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fastp
使用
fastp
进行数据质控
fastp
是一款较新的数据质控软件,接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全,譬如最近接触到一个RNAseq数据,质量较差,需要去除接头而且含N较多,序列起始端的数据较差需要去除几个
井底蛙蛙呱呱呱
·
2020-02-08 12:04
用
fastp
对转录组数据做QC
链接
fastp
:极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件github地址看到介绍的时候是真的心动不已↓↓↓
fastp
可以仅仅扫描FASTQ文件一次,就完成比FASTQC+cutadapt
卖萌哥
·
2020-01-08 05:26
fastp
全新的数据质控软件
好了,现在给大家介绍一个发表在《bioinfomatics》上的测序质控软件--
fastp
文章链接请移步:https://acade
牧小熊
·
2019-11-03 16:11
生信软件:
fastp
www.jianshu.com/p/6f492058da5bhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/33601691github:https://github.com/OpenGene/
fastp
无处安放的细胞核
·
2019-10-20 20:04
Fastp
:质控 +过滤数据
常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic,据说
fastp
更快,而且一次完成质控过滤和出图。
wo_monic
·
2019-09-27 19:53
Duplication rate:NGS测序重复率计算
写在前面:最近很纠结于测序数据的重复率,虽然是单细胞会难免有bias,但是fastqc和
fastp
两款软件计算出来的dup%简直差太大了,琢磨了好久,看了
fastp
的文章才搞明白。
NICE_AGIS
·
2019-08-14 20:13
质控软件
fastp
常用参数说明
文章目录写在前面参考文献
fastp
功能类似软件比较简单示例常用参数说明UMI去除质量过滤长度过滤低复杂度过滤adapter过滤通过质量值过滤每条readployG/ployXPE数据的碱基校正整体切除【
喵小媛
·
2019-07-04 18:17
学习
bioinfo
bioinfo
数据质控
fastp
https://github.com/OpenGene/
fastp
安装gitclonehttps://github.com/OpenGene/
fastp
.gitcdfastpmakesudomakeinstall
nitrostarch
·
2019-04-30 17:41
我的ChIP-Seq(2): cutadapt/
fastp
/Trimmomatic 过滤软件选择
过滤软件的比较与选择:cutadapt/
fastp
/trimmomatic注:还没有完全搞明白,先总结一下特点和使用,之后再慢慢体会、总结经验本次只针对双端PE算法都没好好读,因为看不懂==首先,我们对数据进行过滤
NICE_AGIS
·
2019-03-14 17:03
生信分析工具-收录(不定时去除熟悉的软件)
质控相关软件
fastp
序列操作软件seqkitNCBI的SRAtoolkitshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/https://github.com
生信石头
·
2018-10-31 15:24
ZK开发关键知识点
入门指南》http://blog.csdn.net/daquan198163/article/details/93048971.页面布局ZK具有非常高的开发效率(以至于可以取代HTML用来完成高质量的
FastP
Vincent2013SH
·
2013-09-12 23:35
[置顶] ZK开发关键知识点
入门指南》http://blog.csdn.net/daquan198163/article/details/93048971.页面布局ZK具有非常高的开发效率(以至于可以取代HTML用来完成高质量的
FastP
daquan198163
·
2013-09-12 23:00
java
Ajax
Web
zk
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