Gromacs

搭建高性能计算环境（八）、应用软件的安装之gromacs

1，下载安装新版本的gcc（高版本的gcc只是推荐使用的，系统自带的gcc4.4照样能正常编译、运行） wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2 tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2 cd gcc-4.8.2 ./contrib/download_
·2015-11-13 05:48

GROMACS3.2.1在Dual Core的Nocona 2.8G上的测试结果

x86_64的版本普遍有一个编译gromacs时链接libX11.so(-lX11)不兼容的问题，目前还不知道如何解决！ 编译器就用了一个Intel Fortran Compiler
·2015-11-10 23:13

Gromacs源码收获（四）

 mdrunner函数在runner.c和runner_openmm.c中均有，是MD模拟的主要程序之一。但是对另一个do_md函数的调用一直是个谜，今天终于看出了点头绪。这里以runner.c中的mdrunner作为例子：先看一个Interator的定义，在这里我们发现了do_md的影子。Interator有积分器，综合者的意思/*ThearrayshouldmatchtheeIarrayini
hanxing0·2014-04-05 16:00

Gromacs源码收获（三）

     哎，真是苦逼的，对分子动力学的不熟悉导致对Gromacs源码的解读不太顺利。
hanxing0·2014-03-31 15:00

Gromacs源码收获（二）

Gromacs作为老牌的分子动力学模拟软件，其优化已经做的相当出色了。
hanxing0·2014-03-24 15:00

Gromacs源码收获（一）

     最近在看Gromacs的源码，万恶的毕设。对于分子动力学的小白来说，做这个真心是一个巨大的挑战啊。但是通过看代码还是能学到些东西的，聊以慰藉。
hanxing0·2014-03-21 21:00

gromacs安装流程

(1)解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码    tar-zxvffftw-3.1.2.tar.gz    tar–zxvfgromacs-3.3.1.tar.gz    tar-zxvflam
rogerzhanglijie·2014-01-07 18:00

compile gromacs GPU version from source code

1.downloadsourcecode:gitclonegit://git.gromacs.org/gromacs.git2.installopenMM andCUDAlibraryinto/soft
rogerzhanglijie·2013-01-06 10:00

git通过代理使用ssh协议(备忘)

之前通过文档很容易实现了git协议,详见: http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial#Git_behind_a_proxy 鉴于
iyuan·2012-09-06 18:00

分子模拟基础篇

动力学系列之一（gromacs，重发）在老何的鼓励下，发一下我的gromacs上手手册（我带人时用的，基本半天可以学会gromcas）########################
rogerzhanglijie·2012-09-05 13:00
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