Gromacs

Gromacs学习记录-漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究

学习教程GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin(coding-pages.com)http://t066v5.coding-pages.com
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:26

Gromacs 伞形采样

GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin参考教程如下，准备计算蛋白质结合的自由能。
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:26

分子动力学模拟计算新冠病毒S蛋白和抗体结合自由能

云计算平台：北鲲云使用的软件是云计算平台的Gromacs，下面两个是用到
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:26

分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF

文章来源：公众号“科研讨论圈”以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。分子动力学入门理/论分子力学简介分子力学的基本假设分子力学的主要形式分子力场分子力场的简介分子力场的原理分子力场的分类及应用LINUX入门LINUX简介用户属组及权限目录文件属性LINUX基础命令LINUX环境变量Shell常用命令练习AMBER简介及安装AMBER简介和安装GCC简介
Hbaixue·2023-01-14 21:56

gmx_MMPBSA.py的安装及使用--只翻译部分内容，具体可参考官方文档(https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/)

程序gmx_MMPBSA：主程序，执行计算功能gmx_MMPBSA_ana：图形界面分析数据并保存高质量图片gmx_MMPBSA_test：测试环境GROMACS：version4.x.xor5.x.xor20xx.xAmberTools
我不是yang·2023-01-14 21:55

CADD药物设计以及Gromacs分子动力

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；在计算机技术推动下，现在每项有一定规模的新药研究工作中，计算机辅助药物设计的研究都是一个基本的工作，世界上每一个大的制药公司都在使用计算机技术，致力发展该技术，应用前景十分广阔。分
姆姆子·2023-01-05 16:32

Gromacs伞形采样

伞形采样是一种加速采样方法。对于生物大分子而言，一些大的构象变化在现有的模拟尺度范围内很难达到或者根本无法达到。这种情况下人们往往采用给体系添加外部偏置力的手段加速这一过程的发生。具体的就是在大分子某一部位施加一个简谐力（可以想象成弹簧），以恒定速度牵引其移动。这一过程属于拉伸动力学（SMD）范畴。在拉伸过程中，上述被牵引的区域发生位移，然后挑选这期间的一些构象，以这些构象为初始帧进行独立的模拟（
grosetta·2022-12-11 15:58

支持qm/mm的gromacs编译（gromacs+cp2k）

Gromacs支持两种qm/mm编译方式：①联合MIMIC（步骤简单）；②联合CP2K（十分复杂）。
grosetta·2022-12-11 15:28

Gromacs副本交换分子动力学模拟(REMD)

REMD(副本交换分子动力学)是一种增强采样方法，其在不同温度下对具有相似势能的体系进行采样。通过这种方法，可以增加体系跳出势能面势阱的可能性，从而达到探索新的构象空间的目的。一般来说某一温度下蛋白模拟构象分布满足正态分布规律。如上图所示，展示了同一体系在不同温度下的分布情况，横坐标表示模拟过程中出现的构象，纵坐标表示某一构象存在的丰度。对于体系1（绿色）而言，能达到虚线区域内构象的概率比较小，需
grosetta·2022-12-11 15:57

Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能

在分子动力学模拟领域，具有众多成熟的模拟软件例如NAMD、LAMMPS、Amber以及Gromacs等。
CAE320·2022-12-03 01:19

自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例

前言本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题1：原理及常见方法分析原理可以常考自由能专题2：计算与分析指南。该教程全部都经过本人的亲自的模拟和分析，确保无误，从实际操作出发，一步一步手动实现自由能的计算与分析，有助
mt811·2022-12-03 00:09

GORMACS如何使用？一个方法快速完成动力学模拟计算

GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。
北鲲云_beikun·2022-11-24 19:08

如何在Gromacs中添加自定义溶剂

如何在Gromacs中添加自定义溶剂在Gromacs中添加自定义溶剂准备自定义溶质的拓扑文件在Gromacs中添加自定义立场使用Gromacs生成水层的top文件将水溶于CH4修改top文件中molecules
小响尾蛇·2022-11-19 14:56

Gromacs用alpha-A链和beta-B链制作电荷平衡的测试蛋白

如果直接将蛋白质不经过任何处理就作为输入使用insert插入，在进行到最后nvt平衡的grompp这一步就会报错初始能量过高，所以这里尝试使用离子平衡和能量最小化的方法先处理蛋白，然后再插入整体结构。这里用chain-A和chain-B测试，具体结构是先将chain-A和chain-B溶于水，然后做离子平衡，将部分水替换成NA+后，每个单层蛋白质盖成电中性，然后按照这里的步骤按步骤进行。制作alp
小响尾蛇·2022-11-19 14:56

用Gromacs重复文献计算TIP4P介电常数谱

重复文献Classicalmoleculardynamicssimulationofmicrowaveheatingofliquids中对于TIP4P水介电常数的计算很多人刚开始做gromacs都是从重复文献开始
小响尾蛇·2022-11-19 14:25

Gromacs制作能量收敛的水分子层

制作可用于计算的介电常数的水分子层总的来说，需要用溶解的方式制作gro文件，然后自己制作top文件，如果直接用pdb2gmx和用packmol制作的由单体水分子构成的分子层会使得分子之间成H键。特别注意，如果要测试的话，z轴的长度至少为2制作gro文件gmxsolvate-box11112-csspc216.gro-owater_test.gro盒子的大小是配合蛋白的最小外接和盒子尺寸的。下面展示
小响尾蛇·2022-11-19 14:25

用gromacs搭建蛋白分子层，并制作相应的top和索引文件

用gromacs制作分子层，并进行之后的nvt模拟。在这里已经制作了能量收敛的水分子层，现在我们需要在合适的位置加上蛋白质盖子。
小响尾蛇·2022-11-19 14:25

基于gromacs的副本交换动力学(REMD)

副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法，尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统的多个副本，并以以下概率随机交换两个副本的完整状态：其中T1和T2是参考温度和U1和U2分别是复制品1和复制品2的瞬时势能。这将最高温度的快速采样和频繁的障碍交叉与在所有不同温度下的正确玻尔兹曼采样相结合。模拟中只尝试交换相邻温度，因为概率随着温度差异而迅速降低
CAE320·2022-11-03 08:07

基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）

软件：Gromacs-5.1.2二、实验步骤加立场gmxpdb2gmx–h打开帮助菜单。选力场的时候选择Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。2、加模拟盒子，溶剂层厚度为0.8nm。
CAE320·2022-11-03 08:36

Linux 中安装Gromacs（2022 GPU-CUDA）

Linux中安装Gromacs（2022GPU-CUDA）实机操作：Ubuntu20.04系统(Ubuntu20.04.4LTS版本)安装Gromacs-2022GPU-CUDA加速版文章目录前言一、基础软件安装
weixin_60633061·2022-08-14 07:37

GROMACS分子动力学模拟一文通

一文通自然是夸大的，但是这篇文章我觉得价值不小（特别是对于安装个软件就要崩溃的小白来说，官网和现在传播的方法实在太麻烦，即使对我这种老手不小心都要翻车）GROMACS软件的安装1.失败但是常见的安装方式随便哪里一搜都是这种安装方式
可能性之兽·2022-07-15 19:21

利用MPS和MIG实现GROMACS吞吐量最大化

利用MPS和MIG实现GROMACS吞吐量最大化GROMACS是一个生物分子系统模拟软件包，是全球使用最广泛的科学应用软件之一，是了解包括当前COVID-19大流行潜在生物过程在内的重要生物过程的关键工具
扫地的小何尚·2022-05-19 07:02

用vmd将gromacs轨迹转换为动画

1压缩gromacs的trr轨迹文件#因为trr格式的轨迹文件包含轨迹坐标x,速度v和力f的信息(二进制,全精度,可移植)，因此占用内存较大。
stanford_strive·2021-06-11 10:45

linux下gromacs安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。
木子土123·2021-04-22 17:41

ubuntu 16.04 安装gromacs-2016.3（小白经历）

首先Ubuntu是用的win10版本16215.0以上提供的Linux子系统，安装gromacs-2016.3并行版。打开开发者模式，就可以直接在win10商店下载了。
Lynatte_kart·2020-09-16 21:37

ubuntu16.04安装nvidia geforce gtx1080ti显卡驱动和cuda10.0用来运行gromacs-gpu

1.走不通的方法如上图所示，我使用ubuntu自带的软件software&updates的additionaldrivers栏安装nvidia显卡驱动(nvidia-384，这个驱动并不是最新的驱动)，而且我没有禁用nouveau。如下所示，vmd能够检测到cuda和显卡，nvidia-smi也能检测到驱动。不过发现/usr/local/目录下并没有任何的cuda的文件夹，我认为这样子单纯用vmd
wangshuai_hzau·2020-09-12 20:58

双层膜体系的分子模拟

双层膜体系模型的构建对于双层膜这种较复杂的体系，使用GROMACS中自带的简单工具构建较为繁琐。
Lewisbase·2020-08-22 23:06

搭建高性能计算环境（八）、应用软件的安装之gromacs

1，下载安装新版本的gcc（高版本的gcc只是推荐使用的，系统自带的gcc4.4照样能正常编译、运行）wgethttp://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2tarxvfgcc-4.8.2.tar.bz2cdgcc-4.8.2./contrib/download_prerequisites
Patrick11111·2020-08-22 16:13

阿里云超算集谛优化GPU异构并行性能：GROMACS

“集谛”是一款内置于阿里云弹性高性能计算(ElasticHighPerformanceComputing，E-HPC)的云上性能监控与分析引擎，支持集群资源利用情况的实时监控和用户作业运行情况的在线分析。对于采用GPU加速的异构计算应用场景，“集谛”除了监控节点host端资源外还能监控GPUdevice端的资源利用情况，给出GPU利用率、显存利用率和PCI-E数据传输带宽等性能指标随时间的变化，帮
阿里云云栖号·2020-08-22 11:46

GROMACS使用小计

参考网站：（1）国内网址，github网址目录MDP文件书写GROMACS简单处理命令MDP文件书写title=Protein-ligandcomplexMDsimulation;Runparameters
DS_HY·2020-08-17 06:57

【gromacs学习】-gromacs生成的xvg文件处理

1.gromacs程序运行完之后，可以对结果测定任意两原子之间的距离。
白话实验室·2020-07-28 21:10

【gromacs学习】-gromacs报错解决方案

gromacs学习中，面临各种报错，作为初学者，自己把踩过的坑一一记录下来，希望对后来者有所帮助。
白话实验室·2020-07-28 21:10

LAMMPS 服务器安装过程

由于我之前已经在服务器里装好了gromacs和NAMD，因此openmpifftw等都已经装好了。
hdpai2018·2020-07-04 17:29

计算蛋白长宽高

/bin/sh#作者：GROMACS中文组群:广药-阿福#x轴grep^ATOM$1|awk‘{print$7}’|sort-n|sed-n‘1p;$p’#y轴grep^ATOM$1|awk‘{print
生信杂谈·2020-06-26 19:25

Gromacs——蛋白质-配体复合物教程翻译

所用的配体为JZ4，即2-丙基苯酚，但它不能被Gromacs提供的力场识别，所以将分成两步准备拓扑文件：a.用pdb2gmx准备蛋白质拓扑；b.用其他工具准备配体拓扑。
csdndscs·2020-06-23 00:26

#MD#GromacsWrapper:Gromacs的Python框架包

GromacsWrapper是一个调用Gromacs工具的封装Python包，其能够完美的通过python脚本来运行gromacs工具。
生信杂谈·2020-04-11 02:37

GMX中的特殊分组

Gromacs中的角度，距离等分析工具的使用都涉及到特殊的分组方法，能不能以合适的格式分组是计算成功的关键。
Lewisbase·2020-03-16 07:36

#分子模拟#Gromacs 5.1.2做拉伸动力学的几点笔记

因为后期实验需要用到，最近几天在学习拉伸动力学模拟，虽然拉伸动力学教程为5.X版本，但是自5.1版本对于pull模块还是有较大的变化，这里和大家分享一下其中遇到的问题和我自己的解决方法。英文版已经升级到5.1最新了，可能用5.1版本不会遇到这些问题首先第一条就遇到了一点小问题gmxpdb2gmx-finput.pdb-ignh-ter-ocomplex.gro其提示选择什么水模型，我选择的SPC模
生信杂谈·2020-03-14 20:04

#MD#模拟教程:gromacs中构建膜蛋白

相信很多用gromacs的人都看了李老师组织翻译的gromacs中文教程，里面有膜蛋白的搭建，但是用那种方法搭建非常麻烦与费时。
生信杂谈·2020-03-08 06:59

#MD#模拟教程:GROMACS之載脂蛋白模拟

GROMACS之水中部分載脂蛋白本教程来自于李继存老师博客：http://jerkwin.coding.me/GMX/GMXtut-1/#%E6%A6%82%E8%BF%B0特此说明今天带和大家介绍一下
生信杂谈·2020-02-28 15:29

Gromacs CUDA版一键安装脚本

Gromacs是一款非常优秀的分子动力学模拟软件，功能非常强大，但是CUDA版本安装较为复杂，对新手不友好，故写了一个脚本方便安装（需管理员模式）：使用方法:将解压后的脚本放置于主文件夹（home主目录
生信杂谈·2020-02-16 15:28

#分子模拟#Gromacs如何添加非标准残基进入力场

最近在捣鼓一个蛋白，而蛋白内包含有标准残基，弄了许久也没弄进去，谷歌的时候找到一个gromacs添加力场的流程，故简单翻译一遍分享给大家，若需要查看完整的内容可以移步官网:http://www.gromacs.org
生信杂谈·2019-12-23 14:07

Gromacs参数文件md.mdp翻译详解

AspirinCode：点击打开链接官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。md.mdptitle=Protein-ligandcomplexMDsimulation;Runparametersintegrator=md;#指定积分算法；md:蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分nsteps=500
mCpG·2019-12-23 05:43

分子模拟中的LINCS/SHAKE警告及应对

我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCSwarning这样的警告，过多的警告会导致体系崩溃，程序运行异常。
Lewisbase·2019-11-07 04:15

如何用VMD将轨迹文件制作动画

这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。第一步：提取轨迹。往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv-fnvt.trr-
一棵开花的树sysu·2019-05-12 17:00

2019-03-12

乌班图系统下的gromacs安装来源：https://blog.csdn.net/qq_39115088/article/details/79531073首先Ubuntu是用的win10版本16215.0
xmhafei·2019-03-12 22:56

阿里云超算集谛优化GPU异构并行性能：GROMACS

“集谛”是一款内置于阿里云弹性高性能计算(ElasticHighPerformanceComputing，E-HPC)的云上性能监控与分析引擎，支持集群资源利用情况的实时监控和用户作业运行情况的在线分析。对于采用GPU加速的异构计算应用场景，“集谛”除了监控节点host端资源外还能监控GPUdevice端的资源利用情况，给出GPU利用率、显存利用率和PCI-E数据传输带宽等性能指标随时间的变化，帮
阿里云云栖社区·2018-11-01 00:00

Gromacs教程1-水

设置每个GROMACS模拟需要三个基本文件：结构（.gro/.pdb），拓扑（.top）和参数（.mdp）。结构文件包含系统中每个原子位点的笛卡尔坐标。
生信杂谈·2018-04-23 15:04

#分子模拟#LigParGen:配体OPLS/CM1A力场在线生成

生成的配体力场可以非常容易的在Gromacs，NAMD以及OpenMM中使用，文章中说明将在不久提供Amber软件的支持。最大配体原子大小不超过200个原子，计算模型的电荷最大为正负2。
生信杂谈·2017-08-10 15:04

gromacs cpu版安装

安装准备cmake2.8.8orlaterC,C++3.gromacs包http://www.gromacs.org/Downloads安装步骤tarxfzgromacs.tar.gzcdgromacsmkdirbuildcmake
大魔王哈·2017-03-06 09:01
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