fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件，以下为软件参数的说明，根据github内容整理。

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。

Stepfour：对从公司送回来的原始数据rawdata预处理，至于问什么要进行这一步，通俗点讲就像是炒菜，直接从地里拔出来的青菜是不能直接用的，而正规的程序，至少要洗洗切切；而洗菜得用盆，切菜得用刀，所以要处理这些rawdata也得要找点工具：首先得有个切菜的桌子放菜，而我们要放数据而且是大数据，一般的电脑是肯定不行的，最好是台服务器，而且要台扩大内存的服务器，后期我会讲一讲自己理解的该怎那么配

Fastpfilteroutbadreads(toolowquality,tooshort,ortoomanyN…)对每一个序列的头部或尾部,计算滑动窗内的质量均值，并将均值较低的子序列进行切除trimallreadsinfrontandtail对所有reads头部和尾部进行裁剪cutadapters.Adaptersequencescanbeautomaticallydetected,which

fastp软件介绍1、软件介绍2、重要参数解析2.1全部参数2.2使用示例2.3重要参数详解（1）UMI去除（2）质量过滤（3）长度过滤（4）低复杂度过滤（5）adapter过滤（6）通过质量值过滤每条

常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件，使用时可以用--adapter_se

trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM->DESeq2/edgeR->GO/KEGG，已经较新的fastp

创建小环境、安装软件1.添加频道（北外或者清华皆可，方法1方法2任选其一即可）2.创建名为rnaseq的小环境3.激活rnaseq这个小环境4.在rnaseq小环境中先安装fastqc，再一条命令安装fastp

关键词：WGS、GATK4、samtools、vcftools、fastp、picard。什么是WGS重测序？重测序是指在基因组学研究中，通

./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40

fastp是一个非常方便的基因组数据处理软件，之前在质控的环节就有用到它。这个软件比较方便的地方就是对于处理前后的数据情况会输出一个可视化的网页报告，可以直接查看，报告内容也十分的简单易懂。

Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastpreportsummaryAdapterInsertsizeestimationBeforefiltering前言测序出来的数据利用fastp

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20

image.png(base)root13:06:01~$mambasearchfastp________/\/\/\/\/\/\/\/\███████████████//██//██//██//████████████████████████//\/\/\/\\____//\_/\_/\_/\o\__,/_/\_____/`|/███╗███╗█████╗███╗███╗██████╗█████

calling-snp流程整理1.对每个样品进行SNPCalling得到gvcf文件##filterfastqfilebyfastp使用fastp对原始数据进行过滤$fastp-i.

选区_009.pngforiin{52..61};dofastp-i~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_1.fastq-o~/1data/03fastp/SRR31837$

在我之前的认知里，转录组的上游分析只是跑跑软件，fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、catadapter瞎怼一通，再到后面无参的用

Human_16_Asthma_Bulkcd Project/Human_16_Asthma_Bulk# 建立数据存放目录 datamkdir -p data/rawdata  data/cleandata/fastp

image.png陈实富博士编写的fastp软件能实现FASTQ数据自动化过滤、剪裁、错误校正等功能，因其多样的功能和高效的速度受到了许多用户的欢迎，已成为NGS质控领域不可或缺的软件。

安装(rnaseq)root11:37:12~$condainstall-yfastpCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.isaninterleavedFASTQwhichcontainsbothread1a

_VCFmkdir{raw,clean,align,genome,hg19_VCF}此流程包含两个raw外显子测序文件：wes.1.fq.gz，wes.2.fq.gz；存放于raw目录原始数据质控，用fastp

zcatSRR1039510_1.fastq.gz|head-100000|paste---->raw.txtzcatSRR1039510_1.fastp.fq.gz|head-100000|paste

参考：以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）-(jianshu.com)1.数据质控-fastp#创建文件夹mkdir1.clean_datacdclean_dataviclean_data.shfastp-i

fastp—数据过滤&质控一、fastp的安装及使用1）conda安装：condainstallfastp2）源代码安装：软件下载地址https://github.com/OpenGene/fastp#

质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对，用salmon直接定量；比对后用featureCounts进行reads定量，用TPMCalculator进行TPM定量。

首先是通用的NGS文库质控cutadapt去除adapter序列使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤使用fastp对NGS数据进行质量

引言我想在linux系统下安装fastp工具，但是直接在终端安装不可以，最后尝试先安装conda，安装在conda中安装fastp工具但是在网上搜了很多种安装方法，存在安装速度慢或者安装后输入conda

用于执行FASTQ数据的质量控制，支持单端和双端短读数据，作为一体化的FASTQ预处理器，fastp提供了诸如质量分析，接头修整，读取过滤和基本校正等功能。

方法可以于检验fastq文件质量的软件有很多，例如FastQC、fastp、multiQC等。本文主要介绍应用最多的FastQC。FastQC是一款基于Java的软件，须在linux环境下使用命

chip-seq数据分析大体流程，引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控：fastp；测序数据比对：bowtie2；比对数据排序等：samtools;callPeaks:MACS3

：本次使用的数据为不同品种李子重测序1.准备工作首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三月李的，参考基因组从蔷薇科植物基因组数据库下载（GDR)}安装好GATK,samtools,fastp

a.整体流程及相关软件数据资源下载，参考基因组及参考注释组数据质控及相关软件fastp(代替fastqc，multiqc，trimmomatic，cutadapt,trim_galore)比对及相关软件

今天我们要推荐的软件是fastp，一个包含了质控，过滤，校正以及预处理的fastq文件处理软件。相比于传统的Fas

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件

/origin/fastp_ou

2021.10.08号fastp重磅更新了，让我们来了解体验一下吧！Fastp的创建与发展NGS测序FASTQ文件的质量控制和预处理是为下游分析提供干净数据的关键。

因为minia使用会断，不知道为何，而reduands安不上服务器，故想着使用soapdenove2组装第一步是质量控制，用fastp即可二，基因杂合度。

fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC+cutadapt+Trimmomatic的功能；而且它使用C++开发，利用高效算法，并且支持多线程，加快了处理速度。

版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接，mkdir-pfastpls*1.fastq.gz|whilereadid;dofastp-520-m-c--overlap_len_require5-

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉

使用工具fastp(质控),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp

算法描述：定义两个指针，快指针fastp和慢指针slowp。先让两指针同时指到头指针上。然后让快指针先走k步。

软件作者介绍陈实富博士，海普洛斯联合创始人/CTO海普洛斯是全球领先的精准医疗和基因大数据国家高新技术企业，拥有IlluminaNovaSeq、HiSeqX10、NextSeq等全系列测序仪，致力于整合液体活检、基因测序、人工智能、大数据等前沿新兴科技，让每一个生命健康120年。海普洛斯拥有很好的开源文化，发起和维护了开源基因数据分析项目组OpenGene。目前，陈博士正在招聘生物信息攻城狮(文末

[TOC]安装环境Ubuntu18.10fastp在2018.12.3的版本安装过程在此网站https://github.com/OpenGene/fastp#simple-usage或在http://

质控核心思想：trim(剪切)+fliter(过滤)软件使用fastp和fas

本文围绕RNA-seq学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对

Fastp官方教程学习笔记资源OpenGene/fastp:Anultra-fastall-in-oneFASTQpreprocessor(QC/adapters/trimming/filtering/

之前一直用fastqc+trimmomatic数据质控，基于fastp快速方便等特点，研究转为fastp做质控。

--AsperacommandsfordownloadingFastQfiles第二天数据过滤安装conda流程：下载minconda--配置仓库（condarc）--安装软件htopF5显示进程下载fastp

fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列起始端的数据较差需要去除几个