时光机的
房大喜·2022-07-14 00:06

R语言中dim函数_R语言函数使用总结

R语言函数使用总结www.bioinfo.online固定参数函数f1%的理解library(purrr)x%unique()%>%sort()#>12859x12859泛型和多态函数接受不同的对象有不同的结果
weixin_39541044·2022-02-28 07:23

R语言 Shiny 交互式界面产生

建立本地与网页联系的包rsconnectSTEP1–INSTALLRSCONNECTinstall.packages('rsconnect')rsconnect::setAccountInfo(name='bioinfo2011
bioinfo2011·2021-06-25 22:46

初步认识TCGA

转自生信笔记http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/271肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute
又是一只小菜鸟·2021-05-20 08:44

SRA数据下载

http://zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/应用场景：如果自己没有测序数据
RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

微生物组数据挖掘新方法tmap

tmap应用实例总结发表文章:GenomeBiology,2019;https://doi.org/10.1186/s13059-019-1871-4软件代码:https://github.com/GPZ-Bioinfo
GPZ_Lab·2021-04-18 00:30

转载：GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出gene symbol

GPL平台注释，如何从gene_assinment中挖出genesymbol原文出处https://www.bioinfo.info/?
ZZM2020·2021-02-08 17:49

【Bioinfo Blog 014】【Shell】——乱七八糟各种各样的命令记录

目录1.压缩/解压1.1.tar1.2.zip1.3.gz2.进程管理2.1批量kill2.2查看后台进程3.文本操作3.1批量删掉文件名前几个字符1.压缩/解压1.1.tar-z:使用gzip来压缩和解压文件-v:--verbose详细的列出处理的文件-f:--file=ARCHIVE使用档案文件或设备，这个选项通常是必选的-c:--create创建一个新的归档（压缩包）-x:从压缩包中解出文件
维他柠檬茶天下第一·2021-01-03 13:21

R note for Bioinfo ：选择调用的列是未定义的

RnoteforBioinfo：选择调用的列是未定义的出现的问题：根据GPL号下载返回的对象,用Table命令处理时，输入：Table(gpl号)[1:选取的行数,c(“ID”,”其他列属性”,。。。)]出现报错：Errorin[.data.frame…undefinedcolumnsselected解决问题的方案：Table(gpl号)[1:选取的行数,c(“ID”,”其他列属性”,。。。)]注
Cs_mary·2020-09-17 10:56

XML文件要有根标签（Extra content at the end of the document in file 错误）

转自：http://bioinfo.ustc.edu.cn/seagven/?
yasi_xi·2020-08-10 12:32

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

好，下面让我给大家娓娓道来…正文：step1：我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch
科研君·2020-07-28 22:18

安装rstudio-server

参考资料：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/435/1、登录rstudio官网：https://rstudio.com/products/rstudio
一只烟酒僧·2020-07-28 12:11
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