Hadoop基因测序

弹性文件服务（SFS）的使用场景

以下是九河云总结的SFS的典型使用场景：1.高性能计算（HPC）在高性能计算场景中，如仿真实验、基因测序、图像处理、气象预报等，SFS能够为大规模计算任务提供高带宽、低延迟的存储支持。
九河云·2025-02-06 14:02

如何搭建Hadoop高可用集群

一、集群配置图在搭建集群之前，我们要考虑好集群中各个机器的配置。这里以四台机器为例，配置图如下：集群配置图ant151ant152ant153ant154NameNodeNameNodeDataNodeDataNodeDataNodeDataNodeNodeManagerNodeManagerNodeManagerNodeManagerResourceManagerResourceManagerJ
Alcaibur·2025-02-06 13:24

使用python实现Hadoop中MapReduce

Hadoop包含HDFS(分布式文件系统)、YARN（资源管理器）、MapReduce（编程模型）。
qq_44801116·2025-02-06 06:10

小麦雌蕊相关基因和网络的共表达网络分析

https://peerj.com/articles/13902/#摘要作物雄性不育具有重要的理论研究和育种应用价值。HTS-1的雄蕊转化为雌蕊或雌蕊状结构，是春季三雌蕊（CSTP）小麦中重要的雄性不育材料。然而，HTS-1中雌蕊发育的分子机制仍然是一个谜。11个小麦组织的RNA-seq数据来自美国国家生物技术信息中心（NCBI），包括CSTP的雄蕊和HTS-1的雌蕊和雌蕊。鲑鱼程序用于量化11种
请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

deseq2进行差异分析时的分组问题

它展示了如何在不同实验设计下进行差异表达分析，包括两组比较、两条件两基因型的交互作用，以及两条件三基因型的分析。
请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

BWA、Bowtie2、TopHat 和 HISAT2 这四款常用的序列比对软件

1.BWA（Burrows-WheelerAligner）BWA是一种常用的基因组比对工具，特别适合将低差异的短序列（如Illumina读取序列）比对到大型参考基因组上。
请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

【大数据技术】编写Python代码实现词频统计（python+hadoop+mapreduce+yarn）

编写Python代码实现词频统计（python+hadoop+mapreduce+yarn）搭建完全分布式高可用大数据集群（VMware+CentOS+FinalShell）搭建完全分布式高可用大数据集群
Want595·2025-02-06 06:05

R语言：将R语言中的Seurat数据对象转换为Python能处理的h5ad格式

背景在基因组学数据分析场景下，有些数据被保存为了R语言中的Seurat对象格式，我们的需求是将Seurat对象格式的数据转换为Python能处理的h5ad格式。
S.GJ·2025-02-06 04:52

单细胞数据h5ad格式转换成seurat

探序基因肿瘤研究院整理比如宫颈癌单细胞文章：Multiomicanalysisofcervicalsquamouscellcarcinomaidentifiescellularecosystemswithbiologicalandclinicalrelevance
探序基因·2025-02-06 04:20

Hadoop1.0和2.0的主要区别

Hadoop1.0指的是版本为ApacheHadoop0.20.x、1.x或者CDH3系列的Hadoop，组件主要由HDFS和MapReduce两个系统组成，HDFS是一个分布式文件存储系统，MapReduce
web_15534274656·2025-02-06 03:43

Hadoop1.0-HDFS介绍

Hadoop是Apache软件基金会所开发的并行计算框架与分布式文件系统。最核心的模块包括HadoopCommon、HDFS与MapReduce。
szjianzr·2025-02-06 03:13

SQL on Hadoop

SQL_on_HadoopSQLonHadoop概述Hadoop提供了一种分布式存储和计算的平台，为了解决传统关系型数据库无法处理海量数据的问题，通过扩展SQL的方式在Hadoop上执行分布式查询，称之为
Lostgreen·2025-02-06 03:42

物联网架构之Hadoop

hadoop体系结构Hadoop是一个开源的分布式计算平台，主要用于存储和处理大规模数据集。
moluxiangfenglo·2025-02-06 01:54

kafka的高可用情况下,挂掉一个节点,为什么消费者消费不到数据了

brokerkafka集群kafka01kafka02kafka032.创建topictest(分区3副本3)kafka-topics.sh--create--topic'test'--zookeeper'hadoop01
黄土高坡上的独孤前辈·2025-02-05 21:55

云计算：从基础架构原理到最佳实践之：云计算大数据分析与处理

禅与计算机程序设计艺术文章目录1.简介2.云计算概述2.1云计算简介2.2云计算特点3.大数据的定义与特点3.1大数据定义3.2大数据特点4.大数据分类、存储和处理技术4.1大数据分类4.2大数据存储和处理技术5.Hadoop-Cloud
AI天才研究院·2025-02-05 20:18

大数据相关开源项目汇总

调度与管理服务Azkaban是一款基于Java编写的任务调度系统任务调度，来自LinkedIn公司，用于管理他们的Hadoop批处理工作流。
万里浮云·2025-02-05 17:03

60款顶级大数据开源工具

一、Hadoop相关工具1.HadoopApache的Hadoop项目已几乎与大数据划上了等号。它不断壮大起来，已成为一个完整的生态系统，众多开源工具面向高度扩展的分布式计算。
La victoria·2025-02-05 17:33

盘点大数据生态圈，那些繁花似锦的开源项目

盘点大数据生态圈，那些繁花似锦的开源项目发表于12小时前|2466次阅读|来源CSDN|6条评论|作者仲浩大数据开源HadoopSparkwidth="22"height="16"src="http
AI周红伟·2025-02-05 17:30

为什么我的CDH不用Hue，改用Scriptis了？

理性谈谈Hue的优缺点平时做数据开发用的比较多的是CDH的Hue，Hue提供了对接Hadoop平台的UI界面，可以对Hbase数据进行直接操作，执行Mapreducer任务时有可视化的执行界面，进行数据报表和
兔子那么可爱·2025-02-05 09:58

Hadoop HDFS 安装详细步骤

Hadoop安装详细步骤安装前分别在master、slave1、slave2三台机器的root用户下的主目录下创建目录bigdata，即执行下面的命令：mkdir~/bigdataHadoop安装包下载检查
碟中碟山·2025-02-05 07:16

Hadoop框架及HDFS详细概述

文章目录Hadoop概述一、Hadoop1、分布式和集群2、Hadoop框架2.1概述2.2版本更新2.3Hadoop架构详解2.4官方示例2.4.1圆周率练习2.4.2词频统计3、Hadoop的HDFS3.1
搬砖人_li·2025-02-05 07:14

大数据：一种收集、分析和使用数据的文化

与所有IT投资一样，大数据成功的关键在于迭代，而不是关于Hadoop、NoSQL、Splunk或者任何特定的供应商或技术。
程序猿广坤·2025-02-04 22:39

Ubuntu下Hadoop的安装与使用

1、创建hadoop用户打开终端sudouseradd-mhadoop-s/bin/bashsudopasswdhadoop//为hadoop设置密码sudoadduserhadoopsudo//为hadoop
ly201552y·2025-02-04 07:44

【数据仓库】hadoop web UI 增加账号密码认证

升级了hadoop版本到3.3.6,未配置任何鉴权，默认端口98708088开放到了公网，结果没几天就被挖矿攻击了。通过开放的端口提交了很多非法任务到yarn上，并成功在服务器执行了恶意脚本。
花菜回锅肉·2025-02-04 07:13

Hadoop3.2.1安装-单机模式和伪分布式模式

Hadoop入门篇概述Hadoop是使用Java编写的，是为了解决大数据场景下的两大问题，分布式存储和分布式处理而诞生的，包含很多组件、套件。需要运行在Linux系统下。
花菜回锅肉·2025-02-04 07:13

Spark3.1.2单机安装部署

类似Hadoop，但对Hadoop做了优化，计算任务的中间结果可以存储在内存中，不需要每次都写入HDFS，更适用于需要迭代运算的算法场景中。
花菜回锅肉·2025-02-04 07:43

Flink Standalone集群模式安装部署全攻略

二、安装前准备首先，确保已经安装好了Hadoop环境（因为后续配置中涉及到与Hadoop的集成）。三、安装步骤（一）环境准备退出conda的base环境（如果存在
自节码·2025-02-04 04:17

ssGSEA中GSVA调用报错的解决方法

ssGSEA中GSVA调用报错问题expr是表达谱，表达数据矩阵，行是基因，列是样本。cellMarker是一个包含基因集的列表。
影林握雪·2025-02-03 18:30

Hive 分区和分桶总结

分区介绍2、分区表的操作3、动态分区2、分桶表1、分桶表介绍2、分桶表的操作3、分区表和分桶表的区别参考分区和分桶总结1、分区1、分区介绍由于数据量过于庞大，使用分区，可以并行的进行处理数据，有点类似于Hadoop
Stray_Lambs·2025-02-03 14:23

HBase的原理

一、什么是HBaseHBase是一个分布式，版本化，面向列的数据库，依赖Hadoop和Zookeeper（1）HBase的优点提供高可靠性、高性能、列存储、可伸缩、实时读写的数据库系统(2)HBase表的特性
会探索的小学生·2025-02-03 11:30

Hadoop的基础操作_hadoop常用操作

####下载文件语法：hadoopfs-gethadoopfs-copyToLocal示例：将user/text.txt文件下载到本地/usr/local/下-copyToLocal：复制到本地[root
字节全栈_kYu·2025-02-03 07:28

kylin套_Apache Kylin（一）Kylin介绍

1.传统大数据分析的问题在基于Hadoop生态的传统大数据分析中，主要使用的技术是MPP(MassivelyParallelProcessing)大规模并行处理和列式存储。
weixin_39898011·2025-02-03 07:57

linux的apache安装,Apache Kylin | 安装指南

软件要求Hadoop:2.7+,3.1+(sincev2.5)Hive:0.13-1.2.1+HBase:1.1+,2.0(sincev2.5)Spark(可选)2.3.0+Kafka(可选)1.0.0
姜白的树洞·2025-02-03 07:26

kylin linux 安装教程,Apache Kylin | 安装指南

软件要求Hadoop:2.7+Hive:0.13-1.2.1+HBase:1.1+Spark2.1.1+JDK:1.7+OS:Linuxonly,CentOS6.5+orUbuntu16.0.4+用HortonworksHDP2.2
社本·2025-02-03 07:26

Hadoop---(6)Sqoop（数据传输）

6.SqoopSqoop是一个用于hadoop数据和结构化数据之间转换的工具。
Mr Cao·2025-02-02 15:27

hbase无法建表：org.apache.hadoop.hbase.PleaseHoldException: Master is initializing

1.环境：cdh6.2.12.现象：hbaseshell进去后，list命令执行正常，执行建表语句后报错：ERROR:org.apache.hadoop.hbase.PleaseHoldException
magicchu·2025-02-02 09:18

三甲医院大型生信服务器多配置方案剖析与应用（2024版）

随着高通量测序技术、医学影像技术等的飞速发展，生物医学数据呈爆发式增长，这些数据涵盖了基因组、蛋白质组、代谢组等多个层面的信息，为医学研究和临床诊断提供了前所未有的机遇与挑战。
Allen_LVyingbo·2025-02-02 09:41

深度学习基因组学+机器学习单细胞分析，当下最火热研究方向！

深度学习已经被广泛应用于基因组学研究中，利用已知的训练集对数据的类型和应答结果进行预测，深度学习，可以进行预测和降维分析。
qwmb919·2025-02-02 07:25

隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model, HMM） 和 最大熵马尔可夫模型（Maximum Entropy Markov Model, MEMM）

GenerativeModel）HMM通过建模整个联合概率分布P(X,Y)P(X,Y)P(X,Y)来进行序列标注，其中：X=(x1,x2,...,xn)X=(x_1,x_2,...,x_n)X=(x1,x2,...,xn)是观测序列
苏西月·2025-02-02 07:24

Hive 整合 Spark 全教程 （Hive on Spark）

hadoop.proxyuser.luanhao.groups*hadoop.proxyuser.luanhao.groups*2）HDFS配置文件配置hdfs-site.xmldfs.namenode.http-addressBigdata00
字节全栈_rJF·2025-02-02 02:56

spark和python的区别_Spark入门(Python)

Spark使用函数式编程范式扩展了MapReduce模型以支持更多计算类型，可以涵盖广泛的工作流，这些工作流之前被实现为Hadoop之上的特殊系统。
weixin_39934257·2025-02-01 23:42

spark python入门_python pyspark入门篇

一.环境介绍：1.安装jdk7以上2.python2.7.113.IDEpycharm4.package:spark-1.6.0-bin-hadoop2.6.tar.gz二.Setup1.解压spark
weixin_39686634·2025-02-01 23:12

安装HBase-2.4.12 (hadoop3.3.1)

1.下载https://www.apache.org/dyn/closer.lua/hbase/2.4.12/hbase-2.4.12-bin.tar.gz节点角色配置节点MasterZooKeeperRegionServernode001yesyesyesnode002backupyesyesnode003noyesyes2.解压下载的文件，并切换到新创建的目录。(base)[root@node
不饿同学·2025-02-01 17:18

Hadoop--HA架构详解

为了解决上述问题，Hadoop给出了高容错，高可用的HA方案：一个HDFS集群至少存在两个nameNode，一个nameNode处在active（主）状态，其他nameNode处在standby（备
娘子，出来看上帝·2025-02-01 10:20

Hadoop HA 架构

为什么要用集群?企业里面,多台机器伪分布式每一个角色都是一个进程HDFS:NNSNNDNYARN:RMNM大数据所有组件,都是主从架构master-slaveHDFS读写请求都是先到NN节点,但是,HBase读写请求不是经过master,建表和删除表是需要经过masterNN节点挂了,就不能提供对外服务(-put,-get)需要配置两个NN节点(实时的,任何时刻只有一台active对外,另外一台是
weixin_30569033·2025-02-01 09:49

【hadoop学习之路】Hive HQL 语句实现查询

目录表数据表1students_data.txt表2course.txt实验步骤结论表数据表1students_data.txt21434,Sara,F,21,20,73,classC41443,Mary,M,19,30,90,classA43333,Dery,F,20,40,85,classB45454,Mary,F,22,10,91,classA14634,Henry,M,18,50,56,c
新世纪debug战士·2025-02-01 03:58

HDFS总结

基于前面的学习与配置，相信对于HDFS有了一定的了解HDFS概述1.什么是HDFSHadoopDistributedFileSystem：分步式文件系统HDFS是Hadoop体系中数据存储管理的基础HDFS
ChenJieYaYa·2025-01-31 20:03

11 Spark面试真题

2.hadoop和spark使用场景？3.spark如何保证宕机迅速恢复?4.hadoop和spark的相同点和不同点？5.RDD持久化原理？6.checkpoint检查点机制？
TTXS123456789ABC·2025-01-31 16:26

单细胞-第五节 多样本数据分析,打分R包AUCell

文件在单细胞\5_GC_py\1_single_cell\3.AUCell.Rmd1.基因rm(list=ls())load("g.Rdata")2.AUCellhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-01-31 09:20

bulk-seq数据和单细胞数据的联合分析

作者，EvilGenius随着现在研究的不断深入，越来越多的情况需要我们对多种数据的联合分析，其中在单细胞没有出来之前，普通转录组（bulk-seq）的测序结果是非常多的，也解决了我们很多的生物学问题，
追风少年ii·2025-01-31 09:50
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