fastp

Fastp使用方法

fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件，以下为软件参数的说明，根据github内容整理。

WuYankang·2024-01-30 07:11

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。

lantary·2023-12-27 23:49

GWAS走起~（2 fastqc、fastp）

Stepfour：对从公司送回来的原始数据rawdata预处理，至于问什么要进行这一步，通俗点讲就像是炒菜，直接从地里拔出来的青菜是不能直接用的，而正规的程序，至少要洗洗切切；而洗菜得用盆，切菜得用刀，所以要处理这些rawdata也得要找点工具：首先得有个切菜的桌子放菜，而我们要放数据而且是大数据，一般的电脑是肯定不行的，最好是台服务器，而且要台扩大内存的服务器，后期我会讲一讲自己理解的该怎那么配

roguish读书人·2023-12-21 16:23

fastp--QC质控参数

Fastpfilteroutbadreads(toolowquality,tooshort,ortoomanyN…)对每一个序列的头部或尾部,计算滑动窗内的质量均值，并将均值较低的子序列进行切除trimallreadsinfrontandtail对所有reads头部和尾部进行裁剪cutadapters.Adaptersequencescanbeautomaticallydetected,which

风风是超人·2023-10-21 02:56

fastp软件介绍

fastp软件介绍1、软件介绍2、重要参数解析2.1全部参数2.2使用示例2.3重要参数详解（1）UMI去除（2）质量过滤（3）长度过滤（4）低复杂度过滤（5）adapter过滤（6）通过质量值过滤每条

S_AGZX·2023-10-11 08:35

ATAC-seq专题---生信分析流程

常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件，使用时可以用--adapter_se

诺禾致源·2023-10-09 21:06

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM->DESeq2/edgeR->GO/KEGG，已经较新的fastp

xizzy·2023-10-09 05:02

Lunix Day 4

创建小环境、安装软件1.添加频道（北外或者清华皆可，方法1方法2任选其一即可）2.创建名为rnaseq的小环境3.激活rnaseq这个小环境4.在rnaseq小环境中先安装fastqc，再一条命令安装fastp

Tina_e4a6·2023-09-05 02:04

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

关键词：WGS、GATK4、samtools、vcftools、fastp、picard。什么是WGS重测序？重测序是指在基因组学研究中，通

生信分析笔记·2023-09-01 10:35

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40

NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

批量可视化fastp输出结果

fastp是一个非常方便的基因组数据处理软件，之前在质控的环节就有用到它。这个软件比较方便的地方就是对于处理前后的数据情况会输出一个可视化的网页报告，可以直接查看，报告内容也十分的简单易懂。

十三而舍·2023-08-22 01:16

生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读

Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastpreportsummaryAdapterInsertsizeestimationBeforefiltering前言测序出来的数据利用fastp

twocanis·2023-08-12 15:36

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20

马连洼小法师·2023-07-31 16:10

linux学习100篇109：mamba search fastp

image.png(base)root13:06:01~$mambasearchfastp________/\/\/\/\/\/\/\/\███████████████//██//██//██//████████████████████████//\/\/\/\\____//\_/\_/\_/\o\__,/_/\_____/`|/███╗███╗█████╗███╗███╗██████╗█████

Seurat_·2023-07-22 16:01

利用gatk进行calling-snp

calling-snp流程整理1.对每个样品进行SNPCalling得到gvcf文件##filterfastqfilebyfastp使用fastp对原始数据进行过滤$fastp-i.

生信学习小达人·2023-07-15 04:41

2020-01-23 【转录组】二、fastp 批量质控及过滤

选区_009.pngforiin{52..61};dofastp-i~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_1.fastq-o~/1data/03fastp/SRR31837$

my_derek·2023-04-15 18:09

生信星球转录组培训第一期Day1——卖萌哥

在我之前的认知里，转录组的上游分析只是跑跑软件，fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、catadapter瞎怼一通，再到后面无参的用

卖萌哥·2023-04-11 05:31

转录组实战01: 从数据下载到定量fastp+STAR

Human_16_Asthma_Bulkcd Project/Human_16_Asthma_Bulk# 建立数据存放目录 datamkdir -p data/rawdata data/cleandata/fastp

生信探索·2023-04-07 18:40

NGS 数据质控软件—fastp

image.png陈实富博士编写的fastp软件能实现FASTQ数据自动化过滤、剪裁、错误校正等功能，因其多样的功能和高效的速度受到了许多用户的欢迎，已成为NGS质控领域不可或缺的软件。

生信小书童·2023-04-06 10:28

linux学习100篇35：转录组分析用软件及安装fastp

安装(rnaseq)root11:37:12~$condainstall-yfastpCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.isaninterleavedFASTQwhichcontainsbothread1a

Seurat_·2023-04-01 03:11

全外显子测序（WES）分析流程

_VCFmkdir{raw,clean,align,genome,hg19_VCF}此流程包含两个raw外显子测序文件：wes.1.fq.gz，wes.2.fq.gz；存放于raw目录原始数据质控，用fastp

多啦A梦詹·2023-03-22 19:36

生信随手记2020-03-18：shell脚本展示fastp修剪结果

zcatSRR1039510_1.fastq.gz|head-100000|paste---->raw.txtzcatSRR1039510_1.fastp.fq.gz|head-100000|paste

猫叽先森·2023-02-06 10:22

BSA分析-实战笔记(三)数据预处理

参考：以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）-(jianshu.com)1.数据质控-fastp#创建文件夹mkdir1.clean_datacdclean_dataviclean_data.shfastp-i

Akuooo·2023-02-04 02:18

2019-02-19

fastp—数据过滤&质控一、fastp的安装及使用1）conda安装：condainstallfastp2）源代码安装：软件下载地址https://github.com/OpenGene/fastp#

雪微笑·2023-01-28 13:00

Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对，用salmon直接定量；比对后用featureCounts进行reads定量，用TPMCalculator进行TPM定量。

BeeBee生信·2023-01-27 07:03

mRNA数据分析专题

首先是通用的NGS文库质控cutadapt去除adapter序列使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤使用fastp对NGS数据进行质量

生信修炼手册·2022-12-12 14:25

Linux安装miniconda

引言我想在linux系统下安装fastp工具，但是直接在终端安装不可以，最后尝试先安装conda，安装在conda中安装fastp工具但是在网上搜了很多种安装方法，存在安装速度慢或者安装后输入conda

新客草草·2022-11-25 01:19

转录组数据分析—fastp v0.23.1

用于执行FASTQ数据的质量控制，支持单端和双端短读数据，作为一体化的FASTQ预处理器，fastp提供了诸如质量分析，接头修整，读取过滤和基本校正等功能。

生信助手·2022-11-09 09:09

转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）

方法可以于检验fastq文件质量的软件有很多，例如FastQC、fastp、multiQC等。本文主要介绍应用最多的FastQC。FastQC是一款基于Java的软件，须在linux环境下使用命

生信助手·2022-11-07 08:01

2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）

chip-seq数据分析大体流程，引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控：fastp；测序数据比对：bowtie2；比对数据排序等：samtools;callPeaks:MACS3

xiaoguolaile·2022-10-24 10:57

全基因组重测序数据分析

：本次使用的数据为不同品种李子重测序1.准备工作首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三月李的，参考基因组从蔷薇科植物基因组数据库下载（GDR)}安装好GATK,samtools,fastp

PS小易同学·2022-10-14 23:31

2021-10-26 RNA-seq分析个人记录帖

xiaoguolaile·2022-03-15 09:27

植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控

blue_unique·2022-02-19 19:31

鸡（Gallus_gallus）转录组实战

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件

佳名·2022-02-16 16:22

BSA 操作实战

/origin/fastp_ou

牛牛_4b27·2021-11-02 10:36

你的fastp该升级了！

2021.10.08号fastp重磅更新了，让我们来了解体验一下吧！Fastp的创建与发展NGS测序FASTQ文件的质量控制和预处理是为下游分析提供干净数据的关键。

生信君·2021-10-20 13:16

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的fastp

惊鸿影·2021-09-27 19:40

分析测序杂合度

因为minia使用会断，不知道为何，而reduands安不上服务器，故想着使用soapdenove2组装第一步是质量控制，用fastp即可二，基因杂合度。

记号晴系·2021-06-27 03:31

测序数据质控和预处理之fastp

fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC+cutadapt+Trimmomatic的功能；而且它使用C++开发，利用高效算法，并且支持多线程，加快了处理速度。

吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

fastp拼接双末端测序数据

版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接，mkdir-pfastpls*1.fastq.gz|whilereadid;dofastp-520-m-c--overlap_len_require5-

佳名·2021-06-14 02:09

黑曲霉转录组实战

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉

佳名·2021-06-13 23:53

RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2

使用工具fastp(质控),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp

WuYankang·2020-10-29 19:00

面试题—查找链表倒数第k个结点

算法描述：定义两个指针，快指针fastp和慢指针slowp。先让两指针同时指到头指针上。然后让快指针先走k步。

晨初听雨·2020-08-13 17:57

fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件

软件作者介绍陈实富博士，海普洛斯联合创始人/CTO海普洛斯是全球领先的精准医疗和基因大数据国家高新技术企业，拥有IlluminaNovaSeq、HiSeqX10、NextSeq等全系列测序仪，致力于整合液体活检、基因测序、人工智能、大数据等前沿新兴科技，让每一个生命健康120年。海普洛斯拥有很好的开源文化，发起和维护了开源基因数据分析项目组OpenGene。目前，陈博士正在招聘生物信息攻城狮(文末

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

fastp的安装与试用

[TOC]安装环境Ubuntu18.10fastp在2018.12.3的版本安装过程在此网站https://github.com/OpenGene/fastp#simple-usage或在http://

少年英雄小猪熊·2020-06-25 00:02

DNA甲基化分析②数据质控

质控核心思想：trim(剪切)+fliter(过滤)软件使用fastp和fas

守候在凌晨·2020-06-20 16:53

高通量测序数据分析：RNA-seq

本文围绕RNA-seq学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对

精分大神·2020-06-20 15:56

2020-06-19 Fastp官方教程学习笔记

Fastp官方教程学习笔记资源OpenGene/fastp:Anultra-fastall-in-oneFASTQpreprocessor(QC/adapters/trimming/filtering/

热爱大自然的小和尚·2020-06-19 09:07

trimmomatic 转 fastp

之前一直用fastqc+trimmomatic数据质控，基于fastp快速方便等特点，研究转为fastp做质控。

zs_fighter·2020-03-26 08:29

2018-09-03

--AsperacommandsfordownloadingFastQfiles第二天数据过滤安装conda流程：下载minconda--配置仓库（condarc）--安装软件htopF5显示进程下载fastp

马连洼小法师·2020-03-18 23:16

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