10 靶点预测

跟着学长学习了一些靶点预测的方法，主要使用到的工具有以下两种

• 瑞士靶点预测：http://www.swisstargetprediction.ch/index.php
• PharmMapper：http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/

获取分子的3D结构

首先需要下载需要预测的分子的3D结构。我们可以用PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）检索所需的化合物并下载SDF格式的文件。如果没有3D结构，那么2D结构也是可以的。

从PubChem下载分子的3D结构

使用瑞士靶点预测进行靶点预测

在Select a species中可以选择物种，点击红圈中的按钮可以上传SDF文件。上传完成后点击Predict targets即可进行靶点预测。

瑞士靶点预测

瑞士靶点预测的速度是相对比较快的，稍等片刻即可获取结果。可以直接在网页上浏览，也可以点击Export results中的按钮以相应的格式导出结果。

使用PharmMapper进行靶点预测

打开PharmMapper，点击Submit Job提交SDF文件。

PharmMapper

由于PharmMapper的预测速度比较慢，我们需要填写自己的电子邮箱，当预测完成后PharmMapper会发送一封邮件通知我们。

提交任务

点击Continue后还能对任务进行进一步设置，如在Select Targets Set中可以修改预测范围。如果需要预测人类的靶点，就可以选择Human Protein Targets Only。

提交任务

点击Submit后任务就会开始运行，并且会得到一个Job ID。预测完成后PharmMapper会发送一封邮件到之前填写的邮箱，邮件里会有一个指向结果页面的链接（所以Job ID忘了问题也不大）。
把网页拉到最底部，会有一个Results Downloading (.csv file)的链接，点击即可下载预测结果。