bismark

bismark 识别甲基化位点-比对篇

bismark软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。

生信修炼手册·2024-01-13 04:11

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个repeat的bam文件合到一起，想着sambamba快一些，还脑残的进行了排序，结果自然而然merge后得到的bam文件运算时候就报错了。GG又折腾了一天。对于合并bam文件网上搜到的答案

热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

什么时候使用Bismark的non_directional参数

Bismark是做甲基化数据分析常用软件，其中有一个--non_directional的参数，默认是不启用，如果需要时未启用该参数，会导致mappingrate下降近一半。

秉聿随记·2023-12-29 03:52

甲基化信息导入igv查看

我使用的是Bismark提取甲基化信息，生成了以下文件image.png其中SRR1182280_1_val_1_bismark_bt2_pe.bedGraph.gz和SRR1182280_1_val_

scdzzdw·2023-12-26 06:44

2021-10-17 Bismark 原理

参考官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/https://blog.csdn.net/qq_29300341/article

Zheng_xy·2023-12-02 18:20

Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析

注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即image.png命令：samtoolssort-@4-ocrWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bamcrWT-1_val

热衷组培的二货潜·2023-11-28 21:45

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读

(IV)Bismark甲基化提取Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark结果文件进行操作，并对每个C进行提取甲基化call。

生信start_site·2023-10-18 11:54

Bismark得到的结果如何导入DSS

#-*-coding:utf-8-*-importsysdefrun(dirs_path):f=open(dirs_path,'r')name=dirs_path.split('/')[-1].split('.')[0]w=open('/Users/apple/ERV/'+name+'.txt','w')w.write('chr'+'\t'+'pos'+'\t'+'N'+'\t'+'X'+'\n'

桁_COLA·2023-10-05 01:28

bowtie2报错的处理办法

近日在本地电脑上运行bismark时，出现了奇奇怪怪的报错，虽然最后的解决办法是重装bowtie2，但还是记录一下错误类型和在哪里获取的bowtie2是完好无损的。

桁_COLA·2023-09-20 22:22

bismark 识别甲基化位点

在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类；CpGCHGCHHp代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。

生信修炼手册·2023-09-07 00:58

2018-10-01千字21日

Vivian明显不愿与我一起活动，Jenny向来没有小哥哥不去，Bismark没有小姐姐不去。也是有意思的人们。小白说她也要去东北边的城市了，好不容易碰上一个聊得来的人，没几天就要走了。

山翁听雨·2023-09-06 12:49

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。

E_GENE·2023-08-10 01:38

Docker封装生物信息学甲基化流程

Bismark运行原理：Bisulfite将序列正负链的C全部转换为T，所以也要将基因组序列进行转换。基因组正负链转换很特别。基因组的正链C->T，才能匹配原正链的reads

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

DNA甲基化测序之TAPS

日常掰虾前面分别学习了DNA甲基化的基础知识和甲基化BS-seq的分析方法，不知道的同学可以戳这里，DNA甲基化知识概述、DNA甲基化Bismark&BAMAP流程跑起来。

生信店小二·2023-04-07 12:38

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理

官方手册（2020Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs（一）在开始前你需要了解的：Bismark是用Perl编写的

生信start_site·2023-04-06 11:21

DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起来

日常掰虾前面学习了DNA甲基化的基础知识，也了解了它的重要性，不知道的同学看这里，DNA甲基化知识概述。既然这么重要，我们当然要知道怎么处理数据了。不能只会理论不懂实践啊，像我这样只能靠脑袋以下为生的人肯定要会操作了。毕竟！不是有一句话说的很有道理么！纸上得来终觉浅，觉知此事要躬行！只能找这样的话来安慰自己让自己心安理得的干活了。废话说完，继续来说DNA甲基化。前面说过目前分析

生信店小二·2023-02-17 15:49

bismark 识别甲基化位点-可视化篇

在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令bismark2reportbismark2summary第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report文件。

生信修炼手册·2023-02-04 10:29

FastQ_Screen 检测原始数据fastq污染情况

下载该软件需要以下依赖[Bowtie],[Bowtie2]或者[BWA].Perl*[Bismark](可选项，针对bisulfite数据)1.1有相关的软件之后，进入官方网站，点击下载https://

寒山梦绮·2023-01-28 01:35

关于bismark和DSS的input相关问题

问题的由来：最近尝试在做call差异甲基化区域的时候，选用了两款软件bismark+DSS的分析流程，当时还是比较菜，没有可理解透彻这两款软件的原理。感谢贤哥不嫌我愚钝，为我排忧解难。

小潤澤·2021-06-09 12:01

DNA甲基化分析----------甲基化比对软件专题（Bismark）

我们在上个笔记中介绍了一些关于DNA甲基化的基本概念。那么如何去判断这个序列里面甲基化的信息呢？今天我们就来就这个话题好好聊一聊~---------------------------------------------------我是分割线---------------------------------------1：首先我们来想一个问题，进过BS转换后的基因reads上什么碱基的数目会明

liu_ll·2021-03-06 17:23

DMR甲基化数据分析(1)

本次数据分析使用的软件是BatMeth2、Bismark和HOME这三款软件。其中BatMeth2是一个合成包，基本包含了5mC数据的所有分析，从建立索引到DMC和DMR的鉴定。

只看不写_nathan·2021-01-03 09:38

methylkit差异甲基化分析

文件格式可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。在这里使用的是经过处理得到的文本文件。

蓬举举·2020-11-27 10:44

为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小

于是统计了一下原始BAM文件和sort之后BAM文件的行数，发现是一样的，也就是说samtools在sort时并没有去除一部分reads：$samtoolsview-hF_bismark_bt2_pe.bam

wangpeng905·2020-04-14 15:25

[转] bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

------------------------------------前言---------------------------------------------------------最近在使用bismark

liu_ll·2020-03-26 15:23

RRBS差异甲基化分析流程（更新版）

本文接bismark上游分析：https://www.jianshu.com/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差异甲基化区域；2、注释差异甲基化区域library(methylKit)library

桁_COLA·2020-03-23 20:26

家长们看看，美国留学哪个州比较省钱？

北达科他州位于美国中部的最北端，州府是俾斯麦Bismark，位于本州中南部。法哥

袁瑞铂·2020-02-07 04:55

RRBS甲基化分析流程

【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG只求自己记得如果有人搜到了这个请你只看上面的四个基本流程然后分别搜索他们的用法比较坑的地方在于用Genomation包

桁_COLA·2020-01-31 21:50

bismark判断甲基化的比对原理

bismark判断甲基化的比对原理bismark判断甲基化的比对原理参考bismark判断甲基化的比对原理我第一次看这个原理时看懂似懂非懂，就是感觉这个算法很巧妙很nb，后来自己一边画图一边想才理解这个算法的意思

毒鸡蛋·2019-09-28 14:23

BS-seq及bismark原理

手写版哈哈ref1:一个非常好的bsseq讲义:点击在线看bsseq讲义ref2:Whole-GenomeBisulfiteSequencing--illuminaref3:WGBS比对工具比较——bismark

苏牧传媒·2018-08-23 15:02

DNA甲基化测序数据处理（二）：差异分析

Input文件准备我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.cov.gz文件$headtest_data_bismark_bt2.deduplicated.bismark.cov19754769754761001019754889754881001019754909754901001012224487222448710010

面面的徐爷·2018-07-22 19:04

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