R语言-常见问题解决

R基础语法

1.变量命名规则：R语言中变量可以由字母，数字以及点号.或下划线_组成。以字母或点开头。不能以数字开头。一些特殊的符号不能在名称中出现，如%，$等。区分大小写，如name和Name是两个变量。
学计算机的·2024-01-23 07:57

代码+视频R语言绘制逆概率加权后的基线表

基于PS（倾向评分）的逆概率加权(IPTW)法首先由Ｒosenbaum作为一种以模型为基础的直接标准化法提出，属于边际结构模型。简单来说，就是把许多协变量和混杂因素打包成一个概率并进行加权，这样的话，我只用计算它的权重就可以了，方便了许多。那么，如何将多个协变量的影响用一个倾向评分值来表示呢?即如何估计倾向评分值呢?根据Rosen-baum和Rubin的定义:倾向评分值为在给定一组协变量(Xi)条
天桥下的卖艺者·2024-01-23 07:26

R语言批量把数值变量和因子变量的互转

#我们以rms包的lung数据集为例library(rms)data<-lung#这里有两种方法，#第1是知道需要转化的变量在哪几列；#第2知道需要转化的变量名str(data)#假设我们想转化inst/status/sex/三个变量的类型#图1先看看变量类型和处于第几列str(data)#inst/status/sex为数值型，分别在第1列，第3列,第5列#法1：需要转化的变量在哪几列#转因子f
kaiming0000·2024-01-23 07:26

R语言中数据框是什么？

在数据分析过程中离不开表格，通常使用Excel来做数据分析，行和列用来存放不同的数据，表格能清晰直观的展示数据，而且可以将多张表组合联系起来，这种不约而同的规范也同样适用于R语言。
生信分析笔记·2024-01-23 07:56

学习R语言的十个理由

学习和使用R语言的十个理由R语言普癌新声(chenq.site)R语言是一种为统计计算和绘图而生的免费软件环境，几乎可以实现所有的统计分析过程，能做出非常漂亮的图，有一大群人在维护，还免费，没有理由不用
普癌新声·2024-01-23 05:45

r语言查看缺失值

缺失值统计head(airquality)notna<-complete.cases(airquality)head(notna)nrow(airquality)nrow(airquality[which(notna==FALSE),])到这基本就完成了缺失值的查看以及缺失值的相关统计，如下图：缺失值统计缺失值来源length(which(is.na(airquality$Solar.R)==TR
肖玉贤·2024-01-23 03:20

R语言 | ggplot2-boxplot的上下边缘的横线去哪了

废话ggplot2是R语言绘图神奇，在各种扩展包的加持下无往而不胜。然而使用ggplot2绘制boxplot的时候，生成的图片看着总有一丝丝的别扭。
阿狸的窝·2024-01-23 00:47

拾壹-Linux下Rserve开机自启动

我实在喜欢上R语言了，对比Python来说，这个挑战难度太大了！！
小秉子·2024-01-22 20:01

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-22 15:10

学习小组Day6笔记—白兔儿溜溜

R语言中包的相关操作以dplyr包为例。
白兔儿溜溜·2024-01-22 15:02

R语言专题班（直播：2023.8.4~8.6）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制
茗创科技·2024-01-22 11:45

R语言学习case5：NC基于R语言的UpSetR

step1:安装库install.packages("UpSetR")step2:导入包library(UpSetR)step3：读取数据otu_RA0]0:这是一个逻辑条件，它生成一个与otu_RA相同大小的布尔型数据框或矩阵，其中元素为TRUE表示对应位置的元素大于0，而FALSE表示小于等于0。<-1:这是将选中的元素的值赋值为1。换句话说，所有在原始数据框或矩阵中大于0的元素都被设置为1。
早起CaiCai·2024-01-22 11:33

R语言【cli】——ansi_strsplit()：分割ANSI命令彩色字符串

Packagecliversion3.6.0Description这是base::strsplit()的彩色版本。它的工作方式与原版几乎一样，只不过保留了子字符串的色彩。Usageansi_strsplit(x,split,...)Argument参数【x】：字符向量，可能是ANSI样式的，或者是强制转换为字符的向量。参数【split】：长度为1的字符向量(或可以强制为1的对象)包含用于分割的正则
ALittleHigh·2024-01-22 09:08

R语言【cli】——ansi_strtrim()：截断ANSI字符串

Packagecliversion3.6.0Description此函数类似于base::strtrim()，但可以正确处理ANSI样式的字符串。它还增加了……(如果允许Unicode字符，则为对应的Unicode字符)到截断字符串的末尾。Usageansi_strtrim(x,width=console_width(),ellipsis=symbol$ellipsis)Arguments参数【x
ALittleHigh·2024-01-22 09:08

R语言【cli】——ansi_toupper()，ansi_tolower()：将ANSI彩色字符串全部大写或小写

Packagecliversion3.6.0Usageansi_toupper(x)ansi_tolower(x)ansi_chartr(old,new,x)Arguments参数【x】：输入字符串。可能有ANSI的颜色和样式。参数【old】：指定要翻译的字符的字符串。如果提供长度为2或更多的字符向量，则使用第一个元素并发出警告。参数【new】：指定翻译的字符串。如果提供长度为2或更多的字符向量，
ALittleHigh·2024-01-22 09:08

看书标记【R语言数据分析项目精解：理论、方法、实战 9】

看书标记——R语言Chapter9文本挖掘——点评数据展示策略9.1项目背景、目标和方案9.1.1项目背景9.1.2项目目标9.1.3项目方案1.建立评论文本质量量化指标2.建立用户相似度模型3.对用户评论进行情感性分析
小胡涂记·2024-01-22 09:38

R语言【cli】——ansi_substr()：ANSI彩色字符串的子字符串

Packagecliversion3.6.0Description这是base::substr()的颜色感知副本。它的工作原理与原来的完全相同，但保留了子字符串中的颜色。在计算字符串中的位置时，忽略ANSI转义序列。Usageansi_substr(x,start,stop)Arguments参数【x】：字符向量，可能是ANSI样式的，或者是强制转换为字符的向量。参数【start】：起始索引或索引
ALittleHigh·2024-01-22 09:06

【R语言】WGCNA分析blockwiseModules函数报错

WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis），直译过来是权重基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。小编最近在使用R的WGCNA包中的blockwiseModules函数进行模块分析的时候报错了。n
生信交流平台·2024-01-22 02:12

Mastering Data Analysis with R-笔记

setwd('D:\\Rdata\\Books学R语言\\R语言数据分析美盖尔盖伊')library(hflights)write.csv(hflights,'hflights.csv',row.names
茶苯海·2024-01-21 16:57

R语言实现文献计量分析（1）——bibliometrix

官网：Bibliometrix-Home支持数据库：webofscience;PubMed;Cochrane;Scopus等文件格式：Plaintext;BibTex;CSV;Rdata等WebofScience注意使用核心集合里面检索的结果，否则容易出错。#install.packages("bibliometrix")library(bibliometrix)#help(bibliometri
weixin_49320263·2024-01-21 13:19

R语言【cli】——builtin_theme()：内置的CLI主题

Packagecliversion3.6.0Description此主题始终处于活动状态，并且位于主题堆栈的底部。Usagebuiltin_theme(dark=getOption("cli.theme_dark","auto"))Argument参数【dark】：是否使用黑暗主题。cli.theme_dark选项可用于显式请求暗主题。如果没有设置，或者设置为“auto”，那么cli会尝试检测暗主
ALittleHigh·2024-01-21 12:06

R语言【cli】——cat_line()，cat_bullet()，cat_boxx()，cat_rule()，cat_print()：这些帮助程序为cat()提供了有用的包装

Packagecliversion3.6.0Description这些帮助程序为cat()提供了有用的包装：最重要的是，它们都设置了sep=""，并且cat_line()会自动添加一个换行符。Usagecat_line(...,col=NULL,background_col=NULL,file=stdout())cat_bullet(...,col=NULL,background_col=NULL
ALittleHigh·2024-01-21 12:36

R语言【cli】——ansi_trimws()：从ANSI字符串中删除前导和/或尾随空格

Packagecliversion3.6.0Description这个函数类似于base::trimws()，但它适用于ANSI字符串，并保留颜色和其他样式。Usageansi_trimws(x,which=c("both","left","right"))Arguments参数【x】：ANSI字符串向量。参数【which】：是否删除前导或尾随空格或两者都删除。Value去掉空白的ANSI字符串。
ALittleHigh·2024-01-21 12:06

R语言【cli】——ansi_strwrap()：将ANSI样式的字符串包装为一定的宽度

Packagecliversion3.6.0Description这个函数类似于base::strwrap()，但它适用于ANSI样式的字符串，并且保持样式不变。Usageansi_strwrap(x,width=console_width(),indent=0,exdent=0,simplify=TRUE)Arguments参数【x】：ANSI字符串。参数【width】：换行到的宽度。参数【in
ALittleHigh·2024-01-21 12:03

《非暴力沟通》随笔

——RuthBebermeyer语言是自我的最直接表达，言语的艺术之深无需再强调。
Sherry_ac21·2024-01-21 10:47

R语言【cli】——ansi_strip()：抹除字符串中所有的ANSI标记

Packagecliversion3.6.0Description输入可以是cli_ansi_string类，这也从结果中删除。Usageansi_strip(string,sgr=TRUE,csi=TRUE,link=TRUE)Arguments参数【string】：输入字符串。参数【sgr】：是否移除SGR(样式化)控制序列。参数【csi】：非sgr控制序列是否移除。参数【link】：是否移除
ALittleHigh·2024-01-21 09:31

一个非常流行的R语言调色板：RColorBrewer

R语言有许多非常优秀的调色板，本文就介绍一个非常流行的，我也经常在用的调色板R包：RColorBrewer。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-21 09:31

R语言【cli】——ansi_nzchar()：检查是否存在ANSI语句

Packagecliversion3.6.0Usageansi_nzchar(x,...)Arguments参数【x】：Charcater向量。其他对象使用base::as.character()进行转换。参数【...】：传入base::nzchar()。Examples>ansi_nzchar(col_red("dd"))[1]TRUE>ansi_nzchar("")[1]FALSE>ansi_
ALittleHigh·2024-01-21 09:01

R语言：资金评估

代码示例#1.导入数据fund_data<-read.csv("D:/R语言/基金.csv",sep=',',header=TRUE,na.strings="--")fund_data<-fund_data
illusionbigdata·2024-01-21 09:58

统计学-R语言-7.1

文章目录前言假设检验的原理假设检验的原理提出假设做出决策表述结果效应量总体均值的检验总体均值的检验(一个总体均值的检验)练习前言本章主题是假设检验(hypothesistesting)。与参数估计一样，假设检验也是对总体参数感兴趣，如比例、比例间的差异，均值、均值间的差异等，估计的主要任务是找出参数值等于几，假设检验的兴趣主要是看参数的值是否等于某个特定值，或者比较两组数据，在数学推导上，参数的假
柔雾·2024-01-21 09:56

统计学-R语言-7.2

文章目录前言总体均值的检验总体均值的检验(一个总体均值的检验)两个总体均值之差的检验总体比例的检验一个总体比例的检验练习前言本篇将继续上篇文章进行介绍。总体均值的检验总体均值的检验(一个总体均值的检验)小样本的检验假定条件小样本(n0.05，不拒绝H0，没有证据显示男女学生上网的平均时间有显著差异。独立小样本的检验这时，两个样本均值之差经标准化后服从自由度为（n1+n2-2）的t分布，因而采用的检
柔雾·2024-01-21 09:56

R语言的ggplot2绘制多个分组簇状柱状图

今天要分享的是ggplot2去绘制多个分组簇状柱状图，话不多说，现在开始吧：老规矩，还是先看数据和最终的效果图，进行解释后，再说明如何绘制数据情况最终图情况可以明显看到，图代表的意思是不同年龄组、性别的高血压和糖尿病的患病率年龄是x轴的分组，性别是堆积块的分组，疾病是分页的分组（也就是高血压一张图，糖尿病一张图），图中的数据是患病率。所以，画图的前提是先把数据整理成4列，然后自己分清每一列变量代表
kaiming0000·2024-01-21 09:56

R语言的ggplot2绘制分组折线图？

R绘制分组折线图.R首先看数据情况：group有3组。Time有3组，数据意思是在3组3个时间点测量了某指标，现在要绘制组1、组2、组3某指标y按时间的变化趋势数据情况：看看最终的效果图如下：下面是本次使用的代码.libPaths()setwd("C:/Users/12974/Desktop/百度经验/03图形绘制/03R绘制分组折线图")#设置工作空间getwd()#加载工作空间##导入数据da
kaiming0000·2024-01-21 09:54

FigDraw 22. SCI文章中绘图之核密度及山峦图 (ggridges)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出基于R语言绘图教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：FigDraw1.SCI文章的灵魂之简约优雅的图表配色FigDraw2.SCI文章绘图必备R语言基础
90066456ace6·2024-01-21 04:09

学习小组Day 4 -王浩

1.R语言基础R语言基础2.实操1.Rstudio界面Rstudio的界面（Ps：官网安装Rsudio时速度奇慢，不知为何）2.生成50个中位数为零，标准差为1的随机呈正态分布的数并画成点（plot(rnorm
ridiculous的香菜·2024-01-21 03:35

统计学R语言实验8 ：线性回归

统计学R语言实验8：线性回归一、实验目的1.掌握理解线性回归的相关概念。2.掌握理解线性回归的相关方法。3.熟悉R语言等语言的集成开发环境。
Blossom i·2024-01-21 02:21

R语言|绘制等高线图

等高线指的是地形图上高程相等的各点所连成的闭合曲线。而等高线图（contourmap）是可视化二维空间标量场的基本方法，可以将三维数据使用二维的方法可视化，同时用颜色视觉特征表示第三维数据代码如下：1.下载并调用MASS包BiocManager::install("MASS")library(MASS)#matrix是创建矩阵Sigma<-matrix(c(1,0.7,0.7,1),2,2)Sig
维凡生物·2024-01-21 02:39

【R语言】临床特征分组，多分类转换成二分类

前面我们讲过肿瘤TNM分期我们知道T分期一般可以分成T1,T2,T3和T4四个期。另外一个常用的临床特征是组织病理分期，一般也是分为四期stageI，stageII，stageIII和stageIV。四组在我们做差异表达分析的时候是比较麻烦的。☞R代码TCGA差异表达分析☞零代码TCGA差异表达分析最简单的方法是将四个期合并成两个期。今天天我们就来聊聊如何用R来将四分期的临床特征转换成二分期。首先
生信交流平台·2024-01-20 23:23

周报第十八周

阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences》,这篇文章用到了R,所以学习了部分R语言
Twenrr·2024-01-20 22:48

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2普通箱线图/分组箱线图/分面箱线图

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-20 21:48

WGCNA终于安装成功了。

先说安装测试环境操作系统：windows7-32bitR语言版本：R4.1.2+Rstudio1.1Bioc版本：Bioconductorversion3.14(BiocManager1.30.16)这里最主要的还是
守望一株麦穗·2024-01-20 14:57

Day4笔记-ZW

Day4-R语言基础-ZW.png作图结果如下plot(rnorm(50))Rplot.pngboxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col=c("lightblue
有编制的弼马温·2024-01-20 14:45

R语言【cli】——ansi_grep()，ansi_grepl()：与base::grep()和base::grepl()类似，但针对的是ANSI字符串

Packagecliversion3.6.0Description第一个ANSI序列将使用ansi_strip()剥离Usageansi_grep(pattern,x,ignore.case=FALSE,perl=FALSE,value=FALSE,...)ansi_grepl(pattern,x,...)Arguments参数【pattern】：字符标量、正则表达式或固定字符串(如果fixed=
ALittleHigh·2024-01-20 12:01

Topic 4. 临床预测模型构建 Logistic 回归

上期我们已经基本了解变量的类型，以及如果处理不同种类的变量，现在我们就来学些一个临床预测模型--GLM广义线性模型及R语言实现。
90066456ace6·2024-01-20 12:04

R语言【cli】——ansi_collapse()：

Packagecliversion3.6.0Description特点：自定义分隔符,自定义最后分隔符:参数【last】，为截断的字符串添加省略号，在UTF-8控制台上使用Unicode省略号字符，可以折叠"frombothends"，style="both-ends"，可以考虑限制结果的显示宽度，以字符为单位;测量显示宽度时，正确处理ANSI控制序列。Usageansi_collapse(x,s
ALittleHigh·2024-01-20 09:19

R语言【cli】——ansi_columns()：把字符向量格式化为多个列

Packagecliversion3.6.0Description这个函数有助于ANSI样式字符串的多列输出。它可以很好地与boxx()一起工作。Usageansi_columns(text,width=console_width(),sep="",fill=c("rows","cols"),max_cols=4,align=c("left","center","right"),type="wid
ALittleHigh·2024-01-20 09:19

R语言【cli】——ansi_has_any()：检查字符串里是否存在ANSI格式

Packagecliversion3.6.0Usageansi_has_any(string,sgr=TRUE,csi=TRUE,link=TRUE)Arguments参数【string】：要检查的字符串。它也可以是字符向量参数【sgr】：是否查找SGR(样式化)控制序列。参数【csi】：是否查找非sgr控制序列。参数【link】：是否查找ANSI超链接。Value逻辑向量，对于具有某种ANSI样
ALittleHigh·2024-01-20 07:26

文献计量学开篇

1、常用软件：citespace、VOSviewer、R语言bibliometrix、python的pybibx2、导入数据类型：citespace：导入refworks等；R语言bibliometrix
weixin_49320263·2024-01-20 07:47

python语言基础知识要点_python 基础知识点梳理

一、python与R语言的一些语法比较作为一个R语言使用者，要转战到python，还是需要一个适应过程的，有几个比较容易忘记的点：python区分大小写，而R对大小写不敏感；python中的索引是从0开始的
weixin_39605463·2024-01-20 04:48

R语言学习准备工作-R包安装练习

参考http://www.bio-info-trainee.com/3727.html第一个准备工作是安装必备软件，参考视频链接：https://share.weiyun.com/54W3N7A第二个准备工作，看这2个小时的linux基础视频，我的范例见：http://www.bio-info-trainee.com/3573.html（请不要尝试安装双系统，安装Git软件就可以练习linux的命
Seurat_·2024-01-20 00:44
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