PUBCHEM

生物活性分子库

Pubchemweb:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/PubChem是美国国立卫生研究院（NIH）的开放化学数据库。

DJ.马·2023-11-24 12:15

查询药物的药效和机制

PubChem(nih.gov)XL765:Uses,Interactions,MechanismofAction|DrugBankOnline基础信息查询如：Paclitaxel紫杉醇的查询PharmacodynamicsPaclitaxelisataxoidantineoplasticagentindicatedasfirst-lineandsubsequenttherapyforthetre

hx2024·2023-11-21 23:22

Maestro使用

蛋白准备蛋白从pdb数据库下载下载pdb格式文件小分子从pubchem或者zinc数据库下载小分子下载sdf或者mol格式文件都可以3.打开薛定谔软件，导入pdb文件蛋白前处理image.pngimage.png

一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-09-28 03:15

arxiv202209 | ChemBERTa-2+：Towards Chemical Foundation Models

arxiv.org/abs/2209.01712v1ChemBERTa-1是2020年的，可以看看：NeurIPS2020|ChemBERTa+：用于分子性质预测的大规模自监督预训练_羊飘的博客-CSDN博客从PubChem

羊飘·2023-08-29 06:16

介绍

这本适用于介绍虚拟筛选的常用药物库的，类似于ZINC，drugbank，pubchem等等，本来是想放到对接那边，后来看看，它也可以独成一集，就直接开了一个新的。

ZeroDesigner·2023-08-15 04:41

使用Python爬虫抓取PubChem化合物CAS

importpandasaspdimportnumpyasnpimportjsonimportrequestsimporttime#%reset-fcid=5280535#url=f'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

kylin王国·2023-02-17 20:21

基于pubchem的化合物系列ID转换工具

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/idexchange/idexchange.cgi上述网站提供了基于pubchem的化合物多种id转换。

小贝学生信·2023-02-07 13:14

使用Python爬虫批量抓取PubChem化合物CAS

importpandasaspdimportnumpyasnpimportjsonimportrequestsimporttime#%reset-fcid=5280535#url=f'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

kylin王国·2023-02-05 07:59

10 靶点预测

我们可以用PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm

油炸椒盐菠萝·2023-02-01 13:00

PubChem的Python接口PubChemPy使用心得

花了一整天琢磨PubChemPy这个接口，写一下自己的使用心得：目的：根据化合物名称批量下载化合物的smi格式参考资料：1.https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/2.https://github.com/mcs07/PubChemPy3.https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/77148242

CA&AI-drugdesign·2022-12-21 03:56

pubchem的官方API - PUG REST的使用教程(持续更新)

以URL为基础的API分为4个部分inputspecification--------------------------------------------------------输入operationspecification--------------------------------------------------操作outputspecification--------------

贺俊宏·2022-11-20 05:34

Puchem化合物数据批量抓取采集_宝典_教程_Python爬虫

从0教你如何抓取Pubchem化合物数据。

苏格拉底的猫AI·2022-07-17 11:07

根据SID或者CID下载PUBCHEM数据库的smile信息(总结版)

PUBCHEM下载smile使用PUBCHEMbulkdownload功能把smile列加入到源文件中使用PUBCHEMbulkdownload功能参见我的一篇博文如何使用pubchem的bulkdownload

贺俊宏·2022-03-14 07:31

大量的pubchem实验获取化合物smile并归属各个实验.

目标:获取了多个pubchem实验的csv文件,需要获取其中化合物的smile.importpandasaspdimportosimportredefSummary_cid(path,out_path)